常规的单细胞转录组降维聚类分群和生物学命名大家应该是都看厌了，而且确实很简单，所以我们前些日子想另辟蹊径，见： 各个单细胞亚群的特异性基因集合的打分能准确划分其亚群吗？ 。首先把单细胞分成有区分度的生物学亚群，然后找各个亚群的特异性基因，然后对这些基因列表在单细胞转录组表达量矩阵里面进行打分，发现也是可以蛮好的区分之前的单细胞亚群。
虽然两个CD4的T细胞其实大量共享高表达量基因，两个单核细胞也是如此，而CD8和NK也是如此，所以它们的AddModuleScore打分也是有些微混杂，不过最重要的问题是我们的可视化并没有体现出来AddModuleScore打分是否是足够好的分类器。
实际上，机器学习这个时候可以派上用场，我们首先演示随机森林的用法，并且简单肉眼看看它的效果。还是前面的PBMC3K数据集：
首先单细胞各个亚群找特异性高表达量基因：
# devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
library(SeuratData) #加载seurat数据集
getOption('timeout')
options(timeout=10000)
# InstallData("pbmc3k")
data("pbmc3k")
library(Seurat)
sce <- pbmc3k.final
# 需要合并一些单细胞亚群：
levels(Idents(sce))
## Assigning cell type identity to clusters
new.cluster.ids <- c("CD4 T","CD4 T", "Mono", "B", "CD8 T",
"Mono", "NK", "DC", "Platelet")
names(new.cluster.ids) <- levels(sce)
sce <- RenameIdents(sce, new.cluster.ids)
DimPlot(sce, reduction = "umap", label = TRUE, pt.size = 0.5) + NoLegend()
future::plan("multiprocess", workers = 4)
sce.markers <- FindAllMarkers(object = sce, only.pos = TRUE,
min.pct = 0.25,
thresh.use = 0.25)
save(sce.markers,file = 'sce.markers.FindAllMarkers.pbmc.Rdata')
load(file = 'sce.markers.FindAllMarkers.pbmc.Rdata')
library(dplyr)
top10 <- sce.markers %>% group_by(cluster) %>% top_n(10, avg_log2FC)
然后把单细胞表达量矩阵划分为训练集和测试集
sce <- NormalizeData(sce, normalization.method = "LogNormalize",
scale.factor = 1e4)
GetAssay(sce,assay = "RNA")
sce <- FindVariableFeatures(sce,
selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
sce <- ScaleData(sce)
sce <- ScaleData(sce,features = unique(top10$gene))
t_expr <- t(as.matrix( sce@[email protected] ))
dim(t_expr)
t_expr[1:4,1:4]
# 1. 划分训练集和验证集
library(randomForest)
library(caret)
library(pROC)
library(caret)
inTrain<-createDataPartition(y= Idents(sce) ,p=0.25,list=F)
test_expr <-t_expr[inTrain,]
train_expr <-t_expr[-inTrain,]
test_y <- Idents(sce)[inTrain]
train_y <- Idents(sce)[-inTrain]
save(test_y,train_y,
test_expr,train_expr,file = 'input.Rdata')
千万要注意，这个时候我使用的是sce@[email protected] 里面的表达量矩阵，而且里面的基因就是我们前面的各个亚群找特异性高表达量基因列表哦。
接着使用 randomForest 函数在训练集构建模型
library(randomForest)
library(caret)
library(pROC)
library(caret)
load(file = 'input.Rdata')
train_expr[1:4,1:4]
table(train_y)
predictor_data = train_expr
target = train_y
# 直接使用 randomForest 函数即可：
rf_output=randomForest(x=predictor_data, y=target,
importance = TRUE, ntree = 10001, proximity=TRUE )
rf_output
save(rf_output,file='rf_output.Rdata')
在测试集上面看模型效果
# 构建好的随机森林模型，首先自我预测，在前面的75%的训练集，这里略
load(file='rf_output.Rdata')
load(file = 'input.Rdata')
# 然后预测我们预留下来的另外的25%的测试集
test_outputs <- predict(rf_output,newdata = test_expr,type="prob")
test_expr[1:4,1:4]
head(test_outputs)
pred_y = colnames(test_outputs)[apply(test_outputs, 1, which.max)]
pred_y = factor(pred_y,levels = levels(test_y))