和谐号CRH6A型电力动车组列车的车厢内部也比原来的列车宽敞许多，原先3、2式的座位变成了左右都是双人座的形式，中间设置了扶手供乘客手扶站立。
和谐号CRH6A型电力动车组列车的座椅只有477个，较原先减少了近三分之一。不过原先最多载客量大约是750人，而新车“动车+地铁”的设计使得载客量达到1471人，比原先增加了近一倍的载客量。
为给乘客更好的乘车体验，金山铁路列车上方还增设了到站提醒指示灯，乘客一抬头就可以清楚地看到列车运行的位置。同时，在每排座椅的下方都安装了充电接口，供市民充电。
CRH6F型电力动车组列车
2019年12月13日，金山铁路购置的4组CRH6F型动车组列车上线运行。该动车符合市域铁路短程停站多、快启快停、大载客量、安全舒适等优点，提升了运输能力。
金山铁路CRH6F型动车组列车具有以下特点：
1、时速适宜。适合金山铁路线路等级和公交化运行要求。
2、载客量大。该动车组共8节车厢，定员载客量达1470人，超员载客量达1950人，上线后将大幅提升运力，缓解金山铁路客流早晚高峰时段运能不足问题。
3、快速乘降。每节车厢设有3对1.3米宽的对开门，在列车满员的状态下，旅客上下车将更加方便快捷。缓解因停站时间短（仅为1分钟），客流高峰时段出现上下客拥堵的现象。
4、快启快停。采用4动4拖编组，动力分散在各节车辆中，在启停过程中人体感觉较平稳，乘坐体验舒适度更高。
5、外美内实。该动车组车头仿照了海豚的流线外形，不仅灵动美观，还降低了气动阻力。车厢内采用大宽度通道，设有4个厕所，客室内顶部设液晶电视、行李架，扶手和座椅做了进一步优化，设置残疾人座椅，安全舒适、低碳环保，更为人性化。
金山铁路采用一站直达和站站停两种模式运行。试运营初期，每天开行15对旅客列车，其中一站直达列车4对，站站停列车11对，最短运行时间32分钟，
站站停旅行时间约为45分钟。列车运营将保证满足开行客车近期36对/日、远期52对/日的运输能力安排。
2017年4月16日起，为匹配金山铁路早高峰密集的出行需求，早高峰期间增开金山卫站、车墩站至上海南站两趟列车，缓解早高峰金山铁路列车拥挤的情况。
2018年5月起，金山卫站实行“刷手机进站乘车”。金山市民只需要在手机上绑定上海公共交通卡，就可以与市区无缝连接，做到“刷手机进站乘车”。
据2021年1月20日
上海地铁
官网显示，金山铁路各车站的票价表如下表所示
2016年，金山铁路发送旅客量增至947.86万人次，比2015年增长15.2%。
2019年5月，金山铁路客运量达98.9万人次，同比增长2.1%，日均客流达到3.2万人次。
在科技创新上，金山铁路建设方通过优化钢桁梁吊装技术，攻克了黄浦江铁路特大桥施工难关；实施箱涵全断面双重置换新工艺，创新了铁路“平改立”施工技术；采用“冲孔振动密实法”挤密桩新工艺，开辟了铁路老路基改造、加固新途径。
金山铁路全线有三座特大桥，其中两座跨越沪昆铁路，一座跨越黄浦江。
金山铁路同时还兼顾货运，随着路网的进一步完善，其地位和功能将大大提升和加强，货运量快速增长。金山铁路改建工程是
中国铁路总公司
和上海市探索快速城区铁路交通建设、提高城市综合交通能力的重要举措，对加强上海金山区与中心城区之间的交通联系，完善城市轨道交通布局，满足居民出行需求以及城市集约化和一体化发展有着重要意义。（
新民网 评
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在金山铁路的带动下，金山旅游产业品牌效应日益凸现，初步形成南部滨海新城、北部特色文化和中部乡村休闲的三大旅游集聚区，在金山举行的各种大型赛事、娱乐活动也越来越多。（
东方网 评
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