故事开篇，讲诉焚祭剑出身由来，因其由万千煞气铸成，女娲恐它为祸世间，将它封印于乌蒙灵谷冰炎洞内，交由一方部落看守。因女娲封印期限将至，守护者休宁担忧封印镇不住焚寂，与幽都婆婆报告如果使者再不来，自己打算向紫胤真人求助，幽都婆婆制止她，表示会派巫贤风广陌前来相助。这时洞口一黑影出现，休宁运功打过去，却发现是自己的儿子云溪，云溪马上认错跑出去。跑到结界边，云溪发现一只会说话的狐狸，追过去发现有个洞可以出去。虽记得娘亲叮嘱自己不可以出村子的结界，但云溪还是追着狐狸爬出了洞去。狐狸见云溪追来，赶紧跑去找一颗老树求救，见老树没反应又赶紧逃跑，云溪紧追不舍。幽都内，风广陌要外出办事，临走前送给妹妹灵石手链，没么舍不得他出去闯荡，哥哥安慰她可以用手链感应自己，对于能出去见识外面世界哥哥感到十分激动，并承诺等办完事情就带苗苗出去见识一下。妹妹嘟嘟嘴，觉得婆婆不会让自己出去。云溪追到狐狸，抱起它在怀里，回头却发现一只大熊在身后，云溪赶紧抱着狐狸逃命。大熊弄断大树，砸伤了云溪，云溪让狐狸快逃命，狐狸飞上去与大熊厮打，大熊将它打到一边。危急关头，一白衣少年出现，三两下打跑大熊。风广陌来见休宁，休宁追问他为何迟到三日，一时气氛骤降。老头出来打圆场，让下人带风广陌去休息，明日再举行封印祭礼。风广陌走后，休宁猜测他是贪玩儿才迟到了，老头倒觉得风广陌刚来人间被吸引是人之常情。休宁提出封印祭礼需再找一位稳重之人帮忙，并想到紫胤真人。白衣少年替云溪包扎伤口，云溪问他从何处来，少年说自己是寻医而来，却在此处迷了路，云溪告诉他要绕过山谷走。少年见天色已晚，想到云溪家借宿，云溪告诉他村子不让外人进入，特别是今明两天。休宁让老鹰传信给紫胤真人。云溪带少年找出谷的路，少年问他过了这两日是否就能进村子，云溪告诉他村子从来不会让外人进出，少年若有所思。找到了出谷的小路，少年送他驱逐野兽的炮仗，云溪问他以后是否还会来这里，少年表示办完事自己会来看他，两人分别。云溪从洞里爬回村子，一出洞就被风广陌抓住，风广陌看项链认出他是休宁的儿子，云溪告诉他自己的名字。风广陌大笑，问他私自外出难道不怕休宁教训他，云溪觉得结界稳固不用担心，并猜出风广陌是幽都来的，希望他能替自己隐瞒外出的事。风广陌让他陪自己喝酒聊天。云溪问起幽都的情况，风广陌却感叹人间更好玩，并描述起人间的繁荣景象，云溪听得入神，希望风广陌完成封印后能带自己出去玩儿，风广陌遗憾的说完成封印自己就得回幽都了，并感叹和云溪同病相怜。

晴雪依旧决定离开幽都，等找到云溪和风广陌再回来。红玉叫来陵越，陵越见焚寂煞气涌动，不知是何缘故。红玉问起屠苏受罚之事，告诉陵越屠苏与焚寂一体，让他去告诫屠苏要稳定心神不可动怒，免得被焚寂趁机控制。陵越去找屠苏，见他跪在紫胤闭关的门外，倾诉心中苦闷，不知自己为何执剑。紫胤在门上显露劝诫真言，屠苏茅塞顿开，心中释然。回到居所，陵越给屠苏送来饭菜和新衣，见他闷闷不乐，便劝他和自己一起修仙，屠苏表示一切听他的。陵越要下山除妖，大家在门口送他。陵越交代好一切事宜，然后偷偷交给屠苏一样法宝，并与他耳语，随后离去。芙蕖和二师兄他们都好奇陵越交给屠苏的东西，屠苏展开手心，却是一个铃铛。二师兄想抢，屠苏便摇动铃铛好好戏弄了他们一番。二师兄他们被戏弄后回到房间，心中十分不服气。二师兄决定要利用四年一次的招收新弟子入门，将屠苏赶出天墉城。晴雪来到人间，拿着地图不知如何找到天墉城。这时发现小河边一群手持兵器的武者围着一个弹琴的翩翩公子，这些武者见公子弹琴不止，失去耐心，想要强行带他离去。晴雪见不惯，站出来制止他们。武者们不听劝，执意要动武，欧阳少恭用琴音控制住这些人的行动，将他们引到小河边让他们跳入水里，晴雪见此忍俊不禁。晴雪问那些人为何会被控制，少恭坦言自己其实早就点了迷魂香，所以那些人才会被控制。少恭问晴雪为何独身来到这里，晴雪胡诌蒙骗他，只说自己来找朋友，并要过他烤好的鱼大吃特吃。少恭看到晴雪吃鱼的样子，想起他昔日的恋人，回过神来却发现晴雪将鱼肚子都吃了，满脸黑线。两人互报姓名，晴雪向他打听天墉城，少恭见她执意要去天墉城找朋友，便与她一起去天墉城参加新弟子招收。到了天墉城报名处，却被告知天墉城不收女弟子。晴雪巧言善辩，这时芙蕖出现，晴雪言语上又对她多加吹捧，芙蕖便同意让她报名。晴雪进入天墉城，到处都见不到云溪，这时二师兄前来，说明了最后一项考核的内容，就是去翡翠谷平安渡过一晚，会有人带着他们去，如果顺利出关便是通过考核。二师兄来找屠苏带队，屠苏不愿去，二师兄以紫胤真人的脸面挑衅，屠苏果然同意。屠苏将大家带到翡翠谷，自己就一人枯坐一旁。少恭问晴雪这是不是她要找的人，并上去与屠苏攀谈想要试探一下，谁知屠苏根本不理他，少恭只好灰溜溜回来。

陵端被少恭揭穿私放妖怪之事，对少恭深为愤恨，故意不教他剑术，安排他去做杂役。屠苏看到这一幕后便单独教少恭剑术，两人友谊渐深。被杀死的姑获鸟怨灵不散，附在芙蕖身上，威胁陵端帮自己找屠苏和少恭报仇，被少恭识破，屠苏、晴雪、少恭三人布阵将姑获鸟怨灵净化，救了陵端，陵端却并不领情。某日少恭想要下山祭奠恋人巽芳，不惜违反门规，屠苏劝阻无果，便偷偷带他下山。此时恰有鬼面人闯入剑阁偷焚寂剑，被剑侍红玉发现，敲响了警钟。山下的屠苏听见钟声立刻和少恭赶往剑阁，路上又被一群鬼面人围攻。这时外出除妖的大师兄陵越终于回到昆仑山，与屠苏、少恭一起击退了鬼面人。三人赶到天墉城，发现鬼面人挟持了晴雪。陵越打败鬼面人救下晴雪，晴雪感到鬼面人很像自己失踪多年的大哥，却不敢说破。

幽都婆婆感到焚寂煞气越来越强，来到天墉城要见紫胤真人，正遇上晴雪。陵越对晴雪身份产生怀疑，一番试探后果然发现幽都婆婆和晴雪私下见面，晴雪作为幽都灵女冒充天墉弟子的事情败露，被责令下山。这时鬼面人再次闯入剑阁，打伤了幽都婆婆，下山的事只好暂时搁置。鬼面人被红玉和陵越击败逃走后，山下安陆村突然被妖怪袭击，向天墉城求救。天墉弟子们下山除妖，屠苏被困于妖怪的幻境，看到鬼面人绑架少恭威胁他交出“焚寂”。幻境中的鬼面人砍掉少恭的手臂，屠苏惊怒之下煞气发作，跑回剑阁抢走了焚寂剑。另一边，陵越与晴雪追踪鬼面人的踪迹，忽然看见屠苏养的海东青“阿翔”求救，陵越赶到安陆村，却只看到巨大的九头蛇妖。陵越不敌蛇妖，危机时刻，手持焚寂的屠苏从天而降，斩杀了蛇妖。但被焚寂煞气侵心的屠苏在击败蛇妖后仍停不下杀戮之念，打伤了陵越。紫胤真人及时赶到，封住了煞气。屠苏力竭昏迷，躲在暗处的鬼面人见紫胤出关便悄悄逃走。

屠苏对打伤大师兄的事深感自责，紫胤要求他在禁地闭关三年，面壁思过。晴雪知道了屠苏就是当年的韩云溪，和婆婆回到幽都，努力学习幽都古卷，寻找消除煞气之法。少恭与屠苏告别，打算回到故乡琴川，临走前鼓励他不要屈服于命运。少恭下山后遇到青玉坛坛主雷严，雷严以少恭的老仆人“寂桐”的性命相威胁，要求他加入青玉坛为自己炼药。三年后，芙蕖向天墉城掌教涵素真人求情，将屠苏放出了禁地，此举又惹来暗恋芙蕖的陵端的嫉妒。少恭在青玉坛担任了丹芷长老，雷严派去监视他的婢女素锦对他暗暗钟情，假扮成他的恋人巽芳，令少恭十分震怒，不打算继续留在青玉坛。少恭在青玉坛期间本就不是真心效忠，一直与江湖游侠尹千觞暗中联系，寻找复活巽芳之法。尹千觞带来消息说江都一带可能有线索，少恭立刻与他商量分头行动，带着寂桐离开了青玉坛。

陵端百般挑衅屠苏，屠苏一旦动怒便会煞气侵心，唯有凭坚毅性格默默忍耐。陵越认为不是长久之计，便去幽都询问是否有更好的抑制煞气的方法。屠苏痛苦难耐，试图毁掉焚寂，被红玉阻止。红玉责怪他行事草率，罚他去藏经阁抄写经文。陵端的小跟班肈临也因为乱嚼舌根被罚去藏经阁抄书，刚看到屠苏也在时十分惧怕这个“怪物”，相处一段时间后却觉得屠苏也是个内心温和善良的人。满月之夜，焚寂煞气最强烈的时候，一个鬼面人潜入藏经阁偷焚寂，被肈临发现，鬼面人立刻用焚寂杀死肈临。屠苏夺回焚寂，追踪鬼面人来到树林，虽然以焚寂砍伤了鬼面人的手臂，却还是被他逃脱。回到天墉城时，陵端等人见肇临死去，伤口有焚寂煞气，一致认定是屠苏杀死了肇临。屠苏百口莫辩，冤屈之下煞气发作，与同门大打出手，掌教真人率领众人结阵将他打成重伤，关入牢笼等待处决。芙蕖相信屠苏没有杀人，偷偷将屠苏放走，红玉也相信屠苏，将焚寂交给他，嘱咐他在山下躲避一段时间，等待紫胤真人出关主持公道。屠苏对山下的世界毫无了解，唯一知道的地名便是少恭临走前提到的琴川，便决定去琴川找少恭。

陵越带着晴雪回到天墉城，没有见到屠苏，只听到他杀死肈临逃往山下的消息。陵越相信屠苏不是凶手，让晴雪下山寻人，自己留在城中查访线索。与此同时，少恭与寂桐在路上遇到了石妖，寂桐挡在少恭身前被石妖打伤，少恭击败石妖后发现她们在用玉横碎片修炼。玉横是吸灵的宝物，也正是少恭寻找的复活巽芳的关键。寂桐受伤后不宜奔波，少恭便打算带她回琴川休养。另一边，屠苏在琴川遇到了痴迷修仙的书生方兰生，又因为没钱而留在方家当杂工。兰生缠着屠苏教他仙术，屠苏不答应，兰生偶然间得知屠苏在找少恭，便说自己是少恭小时候的朋友，以少恭的消息作为交换条件要求屠苏教他。屠苏教了几天，发现兰生并没有少恭的消息，而兰生的二姐方如沁也觉得兰生天天跟着屠苏胡闹不成体统，于是如沁辞退了屠苏，屠苏也干脆地答应离开。临走前屠苏捡到兰生不小心掉落的青玉司南佩，被方家家丁当成小偷，一怒之下拂袖而去，煞气发作晕倒在街上。

琴川捕头吴叔救了昏迷的屠苏，为了报答，屠苏便帮他查案。最近琴川正在闹采花贼，屠苏追着贼跑进方家，却被方兰生误当成打算对如沁下手的采花贼。屠苏不欲解释，离开方家后又在河边撞见风晴雪沐浴，兰生更加坚信屠苏是要轻薄晴雪，幸好有吴叔出面解释才消除了误会。为防采花贼再来，屠苏和晴雪入住方家保护如沁。第二天屠苏和晴雪前去调查之前的受害女子，却发现这个采花贼并没轻薄受害女子。而对于他的容貌，受害女子则持极美、极丑两种极端描述，二人心内生疑。采花贼在所有案犯现场均留下一只涂有迷药的兰花。方如沁提到孙家小姐孙月言喜种兰花，但身弱多病极少外出。晴雪以兰花作为礼物，上门求见孙月言。得知事情原委，孙月言决心帮忙。晴雪与月言很快成了好姐妹，屠苏则在追踪可疑人物时遇上了一个叫他“云溪哥哥”的少女——襄铃，但他对这个少女毫无印象。

月圆之夜是焚寂煞气最强的时候，再加上屠苏现在离开了清气鼎盛的昆仑山，煞气发作更加严重。晴雪想帮忙压制煞气，屠苏却怕伤及晴雪要她离开。再度潜入方家找屠苏的襄铃误以为晴雪要害屠苏，和她大打出手。如沁询问襄铃为何潜入她家。襄铃自称是屠苏旧识，屠苏却全然不记得，襄铃负气离开。晴雪以水镜术向幽都婆婆询问压制煞气之法，幽都婆婆却说强行镇压煞气只会适得其反，要她将屠苏赶快带回幽都。数日后，琴川中不少人出现精气流失的症状，少恭怀疑有妖怪，屠苏布阵捉妖，意外捉到了襄铃。得知襄铃是狐妖，兰生大受打击，但很快又想通了，不管是人是妖他都喜欢。襄铃拿出了在案发现场见到的丹药，少恭发现这正是导致众人精气流失的源头。屠苏和晴雪分头去查案，兰生想跟着去却被拒绝，于是偷偷溜出家门自己查案，不料被山贼抓进了翻云寨。

屠苏在城中没有找到线索，阿翔发现城外有人，屠苏追出去才知道是来找自己的陵越。回到方家，得知兰生一夜未归，众人十分担心，屠苏、晴雪、少恭、陵越一起去翻云寨找人。此时兰生和不少琴川百姓都被关在翻云寨的牢房中，正在动用三寸不烂之舌怂恿山贼放了自己，突然间牢里服过丹药的人都发生了妖化，开始攻击剩余的活人。吓坏了的山贼放走兰生，自己却被群妖吞噬。兰生一路狂奔，正遇上与众人在寨中分头找人的陵越。陵越一招扫灭众妖，令兰生再度燃起修仙的念头，缠着他不断求教。另一边，少恭进入丹房，从丹炉中找到了玉横。而屠苏与晴雪前往山寨主厅，与妖化的李潘安激战。妖化的李潘安刀剑不入，屠苏只好催动自身煞气，以上古凶剑之力将李潘安杀死，屠苏也因煞气陷入昏迷。

陵越打算带屠苏回天墉城，但屠苏顾虑肈临之死尚未查清，不想回去。兰生与晴雪联手骗陵越屠苏已经离开，与屠苏自幼相处的陵越轻松识破，兰生耍赖拦住陵越，无意间让陵越发现他手臂上的旧伤，与陵越小时候失散的弟弟一模一样。屠苏再度请求陵越给他时间查明鬼面人之事，陵越态度缓和，答应了他的要求，同时自己也在方家旁敲侧击地打听兰生身世。少恭察觉到陵越的意图，将此事告知如沁。如沁知道兰生是方家收养的养子，但就算兰生不是亲生弟弟，她也不希望兰生跟陵越去天墉城修道，她委婉地对陵越表示了拒绝，陵越无言以对。与此同时，兰生与襄铃商量怎样帮屠苏祛除煞气，想到少恭说玉横是吸收灵气的宝物，便想用它吸走煞气。两人偷偷拿走玉横，不料煞气被玉横激发后不仅没有脱离屠苏反而更加剧烈，吓得两人大喊救命，幸好少恭和陵越及时赶到，停息了玉横之力。

屠苏被兰生和襄铃的乱来弄得更加虚弱，晴雪非常担心下一个月圆之夜怎么度过，如沁也为此和兰生大吵了一架。少恭劝陵越不要再动摇方家姐弟关系，陵越仍旧无言。转眼到了八月十五，兰生陪如沁逛街，在半途遇到少恭，兰生趁机溜走跑去找襄铃。如沁借着放花灯表达自己对少恭的心意，少恭也明确拒绝，告诉她自己心中唯有巽芳。月言听从晴雪的建议，等兰生跑到孙家绣楼时，抛出绣球砸中了他。兰生虽然百般不情愿，还是被孙家家丁捉住，非要他当孙家的姑爷。屠苏和晴雪也在逛街，夜幕降临、满月升起时屠苏的煞气又开始涌动，晴雪以自身修为将煞气压制下去，不愿被屠苏看到自己虚弱的样子，匆匆离开。屠苏醒来时听到琴声，眼前闪过太子长琴的往事碎片，循声追去发现是少恭在弹琴。少恭与他谈论了一番人定胜天的道理，告诉他集齐玉横碎片或许真的可以祛除煞气。陵越终于决定不告诉兰生身世，独自回了天墉城。数日后，一个神秘女子来找少恭，揭开面纱竟然是巽芳。

巽芳自称当年的天灾没有让她丧命，辗转多年终于找到少恭。如沁心中难过，仍招待巽芳在方家住下。兰生对巽芳颇为不满，又看见她对寂桐毫无尊老之心，更不解少恭怎么会喜欢这样的人。少恭虽与巽芳重逢，却并未放弃寻找玉横碎片，说要帮屠苏彻底祛除煞气之后再与巽芳相守。如沁发现巽芳半夜私会外人，让屠苏与晴雪查个清楚，屠苏将人抓住，发现竟是一只猫妖。猫妖说是为了报答巽芳救命之恩帮她寻找少恭，少恭便表示不再追究。猫妖黑曜对晴雪一见钟情，让屠苏很不是滋味。最终不管巽芳如何不满，少恭还是和屠苏、晴雪一起出发寻找玉横，临走前如沁让屠苏在兰生房间布了结界，免得他又离家出走。没想到一直没放弃修仙梦想的兰生早就挖好了地道，成功出逃。

屠苏、晴雪、少恭一行人离开琴川，襄铃中途表心迹要跟随屠苏哥哥，少恭默许，半路上又遇到逃出家门的兰生。少恭此行的目的地是江都，听说江都花满楼有一位占卜高手，人称瑾娘，希望她能卜算玉横下落。众人来到花满楼，这里竟然是一座青楼，兰生被众女调戏得抱头而逃。楼主华裳说瑾娘不在江都，众人便住在江都等她回来。晴雪意外遇到黑曜，黑曜对她大献殷勤，得知她哥哥失踪多年便自告奋勇去寻找。数日后瑾娘回到花满楼，原来她就是离开青玉坛的素锦。素锦对少恭念念不忘，故意拖延，晴雪和屠苏在外等候时偶遇一个醉酒大汉，晴雪发现他和自己的大哥长得一模一样。两人追着醉汉出去，正遇上醉汉欠了赌债被赌坊的人追打，屠苏替他解围。醉汉自称尹千觞，并不是晴雪的哥哥风广陌。回到花满楼，屠苏和晴雪才知道千觞和少恭早就相识，大家都是朋友。

兰生从烛龙之鳞中看到自己小时候并不是方家的孩子，心中惊诧。这时少恭路过，发现烛龙之鳞是自己丢失的宝物，问兰生从哪里得来。兰生说出是从瑾娘那里找到的，少恭便知道当初在青玉坛是素锦偷了他的宝物，告诉瑾娘不想再见到她。幽都婆婆再次以水镜术催促晴雪带屠苏回幽都，晴雪不想回去，骗她说正在想办法骗取焚寂，不料这一幕被屠苏看到，感到晴雪一直对自己的好都是欺骗，黯然离开。青玉坛弟子元勿告诉少恭，寂桐和巽芳都已经被带到青玉坛，少恭怒而将他打伤。此时天墉城与青玉坛两只势力都在江湖，兰生挑拨他们互相攻击，众人趁乱逃到桃花谷。晚上华裳去找瑾娘，不知看到了什么，竟发出惊恐的尖叫，第二天华裳的尸体便出现在河里。华裳意外死亡，众人均猜不透内中缘由，瑾娘却怪罪尹千觞，是他的无情伤害了华裳的痴心。千觞认为华裳的死有蹊跷，施招灵法术召来华裳灵魂，华裳说出昨夜去给瑾娘送药之事。少恭进一步问她是如何遇害的，招魂术时间已到，华裳的灵魂消失了。

陵端等人御剑去追陵越，晴雪也以幽都法术飞上天空，兰生拿出搓衣板，与襄铃一起御板追赶，不料法术不精，从半空中摔下来断了腿，幸好正落在甘泉村里，村长洛云平是个医术精湛的大夫。襄铃拜托洛云平照顾兰生，自己去追屠苏。而陵越并没有直接把屠苏带回天墉城，他去了铁柱观，找人帮屠苏抑制煞气。屠苏感激陵越的一片苦心，任由陵越布下结界将自己关在铁柱观，只求静心打坐，熬过即将到来的月圆之夜。陵端却不想放过他，率领众师弟破开陵越的结界，企图杀死屠苏。晴雪与襄铃赶到，劫持了陵端，和屠苏一起逃入铁柱观禁地。不料晴雪与陵端斗法点燃了烛台，湖底的狼妖被解开了禁制，即将为祸人间。陵越和铁柱观观主赶到禁地，见狼妖来势汹汹，陵越让屠苏快逃，自己下水除妖。眼看陵越被狼妖打伤，屠苏挡在陵越身前，让晴雪带走陵越，激发自身煞气杀死了狼妖。狼妖死前将自己的内丹注入屠苏体内，妖气令煞气更加失控，狼妖诅咒他众叛亲离发狂而死。屠苏失去神智破水而出，眼看要大开杀戒，晴雪不顾一切冲上去紧紧抱住他，用自身灵力压制了煞气，两人一起昏倒。

屠苏看望晴雪，两人终于敞开心扉不再各自回避。襄铃担心兰生，先行离开，前往甘泉村。陵越也来辞行，铁柱观之事说到底是天墉城弟子的错，陵越带陵端回昆仑山请罪，嘱咐屠苏照顾好自己。屠苏答应了师兄，但内心其实很清楚，在狼妖内丹侵蚀下，自己命不久矣。另一边，少恭回到青玉坛，看到巽芳安然无恙，寂桐却似乎得了重病卧床不起。雷严催促少恭炼丹，少恭提出完整的玉横拥有最完美的炼丹效果，让雷严帮自己寻找玉横碎片。铁柱观内，屠苏发现煞气已经不分时日，甚至白天都会发作，不想被铁柱观观主察觉自己的身体状况，和晴雪一起匆匆离开。一路上煞气侵蚀速度加剧，屠苏虚弱到几乎无法走路。幽都婆婆再次以水镜联系晴雪，要她尽快杀了屠苏以免焚寂剑失控，屠苏说希望死后葬在桃花谷（苏苏谷），晴雪伤心欲绝。当屠苏再次陷入昏迷，上山采药的洛云平正好经过此地，将他们带回了甘泉村。

兰生在山腰发现了一个山洞，洞里竟然还有一块玉横碎片。他正要出去，突然被藤条卷进了山洞深处。襄铃半天等不到兰生回来，一路寻找到山洞，也被藤条卷了进去。洛云平告诉他们，这藤妖是他供养的，也正是因为藤妖吸收了地脉灵气，甘泉村才会枯竭。但洛云平不打算伤害兰生和襄铃，承诺等屠苏和晴雪离开甘泉村就放他们走。屠苏发现地脉灵气流向山洞，与晴雪一起追了过去，洛云平不得不将他们也困在山洞里。天墉城里，红玉听陵越讲述了铁柱观之事，十分担心屠苏，便下山来寻。她身为剑灵，凭借古剑之间的剑气感应找到了洛云平家中的焚寂。洛云平还想狡辩，突然村中出现了狂暴的藤妖，原来藤妖吸收屠苏的灵气时被煞气刺激发狂，跑进了村子。红玉斩断藤条救下众人，屠苏以星蕴灵火逼退藤妖。洛云平请求众人不要杀死藤妖，令人惊讶的是，他竟然称藤妖为爹娘。

洛云平讲述了全部真相。原来，他是一只板蓝根妖，从小被人类收养，养父母和他感情极为深厚。后来养父母生病，玉横炼出的丹药令他们迅速康复，身体却渐渐变异，最终变成了疯狂吸收活物灵气的藤妖。洛云平将他们藏在山洞中，眼看村庄被他们弄得民不聊生，心中也十分痛苦，却始终不忍揭穿真相、制裁父母。如今事情败露，他也无话可说，只求陪父母最后一程。临走前他将自己的内丹打入屠苏体内，他的药性能克制狼妖内丹的妖力，屠苏不必再担心煞气随时发作。襄铃在藤妖洞中曾经为了保护兰生而消耗过多灵力，变回了狐狸原型。与千觞汇合后，千觞引来桃花谷的灵力让襄铃每天可以变成人形六个时辰。这法术与幽都法术十分相似，令晴雪再次怀疑千觞身份，而红玉也有了另一重怀疑。

陵越找到襄铃，向她道歉并为其疗伤。襄铃出现在兰生面前，兰生终于肯吃药，病也很快好了起来。芙蕖不明白陵越为什么对兰生如此亲切，陵越告诉她兰生可能是自己的弟弟，这话被兰生听到，心中留下了一个疙瘩。千觞与晴雪发现黑曜和青玉坛弟子有联系，施法抓住了黑曜。千觞认为黑曜和瑾娘都是花满楼的人，既然黑曜与青玉坛有联系，瑾娘很可能还在青玉坛。红玉告诉陵越，她怀疑千觞就是当年盗剑的鬼面人，陵越也觉得千觞的身影和眼神很熟悉，经过一番试探，千觞终于承认自己的确曾经上天墉城盗剑，但他只是拿钱办事，对雇主的真正目的毫无所知。屠苏检查千觞手臂，的确没有焚寂留下的伤痕，可见他不是杀害肈临的凶手，只是窃贼而已。千觞说出对青玉坛的怀疑，陵越决定和他同去调查一番，芙蕖在对陵越表明心迹后独自回了天墉城。

为了替师门报仇，晋磊隐瞒身份参加了叶家的比武招亲，用花言巧语骗取了叶庄主的女儿叶沉香的真心。深爱他的贺文君不忍心看他陷入魔障，将自己的灵力注入青玉司南佩，暗中保护晋磊。晋磊在婚礼上下毒，杀死叶家满门，叶沉香死不瞑目，化为厉鬼徘徊在自闲山庄中。晋磊大仇得报，回到家中却发现贺文君已死，将她安葬后自杀殉情。看完这一切的方兰生终于回到现实，叶沉香的冤魂却出来找他索命。屠苏制服了叶沉香，兰生念起往生咒超度她，叶沉香终于意识到转世后的方兰生再也不是晋磊，她恨的人、她爱的人永远不会回来。叶沉香往生之后留下了玉横碎片，这时雷严和青玉坛弟子赶到，立刻开始抢夺玉横。担心兰生的襄铃也来到了自闲山庄，为了保护兰生，她以内丹击退雷严，自己也受了重伤，再度变回狐狸。屠苏与陵越合力治疗襄铃却没有什么起效，最终青玉司南佩发出光芒，治好了襄铃。

兰生在最后一关误触机关，险些被箭射死，幸好屠苏及时将他拉开。兰生经过仔细分析，决定自己拉住机关不放，由屠苏进去打倒雷严。这时少恭炼制的丹药已成，雷严大笑着拿走丹药。屠苏赶到，认出这疯狂的笑声正是当初屠杀乌蒙灵谷的鬼面人，雷严也大方承认当初为了夺焚寂剑屠村的事实。屠苏打败雷严，雷严仓惶逃走，屠苏解开皇陵中所有机关，一路上失散的队友们终于重新汇聚。然而雷严并没有认输，他服下丹药，化为刀剑不入的妖魔，屠苏不得不激发煞气将他杀死，雷严死前却语焉不详的告诉少恭，他要找的人就在身边，而他所求永远不会有结果。离开秦始皇陵，深知起死回生只是镜花水月的少恭变得有些暴躁，先是彻底拒绝了如沁，又对兰生和晴雪的询问报以毫无耐心地反驳，催促屠苏快些动身寻找复活药的关键药材月灵花。

屠苏帮仇馨蕊试探卓云飞的心意，卓云飞终于承认自己是爱仇馨蕊的，只是他身为血露薇的杀手，不想让仇馨蕊卷入血雨腥风。仇馨蕊表示自己不怕，两人终于互相接受了心意。然而就在当晚，仇馨蕊发现卓云飞身上的纹身与杀害自己父母的人一模一样，她终于明白卓云飞就是当初揭榜杀害自己父母的凶手，而当年他不忍对无辜的馨蕊下手，背叛组织救下了她。父母之仇不可不报，仇馨蕊在卓云飞的饮食中下了毒。卓云飞刚刚毒发，血露薇组织的杀手找上门来，要杀死当年的漏网之鱼仇馨蕊。卓云飞刺伤了血露薇的首领，自己也毒发身亡，死在仇馨蕊怀中。仇馨蕊父母之仇已报，剩下的便是深爱卓云飞之情，于是也喝下毒药随他而去，两不相负。屠苏想阻拦已经来不及， 经历了这一切的屠苏受到了很大的触动，他决定要珍惜眼前人、珍惜晴雪。

屠苏与晴雪登上向天笑兄弟俩的机关飞船“沦波舟”，飞越淼淼汪洋，不料在半途遇到雷云之海，晴雪被风暴卷出船外，屠苏拼命拉住她，最终二人一同坠入雷云之中。雷云内部并没有风暴，是一片死寂的废墟，依稀可辨城门上的蓬莱二字。这片废墟被雷云包围，地脉之气无法流出，因此幻境中还保留着多年前的景象。屠苏与晴雪一路走来，看到蓬莱公主巽芳与欧阳少恭两情缱绻，看到少恭出海寻医，蓬莱突降天灾，巽芳为了抵抗天灾身受重伤。两人正在感慨，雷云之海突然打开了一条缝隙，屠苏借助煞气带晴雪飞出了雷云之海，两人降落在榣山上。另一边，尹千觞在青玉坛发现有弟子身上长出梦魂枝，生死未卜。在这个弟子面前是一个密室，令千觞想起少恭曾在密室里进行各种恐怖的实验，其中就包括梦魂枝，没想到这个密室还保留在青玉坛中。

元勿向少恭请示是否给求药的人赐药，少恭明知丹药有毒，却仍送出丹药，让那些贪婪的求药者自尝恶果。千觞觉得少恭变了，少恭却岔开话题，让他去找青玉坛弟子打听瑾娘下落。千觞逼问元勿，终于知道假巽芳就是瑾娘。另一边，屠苏和晴雪在榣山中行走，屠苏觉得这个地方很熟悉，自己曾经梦到过很多次，梦中一人在弹琴，一条蛇游上岸来，化作人形倾听。晴雪摘下悬崖上的月灵花，突然从悬崖下的海水里冒出一条黑龙，二话不说就打昏了晴雪。屠苏拦下黑龙的攻击，黑龙化为人形，竟然是屠苏梦里出现过的悭臾——那条化为人形听琴的蛇。悭臾对屠苏讲述他和太子长琴的往事，屠苏终于明白自己身上有太子长琴的一半仙灵。悭臾还告诉屠苏，如果解开他身上的煞气封印，就可以获得太古仙人的强大力量，但凡人是无法承受这力量的，解开封印三天后就会魂飞魄散，湮灭于天地之间。悭臾提出想再听一次长琴的琴曲，屠苏以吹叶代替，悭臾又提出让屠苏坐在他龙角旁，实现当初带长琴看尽山河风光的约定，屠苏却说自己不是长琴，拒绝了邀约。悭臾送给屠苏一枚鳞片，让他想通后召唤自己。

屠苏喂韩休宁服下丹药，韩休宁果然复活，却不言不语，让众人十分担心。襄铃带着兰生去找抚养自己长大的树爷爷，树爷爷嘱咐兰生要照顾好襄铃。青玉坛中，千觞再度来找瑾娘，正遇上假巽芳，两人一番激战，假巽芳露出了青玉坛的武功招式，眼看无法抵赖，千觞突然头疼发作，假巽芳趁机逃跑。少恭告诉假巽芳，他已经练成长生不老的丹药，假巽芳开心地服下，却立刻不能动弹，脸也变回了素锦。少恭遗憾地说，原以为可以保留巽芳的容貌，不然也不需要留你到现在，素锦这才知道少恭早就计划好一切，却已经无力回天，只能静待死亡。乌蒙灵谷里，屠苏不眠不休地照顾母亲，终于累极睡去，韩休宁趁他不备，迎着初升的日光走出了房门。屠苏追出门外，飞扑到她身上想要遮住阳光，却只来得及看到韩休宁在他怀中化为无数萤光飞散。

晴雪询问幽都婆婆，得知韩休宁并没有真正复活，那是千万只名为焦冥的小虫，它们吃掉了原本的尸身，又按照宿主的形貌凝聚成一个无悲无喜的偶人。焦冥不惧刀剑水火，只有蕴含灵力的火焰才能烧毁。屠苏得知母亲尸骨无存，正在悲痛，陵端出现在红叶湖，烧伤树爷爷，劫持了襄铃和兰生，来到乌蒙灵谷中威胁屠苏。屠苏本就悲愤，一激之下煞气爆发，打败了妖化的陵端，杀意仍未平息，竟向兰生襄铃挥剑。晴雪双手握住剑刃，唤回屠苏神智。紫胤真人赶到，封住煞气，废去陵端修为，将他逐出天墉城。屠苏向师尊表明不回天墉城的决心，紫胤也不勉强，留下几卷心法后和陵越一起离去了。到了晚上，焦冥重新汇聚为人形，屠苏忍住悲痛亲手焚烧了母亲的人偶，与晴雪约定要一起去更多的地方、帮助更多的人。

如沁已经不打算计较兰生到底喜欢谁，为他缝制了一件大红喜袍，只求他能与心爱的人白头到老。琴川突然爆发瘟疫，少恭从青玉坛回到琴川，到处分发治疗瘟疫的丹药，百姓们对他赞不绝口。寂桐却觉得事有蹊跷，偷偷检查药箱，发现竟然全是焦冥。寂桐告诉如沁真相，如沁一开始不敢相信，从烛龙之鳞中看到少恭炼制毒药的回忆后不得不信。寂桐让如沁带着烛龙之鳞离开，去找屠苏和兰生求助，如沁却不顾寂桐劝阻，执意要阻止少恭，被少恭以法术软禁在了房间里。如沁把想对兰生说的话寄存在烛龙之鳞中，让百晓生茶小乖带着龙鳞逃走。少恭发现如沁的背叛，十分愤怒，如沁又在惊恐中用剪刀刺了少恭，虽然少恭不会受伤，却火上浇油，一怒之下喂如沁吃下了焦冥。千觞对少恭的所作所为大为震惊，提剑来攻击他，不料千觞早就被少恭下了蛊毒，只要少恭一念，他就浑身无力，根本无法战斗。屠苏、晴雪、兰生赶回琴川，在山路上遇到匆忙逃命的月言和一群妖化的青玉坛弟子。

屠苏消灭众妖化弟子，黑曜突然出现，丧失神智攻击晴雪。他用最后一丝清醒说出欧阳少恭给百姓下毒的事，便气绝身亡。琴川城内，寂桐偷偷放走了千觞，千觞也回想起自己正是幽都巫咸风广陌，当初奉女娲之名去乌蒙灵谷协助韩休宁加固焚寂封印，不料封印尚未完成便遭鬼面人屠村，风广陌也在爆炸中失去记忆。屠苏等人回到琴川，街上的百姓已经全部变成焦冥，兰生看到二姐也在阳光下化为萤火，失声痛哭。少恭出现在众人面前，对杀死琴川百姓之事毫无愧疚，认为这是让他们得到了永生，众人都觉得他疯了。千觞再度出现，刺杀少恭，众人也与少恭大打出手。混战中少恭衣服被划破，露出手臂上的焚寂伤痕，屠苏认出少恭就是当日杀害肈临的鬼面人，更是屠杀乌蒙灵谷的幕后黑手。少恭到了这一步也不需要再隐瞒，便说出自己混入天墉城，就是为了焚寂。屠苏解开多年疑惑，催动煞气欲杀少恭，少恭逃离，让他们到蓬莱相会。

少恭得到完整玉横，力量十分强大，屠苏与晴雪前往幽都向女娲娘娘请教破敌之法。女娲道出太子长琴的往事，原来除了屠苏是焚寂剑里的一半长琴仙灵之外，少恭正是长琴的另一半仙灵，在人间夺舍渡魂千年，已经濒临极限，两人若不融合，少恭便要灰飞烟灭。屠苏身上的仙灵与煞气被封印住了，少恭无法直接夺取，所以只能设下圈套，暗中陷害屠苏。若要阻止少恭，屠苏必须解开封印，获得长琴仙灵的力量，才能与少恭势均力敌。但正如悭臾所说，如果解开封印，等待屠苏的唯一结局便是魂飞魄散，再无轮回。屠苏心中已有决定，与晴雪互相鼓励之后，晴雪送他进入忘川，去见韩休宁的魂魄最后一面。韩休宁在忘川中看不见旁人，却嘱咐屠苏这个外来人去见一个叫韩云溪的男孩，说自己身为母亲对不起他。少恭突然出现在忘川，嘲讽屠苏是偷了自己的仙灵苟延残喘的尸体，威胁他如果让天墉城的人一起前往蓬莱助阵，就在江南散布更大的瘟疫。之后少恭前往东海，将蓬莱岛强行拉出雷云之海，导致海啸泛滥，沿海城镇死伤无数。

尹千觞带兰生襄铃等人来到海边，共同抵御少恭引发的海啸，疏散百姓。屠苏回到天墉城，恳求紫胤撤去身上的封印。紫胤不忍他就此丧命，屠苏却道，心之所向，无惧无悔，只求换得万千生灵一夕太平。紫胤终于解开了封印，但在屠苏下山前要与他比试剑术，作为最后的出师考验。屠苏在战斗中领悟到师尊是在借机传授他最后的绝招——空明幻虚剑，学会此招后两人胜负未分，屠苏却趁交手之机，将紫胤真人旧伤里积累多年的煞气吸收到自己体内，以报答师尊的教养之恩。海啸越来越猛烈，兰生等人渐渐感到吃力，陵越和芙蕖也带着天墉弟子前来帮忙。陵越路遇已经沦落成乞丐的陵端，陵端终于知道了杀害肈临的是欧阳少恭，后悔自己错怪了屠苏。屠苏和晴雪来到海边与众人相会，共同商量对抗少恭的方法。

屠苏等人击败化作琴川百姓的幻妖，进入蓬莱遗址。兰生催动烛龙之鳞，看到了少恭与巽芳的过去，深感真正的巽芳温柔贤淑，与素锦假扮的大不相同。这时，真正的巽芳忽然现身，并说出自己就是寂桐的事实，原来当日，少恭是为了与巽芳共同长生，才离开蓬莱，寻找能让自己活下去的方法。可是蓬莱在他离开后毁于一场大灾，巽芳也为了守护蓬莱，重伤毁容，消耗掉了自己的寿命，乌发尽白，变成垂垂老者。老去的巽芳渡海来到中原，意外在海边救下遭遇海难的少恭，从此，她带上面具，化名寂桐守护在少恭身边。巽芳以蓬莱法术帮众人解开路上的机关，众人得以直接进入蓬莱大殿，与少恭对峙。少恭本想以晴雪性命要挟屠苏自刎当场，不料千觞突然摆脱了蛊毒控制向他发动攻击。少恭从大殿中飞出，千觞与屠苏紧追不舍，襄铃和兰生趁机放出了晴雪，五个人一起围攻少恭。

少恭的仙灵之力与众人根本不在一个境界，只有同样持有长琴仙灵的屠苏能与他抗衡。两人分别幻化出自己的星蕴交战，结果两败俱伤。悭臾的鳞片掉落在地，少恭回想起太古之约，却感慨自己已经不再是那个淡泊的仙人，而是蓬莱的永恒之主。少恭以自己的琴拼死一搏，屠苏也催动全部煞气，以焚寂相抗。两人死战之际，巽芳终于出现在了少恭面前，少恭这才知道，原来一直陪在自己身边的寂桐，就是他心心念念的巽芳。巽芳为了以真面目来见少恭，不得不服下剧毒的雪颜丹，此刻已经到毒发之际。少恭也是油尽灯枯，两人相拥而逝。玉横失去施法者的控制掉落在地，蓬莱开始崩塌，屠苏把焚寂交给千觞，用最后的煞气将千觞、兰生和襄铃送走，晴雪却执意留下陪伴屠苏。屠苏以鳞片召唤悭臾，二人乘龙离开，也算是在生命最后一刻完成了太子长琴的太古之约。晴雪约定会在世间寻找屠苏散落的灵魂，屠苏在她怀中含笑消散。之后，每个人都有自己的结局：兰生回琴川娶了月言，襄铃出海寻找狐族圣地青丘之国，尹千觞回到幽都做回了风广陌，陵越继任了天墉掌教。而晴雪，向女娲乞求了千百年的寿命，在人世间年复一年寻找屠苏散落的灵魂，期盼有一天能与他回到桃花谷。