未来世界由金木水火土五个不同属性的大城市所组成。一夜，三颗殒石突然坠落地球，从那一天开始，男主人公延羽的父亲延博士以及其中两颗殒石消失不见。当外面的人都质疑延博士的时候，延羽坚信自己的父亲一定会再次回来，告诉自已事情的真相。
一天晚上，一个自称为延博士助手的李研究员突然出现，道出延博士失踪的这一年来，是被意欲统治世界的邪灵组织捉走并强制延博士进行神秘殒石的研究。眼看殒石可研发出足以毁坏世界的机甲战车，李研究员逃出并且将研究成果，可召唤出金属性光辉剑神的基因手镯及召唤器交给延羽。就在此时，邪灵兵驾驶着蚂蚁机甲追杀到，在危急时刻，延羽利用召唤器召唤出光辉剑神，保护了李研究员与母亲。延羽见识到光辉剑神的厉害，决定利用光辉剑神去救出父亲延博士，却不料延博士为了破坏邪恶的殒石，已安装了引爆装置决定与邪灵组织同归于尽。在延羽历经辛苦终于摆脱蚂蚁机甲的阻拦，到达实验室之时，研究室却在眼前爆炸。
实验室在延羽眼前爆炸。正当延羽认为父亲已经死去之时，却发现邪灵组织已将延博士转移，延羽下定决心要救出父亲。
另一边，一个叫凌义的男孩无意中从新闻里得知一个叫林木的博士研发出一种足以对抗邪灵组织的机甲战车，决定潜进林木博士的实验室偷取机甲召唤器，却被林木博士发现，失手被捉。这时才知道凌义是林木博士的学生凌浩的弟弟。因为哥哥被邪灵组织杀害，凌义一路寻找邪灵组织为哥哥报仇。林木博士却否认凌义是凌浩的弟弟，并说真正的凌义早已在研究所内。原来那是凌义的同乡希阳，因为故乡被毁而假扮凌义寄住于此。就在这个时候，邪灵组织发现了林木博士的研究所，并前来抢夺机甲，林木博士让凌义希阳带着召唤器逃跑。危急之际，凌义召唤出水属性的碧影角鳄与邪灵兵的蚂蚁机甲对抗，拥有了机甲的凌义不顾一切要收拾邪灵兵，最终在战斗中明白这样毁坏周围一切的战斗与邪灵组织根本无异。
凌义从战斗中明白到自己的过错，并且得到了林木博士的认可。凌义与希阳带着林木博士给予的碧影角鳄与象影神兵踏上讨伐邪灵组织的征途。
而另一边，延羽决定上路去寻找父亲，却遭到母亲的反对。为了不让延羽任意行动，延羽妈妈将光辉剑神的召唤器与基因手镯交到延羽的青梅竹马林嘉静手中。这时，林嘉静正要前往一个展览中心与父亲林木博士会合，因为林嘉静去世的母亲所发起搜寻绝种生物基金会找到了两种珍稀的昆虫。延羽为重新得机甲战车，一路偷偷尾随林嘉静上路。而与此同时，邪灵组织五将军之一的巴比亦收到绝种昆虫的消息，派出手下去抢夺绝种生物，并要将其研制成具强大力量的机甲战车。正当延羽与林嘉静到达展览中心之时，却发现了邪灵组织的行动。延羽欲上前阻止，无意中发现从林嘉静身上掉落的召唤器。延羽召唤出光辉剑神与邪灵组织对战，却被邪灵组织派出的双刀战螳攻击，千钧一发之际，林嘉静利用另一个召唤器召唤出飞翼武者前去救助。
延羽与林嘉静奋力对战，却仍不敌强大的双刀战螳，最终绝种生物仍被邪灵组织抢走。虽然绝种生物被抢，但延羽的勇敢与坚定的信念终于感化母亲，在延羽母亲与林木博士的首肯下，延羽与林嘉静带着光辉剑神与飞翼武者追踪着绝种生物的信号，踏上追寻邪灵组织的旅途。
延羽和嘉静二人循着信号来到一个叫绿风镇的地方，却发现这里出现严重的炭化现象。当二人按照信号指示来到绿风镇的小广场，却突然受到空气炮的袭击！二人以为是邪灵兵，追着袭击人而去，却发现是一个叫小龙的孩子。而这时，邪灵组织已发现二人的到来，派出双刀战螳前去收拾二人。延羽和嘉静为保护小龙召唤出机甲迎战，好不容易才将敌人击退。而这一切被追踪着邪灵组织来到绿风镇的凌义所见，凌义追着逃跑的双刀战螳而去。而二人亦同时发现了为找寻小龙而来的龙爸爸……
延羽和嘉静好不容易找到与父亲争吵离家出走的小龙，终于从小龙口中得知原来因为龙爸爸建造了小广场，导致绿风镇出现炭化现象，小朋友们开始疏远小龙。而这些话被站于一角的龙爸爸听到，龙爸爸为了儿子决心去摧毁小广场，却被建造在小广场地下的邪灵组织发现。邪灵组织派出两辆蚂蚁机甲前去收拾捣乱的龙爸爸。延羽三人惊见爆炸声，赶到小广场的时候，发现龙爸爸已被攻击至奄奄一息！延羽召唤出光辉剑神击败两蚂蚁机甲后，竟发现了一条通往邪灵组织地下实验基地的信道。延羽和嘉静为了还龙爸爸一个清白，决定闯进邪灵组织实验基地。
另一边，凌义追踪着双刀战螳的车迹进入到地下实验中心，无意中得知巴比等人要抢夺森林之光的秘密。这时敌人已发现潜入的延羽二人，命机甲上装有引爆装置的卡夫前去对付。在延羽、嘉静与双刀战螳激战之时，凌义驾驶着碧影角鳄突然杀出阻拦延羽的攻击……
延羽和嘉静在凌义的劝告下，合力终于将身上装有引爆装置的双刀战螳击败，以为雨过天晴之时，却发现邪灵组织的巴比将军带领着新研究成功的甲壳锹形与独角恶灵出现。原来巴比等人已发现代表着木属性能量的森林之光位置所在，正要前往夺取。此时，延羽等人从巴比口中得知，邪灵组织已经将碳化装置装在了实验基地里。这时延羽却与凌义发生歧义，延羽决心摧毁炭化装置拯救绿风镇，凌义却坚持去追赶邪灵组织保护森林之光的安全。三人分道而行，延羽和嘉静前往地下实验基地，却发现自身力量并不能摧毁炭化装置，就在这时候，坚持去追巴比的凌义深深体会到家园被毁的痛苦，终于回心转意并与延羽嘉静二人合力解除炭化装置的危机，恢复绿风镇的和平。
与此同时，位于绿荫市的森林之光被博物馆馆主转移了，并偷偷安放在了小狗卡巴的身上……
与凌义分开后的希阳独自上路，流离浪荡来到绿荫市，因抢夺食物与身上藏着森林之光的小狗卡巴相遇，并结成患难之友。
另一边，延羽等人循着巴比逃跑的路线亦来到绿荫市，发现因森林之光被移动，整个绿荫市已一片死气沉沉的景象。寻找森林之光线索的延羽三人误打误撞之下与博物馆馆主相识，从馆主口中得知森林之光被藏在小狗卡巴身上，众人必须要抢在邪灵组织之前找到卡巴。而此时，希阳跟着小狗卡巴正朝着昆虫博物馆的道路前进，护主心切的卡巴急于回到博物馆去找馆主，这个时候却被四处搜索森林之光的邪灵组织发现！邪灵兵召唤出机甲要抢夺森林之光，危急之际希阳利用象影神兵顽强抵挡，在渐渐不敌的情况下，追踪着森林之光信号的延羽众人终于赶到。可是面对强大的独角恶灵与甲壳锹形，延羽众人渐处下风，最终森林之光被抢！
因为森林之光被夺，绿荫市的情况已进一步被恶化，面对动植物垂死的情况，焦急万分的延羽一众人却苦于无法击败强大的独角恶灵与甲壳锹形。这时博物馆馆主却道出每样生物均有其弱点，即使是被研究成机甲的绝种生物亦不例外。可是记载着独角恶灵与甲壳锹形弱点的数据却仍在被邪灵组织占据的昆虫博物馆中。众人于是兵分两路，延羽、凌义、希阳三人负责把邪灵兵和巴比等人引到昆虫博物馆外面，另一方面，嘉静与馆主趁机进入馆内，设法将记载有独角仙和锹形虫弱点的笔记本找出来。在延羽三人被巴比与邪灵兵团团包围，再次面对强大的独角恶灵与甲壳锹形渐渐不敌之际，馆主与林嘉静终于带着笔记及时出现。在得知敌人弱点的情况下，众人合力终于击败了敌人，再次夺回森林之光恢复绿荫市的和平！
绿荫市的危机刚刚解除，延羽几人却从馆主处收到来自于水属性城市水之都的危机，于是再次踏上旅途。众人追踪着水之都能源石——水晶幻石来到昔日的度假乐园水之都，却发现这里因为水晶幻石被夺的原因，地形变动，海洋生物垂死。当众人随着线索慢慢接近水晶幻石之时，却遭到发现几人踪迹的邪灵兵追捕，危急之际被一个叫基洛的人所救，并得到其许诺带众人前去寻找水晶幻石，却不知基洛接近众人竟然是另有目的……
而另一边，已得到水晶幻石的邪灵组织五将军之二的乔娜令手下将晶石运送转移到邪灵组织总部，这时候被侦察到信号的延羽等人阻拦。战斗中延羽却发现自已的召唤器竟然丢失了，而面对敌人利用海洋生物研发而成的寒冰雪魔渐不敌的情况下，凌义却丢下几个同伴追着被转移的水晶幻石而去。
延羽和希阳前去团长休息室偷取召唤器，却无意中发现了马戏团带着快乐回忆的相册，得知团长强逼众人参与表演是为了保留水之都唯一的马戏团的用意。与此同时，团长也已得知延羽几人千方百计要取回召唤器是为了拯救水之都，于是决定将召唤器交还给延羽。就在延羽重新得到召唤器之时，并许下诺言一定恢复水之都和平之时，乔娜的手下莉莉带着邪灵兵杀到，战斗中神秘的赤焰战虎再次出现。面对敌人强大的水属性机甲，延羽和嘉静在战斗中渐处下风，几经艰难，最终嘉静利用新研发的招式终于将莉莉与赤焰战虎击退。众人取回召唤器之后立刻前去寻找失散的凌义。
而这时掉进海中的凌义被身为渔民的阿武两爷孙救起，并在机缘巧合下被执意出海捕捉已经死亡的鱼类的爷爷发现了跌落海中的水晶幻石！
延羽众人前往水之都各个地方寻找凌义的踪影，却发现了为找寻掉落海中的水晶幻石而捕捉大量渔民的邪灵兵，为救出众渔民，延羽几人追着邪灵兵而去。
另一边，渔船终于靠岸，凌义正想拿着水晶幻石前去与延羽一行人会合之时，却发现阿武的爷爷被邪灵兵所捉。凌义与阿武为救爷爷偷偷潜进邪灵组织关押渔民的废弃工厂。而此时，阿武爷爷却意外逃脱，路上遇到了失去了邪灵兵踪影的延羽几人，并带着一众人前往废弃工厂。前进的途中，基洛为不使延羽一行破坏邪灵组织搜索水晶幻石而召唤出赤焰战虎阻拦，却被三人合力击败。而这时的废弃工厂内，凌义、阿武为救渔民被邪灵组织发现，凌义的碧影角鳄不敌之际，延羽三人赶到。众人兵分两路，嘉静、希阳前去拯救被困的渔民，延羽、凌义经过一场恶战，最终将驾驶寒冰雪魔的莉莉击败，这时候，五将军之乔娜带着怒海兽神出现在眼前，趁延羽二人不敌之际，带着莉莉逃走。
延羽五人小队带着水晶幻石前往乔娜的城堡，誓要将水晶幻石归位恢复水之都的和平。众人途中经过一破旧的水族馆，被误将几人认作邪灵兵的海洋训练员玲珑攻击，误会解开之时，延羽一行也知道了水晶幻石的移位竟使海洋生物近乎灭绝，现在只剩下一条被玲珑偷偷收养的独角鲸。
就在众人商讨如何令水晶幻石归位之时，水族馆突然受到邪灵兵的袭击，并且在凌义的阻拦之下，令唯一的独角鲸被抢走。延羽几人与凌义的关系产生分裂。凌义认为独角鲸被抢是自己的过错，偷走了水晶幻石独自前往乔娜的城堡，却在途中受到邪灵组织的拦击，敌人所使用的机甲竟然就是利用独角鲸研发而成的天雷幻鲸！在凌义不忍出手而屡遭攻击渐败下风之时，延羽众人终于明白凌义的苦衷而前来救助，却在救凌义的过程中，延羽和嘉静不慎被击落海中。
为救凌义而双双掉落海中的延羽和嘉静，流落到了荒岛，暂时与同伴们失去了联系。另一边，众人正心急如焚地寻找失踪的延羽和嘉静。但是独行独断的凌义拒绝和大家合作，并且因为愧于自己的过错，几次想凭一己之力找回延羽他们，由此激发了希阳的不满。两人之间矛盾不断，甚至大打出手。但是与希阳的争吵中，凌义渐渐明白了要和同伴共同进退的重要性。
此时，延羽、嘉静在荒岛遇上邪灵大将乔娜。延羽不听嘉静劝告，鲁莽地运用机甲迎战，终于被打至机甲消失。危急之际，本已消失的光辉剑神突然出现，为延羽挡下了乔娜的致命一击，当场爆裂解体，而戴在延羽手上的基因手镯也应声断裂了。延羽亲眼目睹光辉剑神为救自己而粉碎，感到后悔莫及。趁延羽失去机甲变得毫无还击之力，乔娜乘胜追击，欲将延羽彻底消灭。嘉静见形势危急，不惜耗尽自己的能量，连忙将延羽救出，却令自己落入乔娜手中……
邪灵组织的多伦带着人马找到了凌义众人，并威胁他们必须用水晶幻石来交换失手被擒的嘉静。大家此时才知道嘉静落入了敌人手中，而延羽却仍然失踪。凌义众人面对嘉静和水晶幻石之间的抉择，苦无两全其美的对策。
另一边，延羽心急要救回嘉静，无助地在森林里乱碰乱撞。此时他巧合地遇上了号称“什么都能修理”的万能博士。虽然万博士一再坚持能修好延羽的基因手镯，可是最后还是失败。失去最后希望的延羽，愤怒地扔下基因手镯，却遭到万博士一顿斥责。延羽心生愧疚，终于明白机甲不仅是战斗的工具，更是伴他一路同行的伙伴，于是带着歉意将手镯埋在泥土中就此告别。不料此际邪灵组织的多伦追踪至此，向延羽及万博士发起了攻击。眼看天雷幻鲸即将碾压至埋有基因手镯的地方时，延羽始终不舍得将手镯重新挖出，而此时基因手镯却奇迹般得到修复，给延羽带来了全新的机甲——金角武神！
延羽和新伙伴——金角武神尽全力共同作战，加上新机甲的实力大升，延羽很快就将追踪到此的多伦打得夹着尾巴逃跑了。经过万博士的解释，延羽了解到自己的基因手镯中蕴藏着不同的恐龙基因，加上“土生金”的五行定律，终诱发了第二种恐龙基因的苏醒，进化成了金角武神。告别了万博士后，延羽立刻动身前往敌营汇合同伴。
另一边，凌义等人分头行事，前往邪灵组织的驻地。玲珑及希阳用假的水晶幻石去交换嘉静，却被敌人识破并陷入敌人的包围中，在危急之际金角武神及时冲出帮他们解了围。那边，凌义和基洛带着真正的水晶幻石潜入圣坛，打算让水晶幻石归位，岂料却中了乔娜的圈套！眼看计划失败，凌义将水晶幻石交给了信任的基洛，孤身与乔娜激战，为他们争取时间。最后凌义为了保护嘉静和基洛，毅然挡在同伴和乔娜之间，而碧影角鳄也随即化作了碎片……
延羽驾驶金角武神与天雷幻鲸激战，终于救出了被围困的希阳与玲珑。天雷幻鲸也终于恢复原状，变回了鲸鱼小猪。这边的战斗一结束，延羽又立即赶往水晶岩洞相助凌义几人。
另一边，嘉静和基洛扶着失去机甲的凌义，带着真正的水晶幻石匆忙逃往圣坛。但是穷追不舍的乔娜死咬着三人不放，嘉静只能召唤出飞翼武者与她对抗，掩护凌义等人。正当嘉静支撑不住时，金角武神破墙而入加入了战斗。凌义趁乱拿着水晶幻石爬上了装置，企图让幻石归位，不料遭到乔娜的攻击。危急之时，赤焰战虎突然出现拦下了乔娜的怒海兽神，但是却没能阻止乔娜。乔娜继续向着爬上装置的凌义冲撞过去，千钧一发之际，凌义将水晶幻石插入水晶槽中，手上的召唤器也奇迹般得到修复，召唤出了全新机甲——啸海帝鳄。最后，凌义和延羽两人驾驶新机甲合力将乔娜击飞了。告别水之都后，众人向着炎部落进发。
在基洛的带领下，延羽一行人终于来到了基洛的故乡——炎部落。此时的炎部落已经遭到了邪灵组织势力的严重蚕食，七颗星火有5颗已落入了邪灵组织的手中。不久，延羽众人遇到了淳朴但是有点神经质的炎部落族长等人，得知他们在渐渐丧失生活能源却苦无对策。大家决心帮助族人从邪灵兵手上抢夺能源石，以维持他们的基本生活。与此同时，邪灵组织已经夺得了第6颗星火，但是对于最后的七星之火，他们仍然毫无头绪。
在族长的“带领”下，延羽等人偷袭了邪灵兵装载能源石的运输车。延羽众人的计划一开始实行得还算顺利，却不料中途杀出了强劲的邪灵组织队长——杰克。延羽等人为帮族长争取劫车的时间，与杰克的火钻钢马激烈对战。但是面对强大的敌人，希阳和嘉静逐渐不敌败下阵来，而延羽和凌义也危在旦夕！！！
眼看延羽众人与杰克的对战，已经毫无胜算。一心想帮族人夺得能源石的基洛，终于召唤出了赤焰战虎加入战斗。正当杰克打算一举消灭延羽和凌义之际，赤焰战虎突然冲出，帮延羽众人解了围。杰克见形势对自己不利，转身逃离。而赤焰战虎也紧追其后，消失在远方。此时，延羽众人不禁对赤焰战虎的身份心生疑虑。
回到遗迹后，延羽众人商讨要尽快找到七星之火并将其保护起来。族长偷听得知了延羽他们的目的后，竟然主动向他们透露七星之火的秘密。于是，一行人众志成城地向着“险阻重重”的拳头山出发了。经历了族长的机关后，在一群顽劣的猴子帮忙下，众人终于找到了族长提到的藏有七星之火的宝盒。然而因为基洛已向邪灵通风报信，杰克突然杀到！延羽连忙带着宝盒和猴子们逃往安全的地方。而凌义众人准备反攻之际，赤焰战虎再次出现，但是这次却不是来帮助他们，而是猛烈地从旁袭击了啸海帝鳄……
延羽带着宝盒和猴子逃到了远处，刚与猴子们分手，罗斯就驾驶着赤角火羚突然出现并袭击了赤手空拳的延羽。面对强大的赤角火羚，延羽最终不敌，宝盒也被罗斯抢走了。另一边，罗斯向杰克报喜，杰克得知宝盒到手后，与基洛迅速撤离了战场，留下狼狈的凌义众人。
延羽众人空着手回到了族长处，告知族长宝盒被抢的事情。正当大家为丢失宝盒感到愧疚之时，却得知宝盒内只装有族长的假牙，一切只是族长为了考验他们为人而设下的计谋。通过了族长考验的延众人终于从族长口中得知了星火的真正线索。一行人循族长指引出发去寻找守护星火的星火使。而此时，延羽等人也渐渐怀疑内部出现了内奸。另一边，星火使得知星火有危险，决定前往圣地将七星之火封锁。得此消息的邪灵组织匆忙杀到，要捉拿星火使！危急关头，延羽众人赶到阻止了他们。但战斗中，嘉静和星火使被赤焰战虎推下了山崖……
延羽等人四处搜寻在战斗中失散的嘉静，竟然将相貌和嘉静完全相同的星火使朱玲错认作了嘉静。朱玲为了及早赶到圣殿山，于是假扮嘉静和众人一同上路。而真正的嘉静却被当成了星火使，被守护使救起带往圣殿山。两批人殊途同归，同时向着隐藏七星之火的圣殿山前进。
经过多次遇袭后，延羽开始怀疑基洛是内奸，于是向大家讲出自己的想法，无奈却没有人相信他。在前往圣殿山的路上，朱玲的种种行径让大家觉得非常奇怪。从小和嘉静一块长大的延羽对眼前的朱玲感到怀疑，质问之下方知她就是众人一直寻找的星火使，顿时心生一计，打算引出真正的内奸。延羽利用朱玲的身份，让她向大家谎报了七星之火的所在地。基洛信以为真，打算偷偷去夺取星火，不料被延羽众人识破。延羽众人对基洛的背叛感到愤怒和悲伤，延羽不顾一切誓要击败基洛，然而基洛却处处避免与延羽交锋。此时邪灵组织赶到，众人匆忙应战，陷入绝境之中！
正当火钻钢马和赤角火羚准备给予众人最后一击之际，基洛驾驶赤焰战虎挺身而出，挡下了所有攻击，掩护大家撤退。虽然延羽众人成功逃脱，但是基洛却无法脱身因此被擒。最后赶到的加玛本想将基洛就地正法，幸好随车的延博士及时制止，保住了基洛一命。
那边厢，凌义和希阳因为基洛的出卖而灰心丧气，但是在延羽的鼓舞下，众人重拾了心情，向着圣殿山进发。另一边，嘉静因为召唤出机甲，终于被守护使识穿了身份，但是最终得到了守护使的谅解，继续向圣殿山前进。不料，嘉静等人在路上却遇上了邪灵组织的伏击。以一敌众的嘉静渐感不支时，幸好延羽众人及时赶到支持，最后全体安然撤退，躲进了圣殿山的山洞中。此时的圣殿山一带已被邪灵组织包围，众人为了成功封锁七星之火，决定声东击西，利用朱玲和嘉静来混淆敌人视听……
嘉静和朱玲分别奔向不同的圣殿，一时间谁也分不清谁才是真正的星火使。邪灵兵被嘉静他们耍得阵脚大乱，延羽悄悄带着封锁星火的钥匙进入了第七圣殿。延羽本来打算由自己来封锁七星之火，但是万万没有料到，加玛众人竟埋伏在圣殿之中！势单力薄的延羽不敌罗斯和杰克的轮番攻击，终于倒下。七星之火最终落入加玛手中……
另一面，延博士趁着邪灵组织内部守卫薄弱，打晕了看守的邪灵兵，偷出了六颗星火。延博士将六颗星火托付给了基洛，嘱咐他一定要逃出去。在延博士的帮助下，基洛带着六颗星火逃出了邪灵基地，却在路上遇上归来的加玛众人。双方旋即展开了一场抢夺星火的战斗。在激战中，赤焰战虎竟意外地将六颗星火全部吸收了！靠着星火的力量，基洛驾驶着赤焰战虎，迅速逃出了加玛的魔掌！至此，夺得了七星之火的加玛，却又失去了其余的六颗星火。
逃脱了邪灵组织追捕的基洛，带着六颗星火找到了延羽众人。但是身为叛徒的他无法得到大家的信任！众人不相信基洛已经将六颗星火带了出来，也不相信延博士就在加玛手上。最后，迫于无奈的基洛只好将融合了星火的召唤器交给了朱玲，然后独自一人返回邪灵基地救延博士。虽然延羽众人不尽然相信基洛，但也决心前往基地夺回七星之火。
基洛回到邪灵组织，边威胁敌人说要炸毁赤焰战虎的召唤器，边带着延博士逃出了基地，但被罗斯、杰克两人驾驶机甲紧追其后。危急之际，金角武神和啸海帝鳄及时从旁扑出，救下基洛二人。延羽和延博士还没有来得及父子相认，加玛已经驾着融合了七星之火的铁角犀骑出现在众人面前。延羽四人与加玛、罗斯和杰克三人对峙，一场大战即将展开……
延羽众人苦苦支撑着应战，但是与加玛三人的实力差距实在太大，最终还是不敌对手。紧急关头，朱玲赶来，并且将召唤器还给基洛，让他召唤出了赤焰战虎。基洛不忍同伴受苦，毅然加入战斗，救下了延羽和希阳。因有基洛的相助，大家得以全身而退并成功地救出了延博士。
众人狼狈地逃跑，摆脱敌人后，众人躲藏起来商量反攻加玛的对策。此时大家终于知道要取出星火，必须粉碎机甲的真相，都感到非常惊愕。延博士怕基洛知道这个消息会做出傻事，于是阻止大家向基洛透露此消息，却不知门外的基洛已经听到了真相，心中早已另有了计划。另一边，加玛通过延博士身上的跟踪器探测到延羽众人的方位，决定率众前去偷袭。却不料这竟是延博士利用跟踪器布下的陷阱，将加玛众人引诱至此，并成功将加玛、罗斯和杰克分散开来。正当众人埋首激战时，基洛独自一人出现在加玛面前，将他引向了第七圣殿山……
延羽众人收拾了罗斯和杰克，正沉浸在胜利的喜悦中。此时，朱玲却匆匆赶来告知众人基洛不见了的消息。众人一愕，方明白基洛原来早已知道取出星火的方法，于是立刻向圣殿山方向急冲。
另一边，基洛成功将加玛引到了第七圣殿山，然而却被加玛打至奄奄一息。延羽等人排除万难终于赶在紧要关头救下了基洛。眼看虚弱的基洛，延羽众人终于原谅了基洛，并且决定合五人之力共同战斗，但是面对着融合了七星之火的铁角犀骑毫无办法，最后在延博士的提点下，延羽悟出了合五行之力的方法。最终众人用五行力量击败了加玛，让七星之火归位，但却没能阻止火山爆发。此时基洛毫不犹豫，在众人一片呼喊中，跳下了熔岩让六颗星火归位，炎部落也渐恢复了原状。当大家悲伤绝望时，赤焰战虎竟却重新出现了！
告别了炎部落，延羽众人向着未知的明天继续进发，纵然前路有更大的危机，五人也以机甲起誓，定要保护五行世界！
在炎部落，延羽五人与邪灵组织大战一场后，终于获得了短暂的平静，在金波城过着幸福、和平的日子。嘉静总算可以与林博士继续他们的球赛，希阳则领着凌义、基洛两人尝遍了城中的所有美食，而延羽一家也终于可以团聚了！可是快乐总是短暂的……
此时在世界的另一端——沙砾市，沉寂多时的邪灵组织突然出现，四处破坏环境，攻击人类。当人们面对强大的邪灵机甲束手无策之际，出现在沙砾市民面前保护他们的，竟然是驾驶金角武神、飞翼武者等机甲的机甲五勇者……远在金波城的延羽众人，竟然会突然出现在沙砾市！？为了查清真相，延羽众人决定前往沙砾市，查探邪灵的踪迹及拆穿机甲五勇者的身份。可是，当延羽众人到达沙砾市的时候，却发现机甲五勇者正与邪灵机甲展开了激烈的战斗，并且保护了沙砾市民的安全。延羽众人见状不禁如坠迷雾，弄不清这些冒牌货的真正目的了。而这一切的背后却有一强大势力在策划着阴谋……
为了调查邪灵组织的目的和机甲五勇者的身份，延羽一行五人决定暂时留在沙砾市。而因为机甲勇者的身份被盗用，延羽众人在沙砾市吃尽苦头，处处受到沙砾市民的排挤与嘲笑。延羽几人为了夺回身份，决定在机甲五勇者开交流会之日，揭穿他们的假面目。与此同时，凌义、基洛则趁机潜入他们的豪宅，寻找证据，而当两人发现了冒牌机甲的秘密时，邪灵组织的队长铁拿竟然带着邪灵兵杀到，将凌义和基洛两人抓住了！那边厢，延羽、嘉静、希阳本想在交流会上揭穿机甲五勇者的假面具，却反被机甲五勇者几人讥笑为追星族，成为全场笑柄。延羽气愤不已，欲召唤机甲以证身份时，却发现凌义和基洛竟然被这五个冒牌货抓住且作为要挟，延羽迫于无奈只得离场。
但为了救出同伴，延羽三人决定前去拦截机甲五勇者的轿车。当金角武神向着冒牌的机甲勇者逼近之际，嗜血天蝎突然从一旁的丛林中冲出，全数挡下延羽的攻击。此时只见驾驶嗜血天蝎的人竟然是凌浩！
延羽驾驶金角武神激战凌浩的嗜血天蝎，两人互不相让，一时间难分高下。同时，希阳和嘉静两人兵分两路，正前去寻找凌义、基洛。那边厢，毕胜正命令机甲五勇者尽快从酋长身上套出灵土矿石的秘密！希阳得知邪灵要对酋长不利，心急不已，夺回凌义、基洛的机甲召唤器后冲忙出逃。而此时，嘉静带着凌义、基洛顺利逃出了豪宅，正当众人以为成功之际，却突然遭到了盾甲铁刺的攻击。嘉静为了保护失去机甲的凌义、基洛，驾驶飞翼武者奋力抵抗盾甲铁刺的猛烈攻击。嘉静危急之际，希阳赶到将召唤器交给凌义、基洛两人。啸海帝鳄和赤焰战虎、象影神兵及时出现，抵挡住盾甲铁刺，救下了嘉静，并合力将盾甲铁刺击退。
经历了一夜战斗，延羽众人却未能休息，必须赶在邪灵组织之前，将酋长保护起来。正要出发之际，又遇到嗜血天蝎的偷袭。延羽、嘉静两人冲忙赶往酋长家，却还是来迟一步！酋长竟被假冒的机甲五勇者救走了！？
延羽、嘉静使计甩掉了前来阻击的铁拿后，匆匆忙忙前去追赶被带走的酋长。原来假机甲五勇者救酋长只是假象，目的是要得知灵土矿石的下落。当他们得知灵土矿石的秘密后，决定将酋长杀人灭口。千钧一发之际，幸好延羽和嘉静及时赶到，将假机甲五勇者打败，并且救了酋长。与此同时，凌义、基洛、希阳为了争取时间，与嗜血天蝎苦战。在战斗中，因凌浩突然忆起了过去的回忆，无法战斗，致使凌义三人乘机逃脱。而凌义也在烟尘中看见了一个熟悉的身影，不禁心生疑虑……
救下酋长后，延羽众人终于证明了他们的身份。而为了一圆做明星的美梦，延羽决定以真正的机甲勇者身份，在沙砾市展开一连串的宣传，甚至接受电视台的采访。可惜事与愿违，延羽明星做不成，反而导致笑料百出。那边厢，受伤的凌义终于苏醒过来，但是对战斗中那个熟悉的身影仍然谨谨于怀，为了证实自己的怀疑，凌义与嘉静再次到豪宅中进行调查。然而他们在邪灵的监控录像中，竟然看到了凌浩的身影！！！
邪灵组织突然偷袭了沙砾市的图书馆，延羽众人得知后急忙前去阻止，不料却遇上了因再次洗脑而变得凶狠非常的凌浩。延羽四人苦苦对战强劲的盾甲铁刺和嗜血天蝎，但是凌义却因为内心的挣扎，迟迟不能出击。最终延羽四人不敌，导致古籍全数被邪灵抢走了。虽然失去了古籍，但是延羽众人没有放弃，决定兵分两路，由延羽、基洛、希阳向彩虹沙漠出发，快邪灵一步寻得守护灵土矿石的灵驼，而嘉静和凌义则留在城市中保护酋长。与此同时，毕胜也得知了生命之源的秘密，派铁拿前去沙漠抓灵驼。
延羽几人到达沙漠，为了引出灵驼布下了陷阱，可是却一无所获。但是他们不知道，此时一个黑色身影早已在暗中监视着他们的一举一动了。延羽众人引诱不成，只得在沙漠中盲目乱找，不料却遇上沙尘暴和流沙。正当延羽三人快被流沙吞没之际，一个黑色恐怖身影突然出现在延羽几人的身后……
嘉静见凌义为凌浩的事情而烦恼，担心不已。为了让凌义放松一点，嘉静答应酋长的要求，带凌义前去参加动物园的开幕仪式。不料在仪式上，邪灵组织竟突然出现，将动物园中的动物抢走。凌义和嘉静见状，连忙召唤出啸海帝鳄和飞翼武者对战嗜血天蝎。凌义不忍攻击凌浩，甘愿挨打，最终被击至重伤不醒人事。而毕胜则利用抢到手的公鹿豚，制造出了最强大的土元素机甲——地狱猎豚。
那边厢，延羽几人在沙漠中遭遇沙尘暴，幸得一只小骆驼出手相救，延羽几人才保住性命。为此延羽几人帮小骆驼改名薯太郎并且结伴一块上路。在途中，延羽众人碰巧遇上铁拿在大肆抓捕驼群。众人拼力战斗，终于救出了驼群。但是延羽为了保护薯太郎被铁箭所伤，最终金角武神能量耗尽，彻底碎裂。铁拿见金角武神消失，欲将延羽杀死。情急之下，薯太郎爆发出力量，竟然蜕变成灵驼将延羽救下。然而未等铁拿反应过来，铺天盖地的沙尘暴再次袭来，几人离散在遍目的滚滚黄沙之中……
受伤的凌义丧失理智，誓要出去找凌浩问个清楚，却遭到嘉静的极力阻止。两人争吵之时，不慎被酋长听到了一切。在嘉静和酋长两人的劝说下，凌义终于冷静下来，决心先寻找恢复哥哥记忆的方法。
与此同时，希阳、基洛两人终于找到了失散的薯太郎和延羽，却发现延羽因为伤重而昏迷不醒。为了帮延羽疗伤，希阳和基洛在薯太郎的带领下，穿过了迷雾森林，到达了生命之源。正当众人开心之际，铁拿突然带着邪灵兵杀到，原来铁拿一直都跟踪在众人身后。希阳、基洛见状，两人连忙召出机甲抵挡铁拿，薯太郎则趁机冲进生命之源。而当基洛、希阳打败了盾甲铁刺，毕胜竟驾驶地狱猎豚突然杀出，希阳两人面对新敌人惊愕不已。那边厢，延羽在灵土矿石的力量下渐渐苏醒过来，此时方见薯太郎竟是灵驼。当薯太郎修复灵土矿石封印之时，毕胜突然冲出要将薯太郎杀死。为了保护薯太郎，延羽奋不顾身挡在薯太郎面前。失去机甲的延羽面对强大的地狱猎豚，命悬一线！
延羽为了保护同伴，毅然以身体挡在地狱猎豚之前。千钧一发之际，延羽的手镯竟然自动修复了，并召唤出全新的机甲——无双龙神。由于无双龙神的力量过于强劲，地狱猎豚渐渐招架不住，最终落荒而逃。而薯太郎将灵土矿石的封印修复完毕后，也带着希阳和基洛逃出了生命之源。延羽众人经历这一趟沙漠之旅后，不仅保护了灵土矿石，还得到了无双龙神，以及与薯太郎成为了好朋友。
告别薯太郎后，延羽众人回到了沙砾市，此时方知凌义的哥哥凌浩竟是邪灵组织的人。为了帮助凌义寻找回复凌浩记忆的方法，延羽众人各出奇谋，可是最终一无所获，反而导致笑料百出。虽然未能找到恢复记忆的方法，但在过程中，凌义感受到同伴支持他的力量，倍感安慰。然而安稳的日子并不长久，延羽众人发现了沙砾市农作物的异状，决定前去查探清楚。而那边厢，毕胜已经通过生命之源内的线索，得到了地底能源分布图，一个巨大的阴谋正在酝酿之中……
延羽一行人兵分两路，前去查清沙砾市的异状。当延羽和嘉静来到了香蕉园进行探查时，却发现香蕉竟全部变苦，延羽为此大雷霆，誓要查出罪魁祸首！凭着对香蕉的熟悉，延羽找到了令香蕉变苦的原因，竟然是邪灵组织在背后搞鬼。延羽怒不可遏，当即召唤无双龙神与盾甲铁刺激战。而面对力量超强的无双龙神，铁拿亦不禁颤抖。
那边厢，凌义三人到达小镇，受到当地镇民的热烈欢迎。凌义几人以为小镇一切如常，放松警惕之际，竟然突然晕倒了。原来镇长为了保住小镇，答应帮邪灵组织抓住凌义几人，于是在凌义几人的饭菜中下药。当镇长将晕倒的凌义三人押到凌浩面前时，凌义和基洛却突然醒来。原来凌义两人早已识穿了镇长的阴谋，假装晕倒。兄弟两人再次对战，凌义仍然迟疑不决，久久不肯召出机甲迎战，基洛见状只得独自苦斗。当嗜血天蝎死死钳制住赤焰战虎，要将基洛置诸死地之际，凌义再也忍不住，召唤出了啸海帝鳄……
基洛为了保护凌义，不惜牺牲了赤焰战虎。面对受伤的基洛，凌义终于醒悟，决心追上凌浩将他打败，不料此时毕胜突然出现将凌义击至机甲消失。正当凌义以为自己必死无疑之际，毕胜竟然手下留情，并与凌义进行了一场交易……另边厢，延羽与嘉静正对战铁拿。因为无双龙神的力量过于强大，延羽无法完全驾驭，在战斗的过程中失控撞上了飞翼武者，令嘉静受伤，铁拿也趁机逃跑了，延羽为此愧疚不已。
经过酋长的分析，众人终于得知邪灵组织正在吸取沙砾市地底的灵土矿石能源。为了阻止邪灵组织的阴谋，延羽众人志气高昂地出发前去寻找灵土矿石的核心——金刚石，但唯独凌义却显得忧心忡忡，心中似有烦恼……在酋长的带领下，众人终于寻到了金刚石，正在此时，邪灵组织却突然杀出。嘉静等人召出机甲抵挡铁拿和凌浩，延羽、凌义则保护金刚石和酋长逃往森林。正当延羽以为安全之际，万万没有料到，凌义竟然突然叛变，夺走了金刚石。延羽气愤不已，召出无双龙神阻拦凌义，两人激战之下，无双龙神再次暴走了！！！
当嘉静三人赶到之时，凌义已夺走了金刚石，树林中只剩下晕倒的延羽和酋长。原来毕胜与凌义做了交易，只要帮邪灵得到金刚石，他就会恢复凌浩的记忆，于是凌义决定将金刚石交给毕胜。但是凌义为了救出凌浩，不惜背叛朋友，到头却换来凌浩的冷淡与残酷。当凌浩要将凌义置于死地的时候，凌义的心中痛苦不已……而凭着金刚石的力量，灵土矿石聚集的计划进行得非常顺利，毕胜不禁大喜。此时，一直不肯就范的凌义，突然答应加入邪灵组织，而条件竟是要亲眼看见灵土矿石！
那边厢，延羽众人为凌义的叛变而愤慨，一时间陷入了低谷。为了不再让失控的事件重演，延羽决心控制好无双龙神。在嘉静三人的帮助下，延羽进行了艰苦的特训。最后，凭着延羽坚定的决心和不懈的努力，终于通过了所有训练，并完全控制住了无双龙神。与此同时，随着吸收装置不断吸收土地中的灵土矿石能量，沙砾市突然一阵地动山摇，延羽众人深知时间无多，必须尽快阻止邪灵组织的阴谋！
凌义面对眼前正在吸收能量的装置，突然召唤出啸海帝鳄，欲将装置毁掉。此时方知道，原来凌义是假装投靠邪灵组织，其目的是查处吸收装置的所在，并与延羽众人内外合击，摧毁邪灵的阴谋。毕胜暴怒，命令凌浩将凌义杀死。面对凌浩的致命攻击，凌义苦苦迎战。
与此同时，延羽众人靠凌义发送的信号，追踪到实验中心的位置。不料在途中遇到了毕胜和铁拿的阻击。延羽和基洛留下抵抗敌人，让嘉静、希阳火速赶往中心支援凌义，破坏吸收装置。毕胜深知无双龙神的厉害，竟然与铁拿使计先将无双龙神围困。基洛见延羽身陷险境，竟奋不顾身上前挡下全部攻击。赤焰战虎亦因此爆破、碎裂，彻底消失……
那边厢，凌义与凌浩激战，不堪重击之下，啸海帝鳄能量竟全数耗尽，再也不能战斗。而嘉静、希阳承受着凌浩的不断猛攻，两人危在旦夕。一旁的凌义只能眼白白地看着两人承受攻击，却无能为力，不禁心急如焚！
啸海帝鳄能量耗尽，飞翼武者和象影神兵又消失了，嗜血天蝎似乎已经赢定了。正当凌浩要将嘉静和希阳了结之际，凌义突然爆发出水元素能量，啸海帝鳄竟再次复活，且升级成为了圣光神鳄。为了保护同伴，以及拯救沙砾市，凌义选择了大义灭亲，决心打败凌浩。最终，凌义驾驶圣光神鳄，将嗜血天蝎和吸收装置一并毁灭了，阻止了沙砾市的危机。那边，基洛为了救延羽而牺牲了赤焰战虎，延羽悲愤不已！对战之际，无双龙神渐不敌地狱猎豚，眼见无双龙神即将从基洛身上碾压而过，为了保护基洛，延羽终于使出了暴龙怒吼，将毕胜打败！至此，沙砾市终于恢复和平，灵土矿石再次沉睡于地底……与此同时，邪灵组织内部，最强的机甲——末日战神竟然被一个神秘人偷走了！
得知延博士几人失踪的消息，延羽众人决定告别酋长返回金波城，途中，延羽几人突然受到袭击，此时方见赫然出现在众人面前的是一辆从未见过的新型机甲，而更令人惊讶的是，与这辆新型机甲战斗的竟是铁角犀骑！！！
延羽一众人启程返回故乡金波城，途中遇到受到邪灵组织攻击的少年向荣。眼见少年驾驶的末日战神渐不敌邪恶的铁角犀骑，延羽五人出手相助救下向荣，不料向荣却在战斗中趁机逃掉。
延羽五人进入金波城，这时发现基洛因为失去机甲一事暗自伤神，延羽、希阳为帮基洛修复基因手镯闹至笑话百出。同时一众人亦决定兵分两路，前去寻找延博士、林木博士的下落。
延羽、希阳二人回到家中，希望发现一些关于延博士的线索，却发现家里被人入侵，此人竟是被延羽一众人救下的向荣！在一场打闹之下，延羽、希阳发现向荣虽然驾驶着强大的末日战神却无意与他们为敌！与此同时，嘉静、凌义、基洛三人来到林木的研究所，却发现入口已被邪灵毁坏。几人在凌义的指示之下由另一条路进入研究所，不料误中林木设下的陷阱。原来林木早已被邪灵组织捉走，危急之下设下陷阱是为了通知嘉静一众人，邪灵组织为了研制出最强的机甲正在寻找一块灵狮的古化石！
延羽根据向荣爱吃香蕉的特点在香蕉发布会现场发现了向荣，二人为争夺最后一把香蕉大打出手之时，罗煞已发现向荣的下落追踪而来。危险之际，向荣召唤出末日战神与延羽、希阳二人合力解救了发布会的群众。
延羽、嘉静五人再次汇合，得知两位博士失踪与化石情况。且在众人的威逼之下，向荣道出两位博士被邪灵所捉，是因为邪灵要找出金波城的能源石——黄金圣杯的消息。一众人为了阻止邪灵行动，决定再次兵分两路。
嘉静、凌义、基洛三人根据林木的指示前往化石开采基地，无意中开启了开采机械人罗密欧的开关。三人千方百计得到罗密欧的认可，并在罗密欧的带领之下，发现了灵狮化石的位置！
而另一边，延羽、希阳、向荣为了寻找黄金圣杯的下落决定去拜会延、林博士的老师达尔文。就在三人迷失在一个偏僻的小乡村之时遇到了一个和蔼的老伯，却不知这个极度厌恶机械的老伯打起了几人手中召唤器的主意。
嘉静、凌义、基洛在罗密欧的指示之下挖掘灵狮化石，眼见即将成功之际，却被邪灵组织追踪到下落，受到怒海兽神的猛烈攻击！危急之下，凌义、嘉静召唤出啸海帝鳄、飞翼武者挡下攻击。就在凌义、嘉静不敌之际，基洛终于得到灵狮化石，且利用召唤器的力量召唤出全新的机甲烈火灵狮！在与怒海兽神的混战当中，凌义、基洛不慎跌落山崖！
与此同时，延羽、希阳、向荣三人受到老伯的热情招待，却不料老伯趁着三人松懈熟睡之际偷走了三人的召唤器，并将三人捉住，丢到了原始森林之中。原来老伯正是延羽一众人所寻找的达尔文。达尔文因为心爱的宠物小鸡被高科技产品害死，从此憎恨所有的机械产品。延羽、希阳、向荣丛林逃生闹至笑话百出，却在这一番吵闹之中渐渐了解到向荣的过去，发现向荣对邪灵有着强烈的执念。
那边厢，嘉静在罗密欧的帮助之下找到了坠崖的凌义、基洛二人，但是烈火灵狮却因为种种原因仍未能被召唤出来。三人决定尽快回去跟延羽几人汇合。
那边厢，嘉静在罗密欧的帮助之下找到了坠崖的凌义、基洛二人，但是烈火灵狮却因为种种原因仍未能被召唤出来。三人决定尽快回去跟延羽几人汇合。
达尔文偷走延羽三人的召唤器，却被罗煞根据召唤器上的追踪器追踪而至。眼见达尔文被邪灵追逐，身陷险境之际，终于走出丛林的延羽三人及时出现，挡下罗煞的攻击。战斗之中，延羽以身犯险引开罗煞注意，让向荣趁机使出招式击退罗煞，令向荣深受感动。同时，延羽三人也因为不顾一切救下达尔文及众村民一事感化了达尔文。
为了避开四周搜索几人的罗煞，达尔文想出利用召唤器上的追踪器引开邪灵组织追捕的小计谋。顺利摆脱邪灵之后，一众人朝着林木的研究所前进。
与此同时，嘉静、基洛、凌义、罗密欧四人已到达林木研究所外，却在此时受到雷神的伏击，凌义、嘉静召唤出机甲挡下，让基洛尽快进入研究所内，时却遭到中途杀出的罗煞的阻拦！危险之际，延羽、希阳、向荣三人赶到，救下了一众人，并让嘉静带着达尔文、基洛、罗密欧三人进入研究所加紧时间研发烈火灵狮！此时雷神亦发现了嘉静一众人的动向，决定将研究所的动力装置毁掉，凌义、希阳紧追而去！
嘉静带领着达尔文、基洛、罗密欧进入研究中心，眼看灵狮化石即将被研制成基因手镯，这时却发现电源严重不稳，嘉静见状立刻前往一探究竟，罗密欧紧追而至。
研究所外，凌义、希阳死挡着欲破坏能源装置的怒海兽神，却被怒海兽神撞到能源装置上并将电源切断了。赶至的嘉静见状欲将电源重新接驳回去，不料在怒海兽神的猛攻之下，竟将嘉静困住无法动弹，一旁的机械人罗密欧见状，竟不顾危险，利用自己的机械物质将两条电源重新联接到一起，电源被重新启动，罗密欧却也因此牺牲！
因罗密欧的牺牲而深受打击的基洛，在达尔文的鼓励之下，带着研制成功的烈火灵狮前去救助渐不敌的凌义一众人，在一众人的合力之下，终于将怒海兽神击退！另一边苦战罗煞的延羽、向荣二人，在罗煞的疯狂攻击之下，延羽、向荣凭着自己对机甲的信任，终于反败为胜，将罗煞击退。
与此同时，邪灵组织从延、林博士口中套不到任何关于‘黄金圣杯’的线索，设下了对二人不利的计谋。
邪灵利用毒药般的饭菜对付延、林博士二人，却让二人趁机得到一通讯仪器。两博士利用通讯器改造而成的发射器不断向外界发出信号，试图通知延羽一众人自己的位置。
与此同时，达尔文向延羽五人道出金波城已无能源石‘黄金圣杯’的秘密，众人深感救父无望之时，达尔文想起制造接收器可侦察延、林博士的求救信号。在达尔文研制仪器的这段时间内，延羽无意中发现向荣的心结，得知向荣与父亲的过去及与邪灵的恩怨。见一脸失落的向荣，延羽举行一场机甲之间的足球赛。不料比赛当中笑话百出，却也让延羽、向荣之间的友谊更进一步，并且缓解了一众五人大战前的紧张感。就在此时，仪器终于研制成功，信号直指空中堡垒！
延羽一众人赶至邪灵的空中堡垒之下，却苦于无进入堡垒的途径。就在众人无计可施之时，向荣独自一人偷偷找出了邪灵的空中交通工具，却不料这一切被基洛看在眼里，基洛对于向荣的身份渐渐产生了怀疑。
延羽一众七人利用飞行器偷偷潜进邪灵的空中堡垒，却不料巨大的空中堡垒内地形错踪复杂，一众人决定兵分三路，分头搜索延、林博士的下落。
基洛、凌义在搜寻的过程中，无意中进入了邪灵的资料室，却因此发现了向荣的真实身份！
与此同时，延羽、嘉静、向荣三人也终于找到了被困的延、林博士，就在一众人拼命逃出，以为终于得救之时，却不料自己早已被邪灵发现，将留守在飞行器中的希阳、达尔文捉住，要胁延羽几人束手就擒！眼见延羽几人即将被捉，凌义、基洛突然杀出，引起一片混乱，向荣更趁机救下了被困的希阳、达尔文！
经过一场苦战，延羽一众人终于突破了丛围，夺得飞行器准备撤退之时，却被罗煞千方百计阻拦，最后向荣以身犯险，用机甲挡住一众追赶的邪灵兵，令延羽一众人趁机逃跑！
不忍丢下向荣的延羽意欲返回救人，却被基洛告知向荣的真正身份竟然是邪灵统帅希特的儿子！
延羽一众人终于救出延、林两博士，两博士得知金波城已没有能源石一事后，决定要先邪灵一步找出支撑着整个金波城运作的‘中枢计算机’。不料这一切被罗煞全部监听到！
期间，基洛一众人以为延羽仍为向荣一事谨谨于怀，却发现延羽根本毫不在意，原来延羽认定向荣不肯道出身份一定是有迫不得已的苦衷。
那边厢，罗煞得知金波城已无能源石之后，定下了邪恶的阴谋。不多时，邪灵组织中向荣突然受到袭击且被秘密转移，同时，末日战神亦被神秘人所偷！
正当延羽一众前往废弃研究所查找关于‘中枢计算机’的位置之时，突然受到末日战神的攻击。延羽几人召唤出机甲死挡，眼见末日战神渐不敌之际，希特突然带着雷神杀出，挡住了延羽让末日战神趁机脱身。却不料，末日战神突然一转态度，竟然将希特撞下山崖爆炸而死！与此同时，顺利进入废弃研究室的嘉静一众人却发现研究室内被安装了炸弹，随着一场大爆炸，所有的资料灰飞烟灭。
邪灵组织中，向荣于监视室中见父亲被杀！
记载着‘中枢计算机’位置的研究所被毁，一众人为毫无线索苦恼之时，达尔文拿出爆炸中抢救回来的一个破损的小闹钟，并道出闹钟中记载的信息可以找到‘中枢计算机’的位置。在闹钟修理期间，凌义无意中从三位博士的口中得知，能打败强大的末日战神的只有合体机甲！
而此时，邪灵组织之中，罗煞正式成为邪灵的统帅，并且已经得到了‘中枢计算机’所在的中枢塔位置！罗煞更找到了巴比、杰克、罗斯帮忙，且罗煞更对向荣声称希特为延羽众人所杀，向荣亦正式加入邪灵大军。罗煞带着邪灵兵团气势汹汹朝着中枢塔前进！
延羽众人在得知中枢塔位置之后亦立刻出发，却在接近中枢塔时被杰克、罗斯阻拦。众人兵分两路，基洛、嘉静、希阳拦下杰克二人，令延羽、凌义赶去阻止意欲破坏中枢塔防护罩的罗煞众人。
面对强大的末日战神、铁角犀骑、独角恶灵，延羽、凌义渐不敌之际，凌义牺牲了自己的圣光神鳄，令延羽的无双龙神进化成为合体机甲，凌义却也因此跌落海中消失无影踪。
面对强大的邪灵机甲，延羽一众人被逼撤退。再次与三位博士会合，却被告知因为合体机甲的合成不但令圣光神鳄消失，凌义恐怕也已遇险。一众人伤心不已，延羽更意欲偷偷前去袭击邪灵，却被嘉静、基洛、希阳三人阻止！面对着即使机甲消失也死不退让的三人，延羽明白同伴不想失去自己的苦心，四人也在打斗中更加坚定了齐心合力、共同战斗的决心！
与此同时，被邪灵组织占据的中枢塔内，罗煞利用‘中枢计算机’靠冷却系统运行的原理，发现真正的‘中枢计算机’竟隐藏在地底下，并令杰克将联接‘中枢计算机’的通道打通！不料，向荣将一切看在眼中，竟悄悄对杰克所驾驶的火钻钢马做了手脚，并且，向荣跟踪着罗煞，发现了被困的雷神！
如果保护不了‘中枢计算机’，将其毁掉也不能落到邪灵组织手中，得到最后指示的延羽一众人再次朝着中枢塔出发！一众人实行调虎离山这计，嘉静、希阳、基洛将把守在塔外的巴比、罗斯、向荣三人引开，让延羽趁机潜进中枢塔中！
嘉静、希阳、基洛设计将巴比、罗斯、向荣三人引走，却被向荣发现延羽已进入中枢塔！
同时中枢塔内，眼见一条人工通道即将被火钻钢马打通，延羽召唤出合体机甲欲阻止，却不料罗煞突然杀出，挡下了合体机甲！正当延羽、罗煞苦战之际，向荣突然出现，并将延羽不断往出口推去。原来向荣已偷偷地在火钻钢马身上装上了炸弹，一旦炸弹被引爆，整个中枢塔将被炸毁！却不料，罗煞早就看透了向荣的行动，炸弹一早就被销毁！眼见‘中枢计算机’即将落到邪灵手中，向荣不顾一切挡下罗煞，令延羽尽快进入中枢研究中心！
研究中心内，延羽及时出现，将意欲逆转‘中枢计算机’能量的火钻钢马击倒，却不料罗煞已将向荣打倒，趁机进入中心内，‘中枢计算机’能量被逆转，世界开始被机械化！
与此同时，面对强大的巴比、罗斯，嘉静三人不敌，被巴比二人进入中枢塔与罗煞汇合！
那边厢，雷神于海边救下了昏迷不醒的凌义，而达尔文三位博士正加紧时间复制消失的圣光神鳄！
因为‘中枢计算机’能量被逆转，眼见大家的努力将被白费，愤怒的延羽驾驶着合力机甲对罗煞进行疯狂攻击，就在此时巴比、罗斯突然杀出，挡到了罗煞面前。却想不到罗煞为了增强末日战神的能量竟将巴比、罗斯二人的机甲连带他们的生命全部吞噬！面对如此强大的末日战神，嘉静、基洛欲限制其行动，却反被控制着对付延羽！
而此时，昏睡中的凌义感应到了同伴的呼唤，慢慢清醒过来。凌义从三位博士口中得到延羽一众人身陷险境，立刻带着圣光神鳄前去救助！
这边厢，延羽面对着被控制的嘉静、基洛死不还手，眼见延羽渐危险之际，凌义驾驶着圣光神鳄出现，救下了一众人并道出了对付末日战神的方法就是利用机甲的元素能量！经过一场苦战，众人利用自己的机甲一一抵销末日战神体内的各种元素能量，在延羽的最后一击之下，末日战神在眼前被彻底粉碎！
与此同时，达尔文三位博士亦成功进入了中枢塔的控制室，设法停止被逆转的‘中枢计算机’！
末日战神终于被击败，延羽一众人欢喜不已，以为一切将恢复原状之时，却发现‘中枢计算机’并未被停止，源源不断的机械能量侵袭整个世界，无数动、植物被逐渐机械化，四处破坏，五大城市秩序大乱！
无计可施的延羽众人收到博士们的指示，能停止‘中枢计算机’的唯一办法竟然是含有陨石能量的机甲召唤器！经过一番痛苦挣扎，五人终于明白机甲兽神最终的使命是守护这个世界，五人决定忍痛挥别机甲！
五人最后一次召唤出机甲，同时撞向‘中枢计算机’，却不料力量仍不够，眼看即将被‘中枢计算机’能量反吞噬之际，向荣突然出现，并将末日战神召唤出来！集合着六辆机甲的力量终于将‘中枢计算机’毁掉！
机械化能量渐渐消散，世界再次恢复原貌。
延羽六人各自回到了自己的家乡过上了和平安定的生活。就在此时，嘉静、凌义、希阳、基洛四人突然收到了延羽的紧急集合通知，原来是延博士发明了六台机甲模型，机甲兽神以另一种形态再次陪伴在延羽六人身边！
