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如何评价华大推出的BGISEQ-500？
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15 个回答
10.28 已经标明了禁止转载，竟然还被『生物探索』这个公众号无耻抄袭了，没有注明出处。这个，能不能有点节操啊伙计们
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泻药。有错误或者偷懒的地方（看心情）慢慢更
一句话：bgiseq500是远超预期的、有真正实战意义的国产测序仪（估计到广告法没有加上第一或者唯一之类的词但是其实大家懂的），是一款里程碑式的产品。
先照例对老东家来一发吐槽。bgiseq500的官网
BGISEQ500。不加www无法解析，排版疑似ppt内完成然后截图上传成网页，jpg的边界超过div边框以至于文字被切掉一半，分辨率尴尬，jpg保存时质量值低到无法忍受（包括logo）（简直就是qq截图啊是不是啊就承认吧，哦好吧不是，全网页从头到尾就一张图截图截不出来），所有文字无法复制、被搜索……
哎呀跑题了，还是说说BGISEQ-500这款测序仪本身吧。
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定位
：BGISeq-500（内部开发代号Zebra）从命名上就很微妙，看起来直接竞争对手就是illumina 家的NextSeq 500。之前也有两款国产测序仪，中科紫鑫BIGIS-I和华因康PSTAR-II，在这个贴里我觉得还是不要拿出来被嘲讽以及恶心老东家了。
主要参数：
通量： BGISeq-500 : 8-200G，NextSeq 500：25G-120G
读长：BGISeq-500: 50SE/50PE/100SE/100PE， NextSeq 500 ：75SE/75PE/150PE
质量： BGISeq-500 : Q30 bases > 85%，NextSeq 500：Q30 bases > 75%/80% （嘿嘿）
运行时间：BGISeq-500: ~24h，NextSeq 500：12-30h
可以说是，两家500全方位正面刚！NextSeq 500的主要目标客户就是医院、检验所级别的中小型规模应用场景，有别于Hiseq定位于测序工厂，Miseq定位于实验室高精度快速的科研用途。通量可上可下，可以做人类全基因组测序，也可以做Nifty。从官方数据上看，两家500各领风骚，各有千秋。BGISeq-500 在通量上更灵活（FCL、FCS两种芯片高低通量搭配），而Illumina家再读长上更有优势。Illumina家的测序质量经过市场检验，虽然BGISeq官方给出Q30以上的碱基达到85%，但并未根据读长、PE/SE模式给出具体数据，所以看到真正的raw data之前，我对测序质量暂且不进行评论。运行时间相当，都在一天左右，对于要求快速产出的医学检验有非常大的吸引力。
- 技术 ：联合探针铆钉聚合技术（ cPAS ，cPAL是CG家的SBL技术，L=>S是不是意味着改成SBS？但貌似又不完全是，官方貌似完全没有使用过SBS这个词）以及惊艳的DNA纳米球技术（ DNB ）
官方公布的两个核心技术就是cPAS和DNB。之前猜测BGISeq-500是基于边合成边测序（SBS）技术的（BGI向helicos购买了专利，可能与SBS有关？），然而现在公布的是cPAS，把CG家赖以生存的边连接边测序技术cPAL改了一个字到cPAS，是不是就算是SBS了呢？很玄妙。如果不是SBS而依然是SBL，怎么能做到100的读长而且运行时间这么短，我也很好奇，希望各位大神解毒。不排除前东家只是刻意在回避SBS这个词，即便是用了SBS，BGI应该也应该准备了足够对策（BGI近期的专利收购、illumina家的专利漏洞、我朝的专利壁垒什么的）。
DNA Nano Ball纳米球技术，依然来自CG，但是头一次现场看到解释真是 非常惊艳！非常惊艳！非常惊艳 ！！一坨坨DNA落在纳米格里面，克服了illumina家扩增中造成的CG偏好性偏差之类的，看起来是非常美的技术。芯片密度达到光波衍射的极限，工业技术上也非常令人佩服。具体的不太懂，配一张美图（分辨率不在地，毕竟我是在『截图』画质的基础上又截了个图）。
不过这个技术带来的另一个让人好奇的地方就是，怎么实现PE（双端测序）。每个孔里只有一种分子只出一种光信号，貌似是没法直接输出成对reads的。于是我非常浅薄地猜测，PE是在建库过程中实现的，大概方案可能类似与『 后口动物胚层反转』（请有生物学基础的同学脑补）。即是一个文库的需要测序的两端，通过连接连在一起（类似于illumina家的mate pair。中间可能放几个碱基做间隔），然后再一次测通。这样有一些问题：比较重要的是，一对paired-end reads的测序质量会有显著差异（如果动用了SBS的话，3'端测序质量是回显著下降的）；如果要有特殊用途，像illumina家短文库读通的reads（比如文库长度250bp而两端各测150bp，其中大约有50bp重叠区域被测了两次，相当于直接构建了一条长度250bp的read）不可实现。BGISeq-500的PE实现方式想象图（帕金森画技请欣赏）（有其他答案补充说是MDA技术，会放到BGISeq-500官网，MAD==Multiple displacement amplification？常用于单细胞测序的多重置换扩增？有待确认）：
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价位
：大概是良心机器（咳咳需售后维护），猜测是无比良心的试剂，不管是BGISeq真牛比，还是不那么牛但能倒逼无良的illumina家降价，总之大家肯定是有福了。
官方声称仪器成本比同行低三分之一（不知道是仪器售价还是成本还是运行起来以后的成本），个人基因组（没有说深度？默认30x好了）价格（还是成本？）6699，甚至低于x ten的8000左右。后续维护成本不知道如何（嘿嘿毕竟是第一台机器，不稳定什么的应该是预期以内的事情），但实际成本一定会大杀无节操的、对试剂任性定价的illumina的嚣张气焰。
总之，老东家威武。希望你大大以后出国见客户，可以带着高铁，核电，以及测序仪。
匿名用户
使用过illumina从Miseq到HiseqX的所有测序仪，自认对于illumina测序仪原理神马的较为了解，现在也在用华大的BGISEQ-500测序仪，前面有回答说BGISEQ-500是正面直刚Nextseq500来的，那我就在使用方面做一下评价。
首先，我们有NIPT项目在做。众所周知，各家公司现在都对NIPT周期压缩的很严格，几乎没有多少喘息的余地。BGISEQ-500恰好有一款IVD机型，专门针对临检的，那就比较一下这两个在NIPT的表现。Nextseq500在做NIPT的时候使用的测序策略是SE75（有些公司比如贝瑞是SE36），运行时长为11个小时（其中包括测序过程9个半小时和测序后自动wash一个半小时，测序的9个半小时结束之后其实既可以拆分了），之后拆分1~2个小时，数据分析各家不同，大概是2~4个小时；前期预处理提取建库这些流程应该是比较成熟的了，加起来大概需要两天到两天半的时间，库检和上机的时间大概不到一天。
在说一下BGISEQ-500，还是先说测序仪运行，测序策略是SE35，这是华大给的。测序时间上，单芯片运行1*1的时候33个小时，拆分1~2小时，后续分析5~6小时（双芯片运行大概1小时一个cycle，拆分1~2小时，分析10小时左右），时间上有点长，不过从上机之后，所有过程都可以自动完成（IVD，科研机型不知道，没用过）。预处理提取建库的时间差不多（同样样本量的情况下），不需要库检（仅限NIPT，其余的还是需要做2100和定量的），不过上机前make DNB和loading的过程也需要半天多一点的时间。
就Q30而言，Nextseq500 SE75最后的平均Q30在93%以上，BGISEQ-500SE35也差不多，92%左右。
测序策略上Nextseq500有SE75/PE75/PE150可选，试剂上有中通量和高通量可选；BGISEQ-500有SE50/SE100/PE50/PE100/PE150可选，芯片有FCS和FCL可选。
BGISEQ-500 PE的技术是MDA技术，还是比较巧妙的。测序是边合成边测序，估计是为了规避illumina所以没有提SBS。
总的来说，BGISEQ-500作为国产的二代测序仪还是不错的，最起码借着华大投放的东风使用还是不错的，当然华大人喜欢讲情怀这种事情在一个没在华大待过的人看来还是比较别扭的。
缺点么，就是运行时间长，一个SE35竟然要33个小时，其他的可想而知；再有就是测序质量一般，illumina承诺测序质量都很低70%、75%之类的，主要是放置过多赔付；华大的85%应该是实际值，也可能还有点水分。还有就是上机前试剂还要另外加dNTP和连接酶，让我想起了Hiseq2000的操作。嗯，，，，哦，，，，还有就是，希望华大的同仁能提高一下服务意识，不要总是那种高高在上的赶脚，让人不太舒服。
大概说这么多吧，以后想起来了再补充好了，如果有人感兴趣的话。还是很希望华大把测序仪做好的，毕竟一款好用的国产测序仪所有人都喜欢不是。作为一个二代测序从业人员，真心的希望我国的测序事业越来越好。