慧深：男，全剧的男一号主线人物。原东晋安帝太子，俗名司马远，出生三天就被刘裕施阴谋入了佛门，在瓦棺寺为僧，后为瓦棺寺方丈，又后来为荆州西门寺方丈。慧深是一个文武多才又极有德行的高僧。因其特殊身份，他从小受到了特殊教育，精通儒、释、道、诸子百家及各种功夫，还精通天文、数学等各种自然知识。慧深与祖冲之都是古代天文学家何承天学生，并且是换心的忘年好友。慧深云游至神农架，救下了黑毛山神。……因非常事件所迫，慧深不得不避祸远行。船行至彭蠡湖口遇五斗米道，不想五斗米道大王竟是他少年时的救命恩姐谢金玲。最后，他谢绝了谢太君的苦苦挽留，把深情藏入心底，远航东行。……后历经艰险，到达扶桑国（墨西哥），若干年后孤身回到中土，结果却被官府当做妖人，屈死于死囚牢中……

祖冲之：男，南朝宋齐时数学家、天文学家。祖冲之是慧深的换心好友，也是何承天的得意门生。他还是皇家最高学术府——华林学省的骄骄才子。后任南徐州从事，娄县县令等。祖冲之终生钻研各种学问，有多方面的成就，可他却时时受到权势的压制，他的《大明历》直到他去世后十年才得以颁布。……南朝齐竟陵王萧子良，广邀天下名士会聚荆州上西邸，有着经天纬地之才的祖冲之也受邀前往。在荆州，祖冲之不仅见到了久别的慧深大哥，还结识了范缜。后因非常事件，慧深必须避祸远行，他将千里船送于慧深大哥助他远航……，祖冲之为慧深的东行远航起了关键的作用。

范缜：男，32岁。古代思想家，无神论者，著有《神灭论》。在华福寺遇险，被慧深、山神所救，同时也为慧深的高尚德行与广博的学识所折服，还与慧深结下不解之缘、生死之缘。范缜因写《神灭论》心力耗竭而得伤寒病，被慧深送往茅山，请道家名医陶弘景救治。范缜的《神灭论》思想触犯了笃信佛教的竟陵王萧子良，萧子良召集了一批名士专门与他论战发难，但范缜宁折不弯，后被毒刑、收监，并判为发配广州。他是慧深的忘年好友。

陶弘景：男，28岁，字：通明。道教上清派嫡传，自号：茅山华阳隐居。南朝齐、梁时名医名士。史称“山中宰相”。他与慧深、范缜、祖冲之等结为挚交好友。范缜受刑幸他上下周旋并及时治疗。他为慧深的远航尽心尽力。

谢英姑：女，17岁。谢太君的小女儿（遗腹女），才貌双全，五斗米道少帅。自幼跟其母学得一身好武艺。后拜慧深为义父，并随将随慧深一同出海远航。历尽艰险到达扶桑，凭借高强的武艺扬威阿兹特克和玛雅的竞技场，后嫁于玛雅王子墨西特里，将中国文化传入中美地区……

山神：男，19岁。一个自幼被丢弃的毛孩，由神农架野人养大……，隐士荆州琴王的琴声韵律，使其人性逐渐苏醒，终于叛离野人，被野人又咬又打……，云游到神农架，并借宿在老隐士家中的慧深，冒险将奄奄一息的山神救下、并收留。山神的人性不断被唤醒、开发……，他虽不会说话，却极为聪明，招人喜欢，且对慧深忠心耿耿，最后随慧深一同远航。到达美洲之后，在阿兹特克人、玛雅人和加勒比人的战斗中，不幸被加勒比人暗算而死。

谢金玲：女。谢灵芝（静安）的女儿，自幼在永华庵带发修行，她是古代军事家谢玄的后人，自然继承下了谢家的军事才能和一身武艺……，十多岁时，随谢家世交明家游历茅山等地，又拜访丹阳秣陵的陶神医。而同在此时，少年慧深得知了自己的身世，去丹阳秣陵祭陵，却被暗伏在陵墓附近的宫中亲兵围杀，危机时分，被谢金玲救下。次事惊动了宋武帝刘裕，带兵到瓦棺寺问罪。谢金玲行刺刘裕……，行刺未成，后跳江自尽。

谢太君：女。五斗米道大王。就是当年行刺刘裕后跳江的谢金玲，慧深的救命恩姐。她一心想留下慧深，但慧深执意要远航。于是谢太君将万里船送给慧深，并将女儿谢英姑也托付给他。（谢金玲，谢太君是同一人）

墨西特里：男， 美洲原住民 ，玛雅王子，少年老成，长相略像谢英姑的故交郦道元，在一次逃难途中被食人族捕获，所幸碰到慧深的远航船，为谢英姑所救，被英姑的美丽的容貌和高超的武艺所征服，后成为玛雅人的一代明主，并娶英姑为妻。

法洪：男。原为白吉青的伴谈小厮，遭毒打后被慧深所救，后在瓦棺寺出家为僧。谁知他恩将仇报出卖了慧深，并离寺还俗。二十几年后他混入荆州萧王府为食客，发现慧深也在荆州，再一次暗害慧深，他向萧子良献计让慧深与范缜对阵，迫使慧深远行。没想到萧子良把追赶慧深的差事派给了他，他和硬弓手们一同追赶慧深等人，并命人箭射山神，干了一连串伤天害理之事。他为私欲而恩将仇报加害慧深，不料他自己反被五斗米道捉拿入彭蠡。他自知留下必是死路，于是苦苦哀求慧深带他一同远航，在远航途中又联络岛国土人意欲暗害慧深，后流落荒岛……这是个典型的恩将仇报的小人。