泛指植物或动物的种类不可再生性的消失或破坏，称为物种灭绝。一株植物枯萎，一只动物死亡，有时并不仅仅意味着单个生命 有机体 的消失，也许凑巧是整个此类物种的灭绝。在世界范围内，生物物种正以前所未有的速度消失。而其中有一些物种已灭绝。到了1681年， 渡渡鸟 (Dodo)，便在地球上消失了。从1600～1800年间，地球上的 鸟类 和 兽类 物种灭绝25种；从1800～1950年地球上的鸟类和兽类物种灭绝了78种。曾经生活在地球上的 冰岛 大海雀 、北美 旅鸽 、 南非 斑驴 、澳洲 袋狼 、 直隶猕猴 、 高鼻羚羊 、 台湾云豹 、 中国犀牛 、 南极狼 等物种已不复存在。 白鱀豚 、 苏门答腊虎 、 北部白犀牛 、 奥里诺科鳄鱼 、 小嘴狐猴 等动物也濒临灭绝。

部分科学家认为，物种灭绝一直是生命进程中的一部分。 芝加哥大学 古生物学家 大卫·劳普David M. Raup估计。以往存活物种的百分之九十九已经灭绝。二十世纪八十年代，劳普和同事杰克·塞普科普斯基（Jack Sepkoski）详细深入地研究 化石记录 后，公布了对物种灭绝“背景”比率的研究结果，即 有机体 在地球 生命史 中灭绝的正常比例。化石记录表明，物种至少经历了五次大消亡或者大灭绝；从地质学角度来看，在极短的时间内。灭绝的比例急剧地上升。根据劳普的研究，规模最大的物种灭绝发生在大约 2.25～2.45亿年以前，消亡的物种竟占存活物种的百分之九十六之多。所有物种的四分之三，包括最后一代恐龙，在0.65亿年前的大灭绝中消失。对于这些大灭绝、科学家们提出了许多理论。有些科学家认为，起因是当 大陆板块 从热带向极地漂移时， 全球气候 发生的变化。还有一些科学家宣称，大规模的 小行星群 或者 彗星群 与地球相撞，产生世界范围的 尘云 ，遮住了阳光，致使气温下降，导致了物种大灭绝。 地质学家 和古 鸟类学家 仍然在为这些和其它一些理论找证据。物种灭绝和 物种进化 关系密切。达尔文发现，关于物种和 生命形式 更替阶段之间的关系，灭绝物种的化石是绝妙的解释。达尔文还意识到，新物种的产生与现存物种的消亡密切相关。关于物种灭绝以及它在物种形式（新物种的形成）中的作用， 进化论 生物学家不断提供全新的思想。富有影响的思想之一来自 哈佛大学 的斯蒂芬·杰伊·古尔德（Stephen Jay Gould）和 美国自然历史博物馆 的奈尔斯·埃尔德雷德（Niles Eldredge）。他们的断续性 平衡理论 认为，物种进化过程中，每隔一段较长时期的稳定，就会有短期的急剧变化；其时某些物种灭绝，某些新物种出现。也就是说，在大约几百万年的时间里，一定数量的物种灭绝后，剧变就会发生，物种灭绝为新物种提供足够的进化空间。