1.教研室简介（历史沿革，现状简介）
专业定位： 生物信息学本科专业针对大数据时代生物学和医学研究开发对信息学人才日益增长的需求，培养既掌握生物学和医学的基本理论和知识，又具备有效分析和管理生物医学大数据的复合型人才。为国家大数据精准医疗计划提供生物信息学人才支持，为科研机构、医院、公共卫生、环境保护等相关部门与行业生物信息学相关的教学、科研、管理、疾病分子诊断、药物设计、生物软件开发、环境微生物监测等工作提供高质量的后备人才。
历史沿革： 南方医科大学生物信息学本科专业于2005年开办于本校生物医学工程学院，是全国较早开办的几个生物信息学本科专业之一， 也是广东省首个生物信息学本科专业。而生物信息学系的前身则是成立于2005年11月的基础医学院生物信息学研究室，首任室主任为邓亲恺教授。2009年10月生物信息学本科专业移交基础医学院管理。2010年6月李金明教授接任室主任职务。2010年10月在基础医学院成立了生物信息学系，以加强对生物信息学本科专业的教学管理和学生培养。2011年9月建成了生物信息学本科教学实验室。2012年申报设置了生物信息学二级交叉硕士、博士学位授予点。
现状简介：生物信息学系目前具有学士、硕士和博士的系列培养能力。在中国科教评价网2018-2019年度全国30个生物信息学本科专业排名中，南医生物信息学本科专业排名第3。我校生物信息学本科2019年12月获批教育部国家级一流本科专业建设点，是目前国内唯一一个首批入选国家级本科双一流的生物信息学本科专业。
特色优势： 生物信息学本科专业一致坚持学系与医院、企业合作的培养模式， 高年级本科生按照个人兴趣可在生物信息学教研室、遗传学教研室、发育生物学教研室、南方医院多个科室或者华大基因、诺和致源等企业实习实训。目前本专业已与深圳华大基因组研究院、北京諾禾致源基因组技术公司、北京国家人口健康数据平台等多个国内顶尖的生物信息学相关公司和机构达成意向，接受生物信息学本科生毕业实习。近年来生物信息学本科毕业生升学就业成绩显著，就业率在全校各本科专业中名列前茅。历届毕业生中近50%升入耶鲁大学、华盛顿大学、加州大学Davis分校、乔治敦大学、墨尔本大学、新加坡国立大学，哥本哈根大学、中科院、复旦大学、上海交通大学、中山大学、南方科技大学、东南大学、中国军事医学科学院等国内外名校以及本校深造；其余学生也大都在华大基因、广州赛业等北上广的相关公司就职， 生物信息学本科毕业生出现了供不应求的可喜局面。这为培养应用性生物信息学本科人才提供了有力条件。
2.师资队伍（按职称分类写）
现有教师11人，其中教授4人，副教授3人，有博士学位者8人，6人分别有留学美国、德国、英国和新加坡等国及香港的经历。生物信息学方向可授予学士、硕士和博士系列学位。为了加强生物信息学本科专业，学校于2018年引进了2名优秀的生物信息学高层次人才，进一步充实了生物信息本科专业的师资队伍，具体如下：
余光创， 教授， 博导，开发二十多个软件包，其中有十个收录于最大的生物信息学软件项目Bioconductor中；以第一作者在Molecular Biology and Evolution, Methods in Ecology and Evolution和Bioinformatc 等国际期刊发表多篇研究论文，5篇为ESI高被引论文。
王栋， 教授， 博导，以通讯作者和共同通讯作者发表SCI论文20多篇，其中影响因子大于10的9篇，第一作者发表SCI论文5篇。研究成果连续发表在Nature Communications、Autophagy、Nucleic Acids Research等国际知名学术期刊。
3.教学工作：课程，教材建设，教学课题简介，人才培养（本科生研究生）
人才培养：目前生物信息学本科专业每年招生40名，在读硕士博士20人，在站博士后3人。迄今为止， 生物信息学本科专业共毕业学生300余人、硕士博士以及博士后30余人，为社会输送了一批批合格的生物信息学专业人才，绝大多数毕业生在生物技术公司、制药公司、高校、医院和科研院所工作。
教学任务：生物信息学本科专业课程（9门）： 生物信息学、计算分子生物学、计算机药物辅助设计、生物信息学中的统计方法、生物信息学应用语言、生物信息学数据库、高性能计算、基因组学、高通量测序数据分析。
其他本科专业课程： 生物信息学（基础医学、生物技术、生物统计本科专业）
研究生课程： 生物信息学（全校研究生选修课）
总教学时数： 约800学时/学年
教改课题：
(1) 2014年省高等教育教改项目 “生物信息学本科专业发展与教学改革”。
(2) 国家级大学生创新创业项目3项，省级大学生创新创业项目2项
4.科学研究：定位，研究方向，代表性团队及论文
生物信息学系的教师在基因组信息学，统计遗传学、生物数学模型、基于高通量测序的大数据挖掘，长非编码RNA进化机制、基因组进化分析、基因表达数据分析等领域开展研究工作。近五年获国家级基金7项、省部级基金4项、广州市基金4项。近年来与新加坡南洋理工大学，美国纽约大学、威斯康辛大学的多个实验室开展合作研究。
主要研究方向为：
1、微生物组学、肿瘤演化、生物信息学软件工具开发
代表性论文：
(1) LG Wang, TTY Lam, S Xu, Z Dai, L Zhou, T Feng, P Guo, CW Dunn, BR Jones, T Bradley, H Zhu, Y Guan, Y Jiang, G Yu(余光创)*. treeio: an R package for phylogenetic tree input and output with richly annotated and associated data. Molecular Biology and Evolution. 2020, 37(2):599-603. (IF: 11.062，进化生物学1区)
(2) G Yu*, TTY Lam, H Zhu, Y Guan(余光创)*. Two methods for mapping and visualizing associated data on phylogeny using ggtree. Molecular Biology and Evolution. 2018,35(12):3041-3043. (IF: 11.062，进化生物学1区)
(3) G Yu(余光创)*. Using meshes for MeSH term enrichment and semantic analyses. Bioinformatics. 2018, 35(12)：3041-3043. (IF=5.61，数学与计算生物学1区)
2、发育与干细胞计算系统生物学
代表性论文：
(4) Yunqing Lin, Tianyuan Liu, Tianyu Cui, Zhao Wang, Yuncong Zhang, Puwen Tan, Yan Huang, Jia Yu, Dong Wang(王栋)*. RNAInter in 2020: RNA interactome repository with increased coverage and annotation. Nucleic Acids Research. 2020. 48(D1):D189-97. (SCI, IF=11.501,中科院JCR分区：小类1区)
(2) Tianyu Cui, Lin Zhang, Yan Huang, Ying Yi, Puwen Tan, Yue Zhao, Yongfei Hu, Liyan Xu*, Enmin Li*, Dong Wang(王栋)*. MNDR v2.0: an updated resource of ncRNA–disease associations in mammals. Nucleic Acids Research. 2018. 46: D371-4. (SCI, IF=11.501,中科院JCR分区：小类1区)
(3) Yongfei Hu, Yan Huang, Ying Yi, Hongwei Wang, Bing Liu*, Jia Yu*, Dong Wang(王栋)*. Single cell RNA sequencing highlights transcription activity of autophagy-related genes during haematopoietic stem cell formation in mouse embryos. Autophagy. 2017. 13(4): 770-1. (SCI, IF=11.059,中科院JCR分区：小类2区)
3、基因组与表观基因组分析，算法开发与机器学习，信号传导的计算模型
代表性论文：
(1) Lin J#, Wen Y#, He S#, Yang X, Zhang H*, Zhu H(朱浩)*. Pipelines for cross-species and genome-wide prediction of long noncoding RNA binding. Nature Protocols 2019 14:795-818.
(2) Liu H, Shang X, Zhu H(朱浩)*. LncRNA/DNA binding analysis reveals loss-and-gain and clade specificity of genomic imprinting. Bioinformatics 2017, 33:1431-1436 .
(3) He S#, Zhang H#, Liu H#, Zhu H(朱浩)*. LongTarget: A tool to predict lncRNA DNA-binding motifs binding sites via Hoogsteen base-pairing analysis. Bioinformatics 2015, 31:178-186.
4、肿瘤基因组生物信息学分析，精准医疗大数据分析
代表性论文：
1. Wang WH, Xie TY, Xie TL, Li JM（李金明）*, An Integrated Approach for Identifying Molecular Subtypes in Human Colon Cancer Using Gene Expression Data,Genes 2018 , 9(8):397 (IF 3.759, JCR 3区)
2. Han XL , Hakrabortti A, Zhu JD , Liang ZX*, and Li JM（李金明）*, Sequencing and functional annotation of the whole genome of the filamentous fungus Aspergillus westerdijkiae, BMC Genomics 2016, 17(1):633 (IF 3.594, JCR 2区)
3. Ren ZL,Wang WX, Li JM（李金明）*, Identifying molecular subtypes in human colon cancer using gene expression and DNA methylation microarray data. International Journal of Oncology 2016, 48: 690-702 (IF 3.899, JCR 3区)
5、复杂疾病的统计遗传学分析和高通量测序数据分析
代表性论文：
1）Wu TZ, Lei CY, Li JM, Guo YF（郭艳芳）*. Sex discrepancy characterization revealed by somatic DNA alterations in muscle-invasive bladder carcinoma. Chin Med J (Engl). 2019 Oct 20;132(20):2492-2494. (IF: 1.5，JCR 3区)
2）Chen YC#, Guo YF（郭艳芳）#, He H, Lin X, Wang XF, Zhou R, Li WT, Pan DY, Shen J, Deng HW*.Integrative analysis of genomics and transcriptome data to identify potential functional genes of BMDs in females. J Bone Miner Res. 2016 May;31(5):1041-9. (IF: 6.0， JCR 2区)
3）Li D, Li J, Guo Y（郭艳芳）*， genome-wide association study knowledge-driven pathway analysis of alcohol dependence implicates the calcium signaling pathway. Chin Med J (Engl). 2014;127(12):2229-35. (IF: 1.5，JCR 3区)
5.荣誉与奖励
（1）2020年美国大学生数学建模竞赛（MCM/ICM），二等奖（Honorable Mention），指导教师王栋。
（2）2014年 郭艳芳入选广州市珠江科技新星
