明万历三十八年八月初八（1610年9月24日），黄宗羲出生于绍兴府余姚县通德乡黄竹浦，其地现名浦口村，属浙江省余姚市明伟乡。降生前夕，母亲姚氏曾梦见麒麟入怀，所以，宗羲乳名“麟儿”。父黄尊素，万历进士，天启中官御史，东林党人，因弹劾魏忠贤而被削职归籍，不久下狱，受酷刑而死。崇祯元年（1628）魏忠贤、崔呈秀等已除，天启朝冤案获平反。黄上书请诛阉党余孽许显纯、崔应元等。五月刑部会审，出庭对证，出袖中锥刺许显纯，当众痛击崔应元，拔其须归祭父灵，人称“姚江黄孝子”，明思宗叹称其为“忠臣孤子”。

黄宗羲归乡后，即发愤读书，“愤科举之学锢人，思所以变之。既，尽发家藏书读之，不足，则钞之同里世学楼钮氏、澹生堂祁氏，南中则千顷堂黄氏、绛云楼钱氏，且建‘续钞堂’于南雷，以承东林之绪”。又从学于著名哲学家刘宗周，得蕺山之学。

崇祯四年（1630），张溥在南京召集“金陵大会”，当时恰好也在南京的宗羲经友人周镳介绍参加复社，成为社中活跃人物之一。这年，宗羲还加入了由名士何乔远为首领的诗社；后来，宗羲与万泰、陆符及其弟宗炎、宗会等还在余姚组织过“梨洲复社”。

崇祯十五年（1642），黄宗羲北京科举落第，冬月初十，宗羲回到余姚家中。崇祯十七年春，明亡。五月，南京弘光政权建立，阮大铖为兵部侍郎，编《蝗蝻录》（诬东林党为蝗，复社为蝻），据《留都防乱公揭》署名捕杀，黄宗羲等被捕入狱。翌年五月，清军攻下南京，弘光政权崩离，黄乘乱脱身返回余姚。闰六月，余姚孙嘉绩、熊汝霖起兵抗清。于是，变卖家产集黄竹浦600余青壮年，组织“世忠营”响应，著《监国鲁元年大统历》，鲁王宣付史臣颁之浙东。顺治三年（1646）二月，被鲁王任兵部职方司主事。五月，指挥“火攻营”渡海抵乍浦城下，因力量悬殊失利。六月兵败，清军占绍兴，与王翊残部入四明山，驻杖锡寺结寨固守，后因其外出时部下扰民，寨被山民毁而潜居家中，又因清廷缉拿，避居化安山。六年朝鲁王，升左副都御史。同年冬，与阮美、冯京第出使日本乞兵，渡海至长崎岛、萨斯玛岛，未成而归。遂返家隐居，不再任职鲁王行朝。七至十一年，遭清廷三次通缉，仍捎鲁王密信联络金华诸地义军，派人入海向鲁王报清军将攻舟山之警。期间家祸迭起，弟宗炎两次被捕，几处极刑；儿媳、小儿、小孙女病夭；故居两次遭火。顺治十年九月，始著书讲学，康熙二年至十八年（1663～1679），于慈溪、绍兴、宁波、海宁等地设馆讲学，撰成《明夷待访录》、《明儒学案》等。

康熙十七年（1678），诏征“博学鸿儒”，学生代为力辞。十九年，康熙帝命地方官“以礼敦请”赴京修《明史》，以年老多病坚辞。康熙帝令地方官抄录其所著明史论著、史料送交史馆，总裁又延请其子黄百家及弟子万斯同参与修史。万斯同入京后，也执意“以布衣参史局，不署衔、不受俸”。是年黄宗羲始停止讲学，悉力著述。二十二年，参与修纂《浙江通志》。廿九年，康熙帝又召其进京充顾问，徐乾学以“老病恐不能就道”代辞。

康熙二十五年（1686），王掞视学浙江，倡议在黄宗羲故居黄竹浦重建忠端公（黄尊素）祠，宗羲写了《重建先忠端公祠堂记》。次年，王掞又捐俸汇刻刘宗周文集，宗羲与同门友董玚、姜希辙一起编辑了《刘子全书》，并为之作序。

康熙二十七年（1688），黄宗羲将旧刻《南雷文案》等文集删削修改，定名《南雷文定》重行刊刻。这年，他自筑生圹于龙虎山黄尊素墓侧，并有《筑墓杂言》诗。康熙二十九年，黄宗羲年已八十，曾至杭州、苏州等地寻访旧迹，拜访朋友。次年，应新安县令靳治荆之邀游览黄山，为汪栗亭《黄山续志》作序。康熙三十一年，黄宗羲病势沉重，闻知贾润刊刻其《明儒学案》将成，遂抱病作序，由黄百家手录。次年，《明文海》编成，宗羲又选其精萃编为《明文授读》。

康熙三十四年七月三日（1695年8月12日），黄宗羲久病不起、与世长辞。他在病中曾作《梨洲末命》和《葬制或问》，嘱家人丧事从简：死后次日，“用棕棚抬至圹中，一被一褥不得增益”，遗体“安放石床，不用棺椁，不作佛事，不做七七，凡鼓吹、巫觋、铭旌、纸幡、纸钱一概不用”。黄宗羲在临终前四天给孙女婿万承勋的信中写道：总之，年纪到此可死；自反平生虽无善状，亦无恶状，可死；于先人未了，亦稍稍无歉，可死；一生著述未必尽传，自料亦不下古之名家，可死。如此四可死，死真无苦矣！

黄宗羲曾自云一生有三变：“初锢之为党人，继指之为游侠，终厕之于儒林，”这正是黄宗羲一生的写照。《鹿鼎记》人物黄宗羲，主要出现于第一章，其言行与真实当得无异。

黄宗羲有三子，黄百药、黄正谊、黄百家。