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把xyz格式文件转换成pdb格式文件：
obabel C.xyz -ixyz -opdb -O C.pdb
支持 118种 格式，如xyz、mol、mol2、pdb、smi，Gaussian文件gjf、log、fchk，ChemDraw文件cdx等。
可以从没有成键信息的xyz文件转换为有成键信息的mol文件。

3.转换SMILES

生成甲烷的mol文件：
obabel -:C --gen3d -omol -O C.mol
若要得到坐标， --gen3d 不可少。
SMILES会默认补氢至饱和，将C补成甲烷，若要得到单个碳的mol文件：
obabel -:[C] --gen3d -omol -O C.mol
若要生成甲基的文件：
obabel -:[CH3] --gen3d -omol -O CH3.mol
obabel -:"[C]([H])([H])[H]" --gen3d -omol -O CH3.mol
若SMILES有括号时，务必要加上引号。
获取C.xyz、C.pdb等多个文件的SMILES：
obabel C.mol C.mol2 C.pdb C.xyz --osmi -O C.smi

4.生成结构式的图像

obabel -:"C([C@@H](C(=O)O)N)S" -opng -O cys.png
即可生成半胱氨酸的结构式：
亦可生成矢量图像：
obabel -:"C([C@@H](C(=O)O)N)S" -osvg -O cys.svg
可以将文件直接转换为图像：
obabel phosphate.log -ilog -opng -O phosphate.png

5.配合Gaussian使用

从SMILES直接生成Gaussian输入文件：
obabel -:CC --gen3d -ogjf|sed "1c %nproc=28\n#opt b3lyp/6-31g(d,p)" >CC.gjf
从已有文件或上一步的log文件中得到下一步的输入文件：
obabel CC.log -ilog -ogjf|sed "1c %nproc=28\n#freq b3lyp/6-31g(d,p)" >CC2.gjf