前言：
本专栏对于剧情有
严重剧透
，请大家斟酌阅读，推荐看过动画却对
动画剧情
没有足够了解或者希望能更深入理解剧情的经过的读者。可能有纰漏，做的不好的地方欢迎指出。
另外， 命运石之门这部作品本身烧脑程度严重 （命运石0好一些，但是整理能力还是不能少） ，有很多一疑点不一定能达到共识，也希望各位和谐讨论 ，下面是纯手打的剧情解说。（本作 完善了命运石之门作品的部分剧情，推荐是 先看完命运石之门 本篇 再来观看这部作品，不然可能会 完全看不懂 ）
命运石之门本篇 （上）的 剧情在此 ←←
命运石之门本篇 （下）的 剧情在此 ←←
（失踪人口回归？）
剧情概述： 命运石之门0中主要讲述了 没能拯救 助手的钢轮，经历多年历练、蜕变、拼搏，最终理解欺骗世界的理论，和同行者研发出时间机器， 引导 出命运石本篇中的钢轮（因为平行世界观导致的差距）成功拯救助手进入SG线的经历。
剧情由1.129????%β 世界线（动画中也没有说明具体的时间线）的钢轮为主视角（在β世界线没能选择再次坐上时光机器第二次拯救助手的钢轮）。只是因为选择不同（或者说是因为没有得到充分的信息， 无法到达 ）而无法达成命运石之门线（钢轮没有第二次出发拯救助手而维持在原来的世界线，此时的助手是被钢轮亲手杀死的），即故事的开始是在β世界线中命运石之门本篇中的一个分支——未完成拯救助手，然后选择救下真由理后 毁掉 电话烤箱（暂定）和IBN5100后续。
在放弃拯救助手后不久，钢轮拆毁了电话烤箱（暂定）并销毁了IBN5100，钢轮在学术研讨会上遇到了来自 维 克多·肯多利亚大学、同为助手前辈的比屋定真帆（后称真帆， 本篇的女主角 ） 。 剧情中提及助手 生前发表 的 论文，在此基础上真帆所在研究所研发出了人工智能Amadeus，钢轮在真帆及教授（剧情发展后发现是 StratFo的成员 ）的发表会上表现出彩（大雾），然后认识了。而谈到助手的话题时，真帆和教授发现钢轮是助手的好友，决定让钢轮和助手的Amadeus见面，故事从这里开始。
随着钢轮和助手的Amadeus相互了解，使用Amadeus逐渐陷入，而真帆时刻提醒着钢轮现实和AI的区别。桐生萌郁在α世界线中是好人（SERN没有获得时间机器的信息，自然也不会对钢轮发动袭击），她作为记者通过桶子“再次”和钢轮相遇。桶子和铃羽希望萌郁动用资源寻找椎名篝（真由理未来的养女，来自未来，与铃羽一起乘坐时间机器回到2000年后分开，没能跟随铃羽一同前往2010，是本作的重要人物），后来琉华子在家的神社帮助一名失忆女子，经过考证，这人正是椎名篝。此时的椎名篝失忆了，当听到莫扎特曲子时恢复一部分记忆，最终回忆起12岁前的记忆，而失踪近10年的漂泊记忆全无（伏笔）。
椎名篝在被钢轮找到并收容的时候被不明组织蒙面人袭击，并试图绑架椎名篝，正好房东出手救助，没有被得逞，事后钢轮和房东（FB摊牌并寻求庇护合作）。此时，
新闻播报俄罗斯发生地震，而敏锐的铃羽判断：导致第三次世界大战的时间机器国际竞争正处在白热化，新闻上的地震正是时间机器研究的产物（此时的铃羽和椎名篝是通过时间机器从2036年回到1975年、2000年（和椎名篝分开）后再来到2010年的，知道β世界线未来的结局-第三次世界大战）。
在此不久，Amadeus被入侵服务器暂时中断、真帆的工作室被盗窃、烧毁，Amadeus暂时无法使用了。钢轮在接到Amadeus电话后，莫名其妙地跳跃到α世界线（α世界线根本上是SERN统治世界的世界线），在α世界线助手帮助下得以回归β世界线。（动画并没有把原因展示给观众，通过命运石之门0游戏剧情可知：接听Amadeus的求救电话，导致钢轮与SERN合作解救Amadeus，而SERN趁机夺取Amadeus和制造时间机器，世界线回到0.571????%α，而此世界线的助手发送D-mail给去年夏天的自己晚些进入Lab（当时的助手提前来到Lab表白了钢轮，感动的钢轮决定放弃真由理选择α世界线，也就是导致这条世界线发展到这的原因）。也就是这个世界线的钢轮会因为没有助手的表白而选择拯救真由理（便回归β世界线），钢轮得以回归1.097302β世界线）
（在这之后，命运石之门0的后续剧情几乎没有大的世界线的跳跃了，后面基本上讲述的是钢轮如何发现欺骗世界的可能。所以烧脑环节基本结束✿✿ヽ(°▽°)ノ✿）
父亲任务在身的铃羽迫切想要使用时间机器改变未来（回到一年前继续劝说当时的钢轮），在桶子的劝说下继续耐心等待。真帆在遇袭后对钢轮道出：手上有助手生前的关于时间机器的资料，封存在助手的加密笔记本里，钢轮得知后经过深情的劝说，真帆同意了销毁这份资料，在钢轮、桶子和真帆被跟踪的过程中也是被蒙面组织摧毁。（实际上如此戏剧化的场景是因为当时世界的时间机器研发竞赛，袭击窃取笔记本的是美国势力，而毁掉笔记本的是俄国势力，双方激烈斗争）
真帆和教授在研究了一段时间后，要离开日本返回美国了，钢轮也告别了Amadeus（后续剧情会知道教授其实留在了日本） 。椎名篝在一段时间后恢复记忆了小时候的记忆然后和铃羽吵架的时候被铃羽发现椎名篝的记忆有问题，和铃羽的记忆有出入，钢轮等人认为椎名篝有被洗脑嫌疑。
