灵魂存在吗？如何证明灵魂不存在呢？

要回答这个问题，需要先弄清两个概念。第一，什么是灵魂；第二什么是存在。

如果不从神秘论或者超自然的角度去看，灵魂似乎可以简单的定义为人脑运作的方式。这是一种比较机械论的看法，可以把人脑比照电脑，神经元及其突触组成的网络对应于电脑的内存、硬盘和主板；神经元之间的化学传递和电信号传递可以看做是电脑运行时不同逻辑门之间电流。记忆不过是神经元之间突触的电信号传递能力的外在表现，就像是硬盘中每个门的电位一样。而灵魂就是电脑的操作系统和应用软件。然而应用软件和操作系统除去其概念的存在意外，其可用性是不可能独立于硬件而存在的。所以，机械论上的灵魂也不会独立于肉体而存在。对于神秘论者，甚至对于所有人类而言，这是一个不受欢迎的悲观论调。所以，很多人无视所有可知的事实，盲目的从哲学的角度上去追求独立于肉体，甚至是独立于时空的灵魂。于是，这就要涉及到第二个概念，什么是存在。

存在对于人类而言是一个过于虚无缥缈的概念。因为即使对于盲目自信的人来说，最多也只能确认存在，却无法确认不存在（所以不仅仅是灵魂，其实你无法证明任何事物的不存在）。从命题的角度上看，只有是，没有否的命题并没有意义。所以，我个人倾向于用可知和不可知来判断事物。因为存在而不可知的事物对于人类而言毫无意义。因此你的问题在我看来，似乎可以解读为：

人类是否能够认知到独立于肉体的灵魂？

如果是这个问题，似乎没有哲学上的解释。而在自然科学领域，目前没有充足的证据证明我们能够感知到独立于肉体的灵魂。只有一些无法确认实验条件的孤证，不足取信。