如果企业要在法定工作时间外或在法定休息日安排工作，必须向所管辖的劳动基准监督署署长提交《关于申报加班和假期工作的协议》。如在未有提交三六协定下安排劳动者在工作时间外或在法定休息日工作会受到处罚。
即使提交了三六协定，也不代表可以无限度地在法定工作时间外或在法定休息日安排工作。工作时间的上限如下表所设。
年度带薪休假的权利2年内有效。即当年应享受的有薪假期的未休假部分可算入次年。因此上年未休部分与当年新获部分合计之后，每年最多可以享受40天（工龄7年6个月以上者）带薪休假。若劳动者并未行使年度带薪休假的权利，且由于时效或离职等原因造成该权利灭失的，则由公司来决定是否根据其剩余的休假天数给予金钱上的调整补偿。但并不推荐采用这种方式来对员工取得年度带薪休假的天数进行控制，为员工创造一个容易进行带薪休假的环境才更加重要。
对于每年度获得10天以上带薪休假的雇员，公司须使其每年切实享受5天的年度带薪休假。
再者，年度带薪休假原则上以天为单位取得，但若签订劳动合同，每年最多有5天可以以小时为单位享受带薪休假。
雇员因个人伤病的缺勤，不必在上述带薪休假之外另行给予有薪假期。但是，日本企业通常会因雇员的结婚、近亲死亡、配偶分娩等，另行给予数天的带薪休假。
对于工作天数少，每周工作时间较短的兼职员工会根据所定工作日数的相应比例给予其年度有薪假期。
