部分大學採行「博士課程五年一貫制」（即前期二年『相當於修士課程』、後期三年）。其入學資格與大學畢業通過入學考試同。僅修完二年課程者謂之「博士課程前期修了」。另外，以修士學位或博士課程前期修了資格考進博士研究所者，修完三年以上課程並通過博士畢業論文者，即可取得博士學位。 不得修學分，僅能作特定主題研究。其入學資格包括五專、二專、碩士、博士等畢業學歷均可。一般想考大學院（研究所）之前，多數大學規定須先以研究生身分（可取得「留學生」資格）申請入學（僅需受教之教授許可後提交教授會議審核通過，不須經過考試）。 聽講生、科目
以非正規生之身分參與正規生課程之講座，此類學生不能獲取學位。聽講生不能修取學分，而科目履修生可修取學分。兩者之入學資格、選考方式均等同留學生正規招生方式。但為取得留學在留資格，每週須聽講十小時以上。 經由師長推薦或自己與教授連繫，並提出研究計畫、相關文件送教授會審核，通過後取得「入學許可書」辦妥來日手續，當一年或數月研究生或聽講生，徵得指導教授同意參加選考，合格後始可成為正式院生。
有關各校入學報考簡章及申請資料可參閱：
•大學院案內 （東京圖書出版社） 。
•外國留學生大學院入學案內 （亞細亞學生文化協會編，同文館出版） 。 教育部於台灣北、中、南、金馬各地設有八處「留學服務中心」（請洽教育部三科查詢。電話：02-2356-5730），有意留學日本者可就近至上述服務中心查閱日本各大學要覽、簡介，另外也可以到「財團法人日本教育協會留學情報中心」查詢日本留學資訊，電話：(東京) 03-5520-6111，傳真：(東京) 03-5520-6121，地址：東京都江東區青海2-79。
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