南京大学水文学及水资源学科师资雄厚，特色鲜明，成果突出，为我国水科学发展做出了重要贡献。 1952 年全国 3 所高校首批设立 “ 水文地质工程地质 ” 专业，南京大学便是其中之一。 1958 年又在全国综合性高校中率先设立 “ 陆地水文学 ” 专业。这两个专业均设有博士点，前者曾是国家重点学科。水文与水资源工程专业本科学制一般为四年，学生毕业授予工学学士学位。

1999 年，根据教育部颁布的新专业目录，南京大学将地下水、地表水力量组建为新的水文学及水资源学科， 2004 年成立 “ 南京大学水资源与水环境研究所 ” ，并相继建设了设备一流、管理先进的各种实验室 ( 场 ) ，拥有众多先进的分析测试设备、工作站、计算机。在此基础上， 2006 年 4 月，南京大学为加强相关学科的实质性交叉和融合又成立了水科学系。

由于历史原因，我国高校有关水的学科都只侧重地表水或地下水，兼备两者的很少（现有 3 个水文学及水资源国家重点学科全偏重地表水）。南京大学水文学及水资源学科既有很强的地下水力量 ( 传统优势和特色 ) ，又有相当的地表水力量，现包含水文与水资源工程和地下水科学与工程 2 个本科专业，可培养地表水和地下水从本科到博士后的各类专业人才，这是本学科的优势和特色。水文与水资源工程专业 2005 年获批江苏省本科特色专业， 2007 年获批教育部二类本科特色专业， 2012 年获批江苏省高等学校本科重点专业。水文学及水资源学科 2006 年获批江苏省重点学科， 2007 年获批国家重点（培育）学科，所属水利工程一级学科 2008 年获批江苏省一级学科重点学科。

南京大学水文学及水资源学科为教育部水文与水资源教学指导分委员会副主任单位、中国水利学会地下水科学与工程专业委员会副主任单位、中国自然资源学会水资源专业委员会副主任单位、中国水利教育协会高等教育分会第四届常务理事单位、水文专业教育研究会副主任单位、江苏省水利学会水力学专业委员会副主任单位、江苏省地质学会水文水资源专业委员会主任单位，现共建污染控制与资源化研究国家重点实验室、水处理与水环境修复教育部工程研究中心和表生地球化学教育部重点实验室。具备建设项目水资源论证甲级资质、水文水资源调查评价甲级资质及建设项目环境影响评价甲级资质。