研究方向
以微生物为主要研究对象，利用组学、分子遗传学和细胞生物学方法，结合种群遗传学与微生物学理论，聚焦微生物的基因组突变以及行为的进化生物学研究，具体研究方向如下：
A. 原生动物的表型可塑性与适应性演化；
B. 海洋微生物的基因组进化以及稳定性机制；
C. 微生物环境胁迫下的突变形成；
D. 医疗及环境水体中病源微生物的抗药性演化；
E. 原生动物生殖方式的调控与演化。
Research
We are interested in microbial evolution, with a focus on mutation rate and behavior evolution. The research models are quite broad, including cilaites, bacteria, yeast, etc. Our research strategy combines population genetics theory, experimental evolution, -omics sequencing, genetic techniques, and bioinformatic tools. The lab deems the training of indepedent researchers as our first task and research as the second. Graduate students would get a complete training of scientific research and multiple undergrad assistants are provided for their research. We are now exploring the following topics:
A. Phenotypic plasticity of ciliates, and its role in evolution;
B. Genome instability and evolution of marine microbial organisms;
C. Ecological dependence of mutation rate;
D. Antibiotic resistance evolution of pathogens in medical and natural environments;
E. Genetic regulation and evolution of reproduction in ciliates.
招聘/招生
招聘：
协助拟加入人员申请中国海洋大学“青年英才工程”（
http://rsc.ouc.edu.cn/04/50/c1485a66640/page.htm）
等各层次人才计划；定期招收实验室管理、技术等科研助理岗位。
招生：
常年招收优秀本科生兼职助理、硕士生、博士生和博士后。
具体信息请邮件咨询（[email protected]）
实验室负责人
P.I.
第15批国家“青千”（2019-2022）
山东省“泰山学者”青年项目（2019.1-2024.1）
国家自然科学基金面上项目（31872228; 2019.1-2022.12）
中央高校基本科研业务费（2018.1-2021.1）
中国海洋大学“筑峰人才计划”启动经费（2018.9-2021.8）
Running Projects
'Taishan Scholar' grant for young scientists, Shandong Province (2019.1-2024.1)
NSFC grant (No.31872228; 2019.1-2022.12; Phenotypic plasticity and its evolution in the ciliate Glauconema trihymene)
Research grant from the Central Government of China (2018.1-2021.1)
Startup grant from Ocean University of China (2018.9-2021.8)
近期代表性论文(*,corresponding author; #, co-first-author)
Recent publications
Full texts of publications can be downloaded from
researchgate
Long*, H.
; Miller, S.F.; Williams, E.; Lynch, M.
2018
. Specificity of the DNA mismatch repair system (MMR) and mutagenesis bias in bacteria.
Molecular Biology and Evolution
35(10):2414–2421.
Long, H.
; Sung#, W.; Kucukyildirim#,S.; Williams,E.; Miller, S.;Guo, W.; Patterson, C.; Gregory, C.; Strauss, C.; Stone, C.; Berne, C.; Kysela, D.; Shoemaker, W.; Muscarella, M.; Luo, H.; Lennon, J.; Brun, Y.; Lynch*, M.
2018
. Evolutionary determinants of genome-wide nucleotide composition.
Nature Ecology and Evolution
2: 237-240.
Strauss, C.;
Long*, H.
; Patterson, C.; Te,R.; Lynch, M.
2017
. Genome-wide mutation rate response to pH change in the coral reef pathogen
Vibrio shilonii
AK1.
mBio
8 (4): e01021-17
Long, H.
; Miller, Samuel F; Strauss, Chloe; Zhao, Chaoxian; Cheng, Lei; Ye, Zhiqiang; Griffin, Katherine; Te, Ronald; Lee, Heewook; Chen, Chi-Chun; Lynch*, Michael.
2016
. Antibiotic treatment enhances the genome-wide mutation rate of target cells.
Proceedings of the National Academy of Sciences U.S.A.
113(18): E2498-E2505
Long*, H.
; Kucukyildirim#, Sibel; Sung, Way; Williams, Emily; Lee, Heewook; Ackerman, Matthew; Doak, Thomas G; Tang, Haixu; Lynch, Michael.
2015
. Background mutational features of the radiation-resistant bacterium
Deinococcus radiodurans
.
Molecular Biology and Evolution
32(9): 2383-2392
Long*, H.
; Sung, Way; Miller, Samuel F; Ackerman, Matthew S; Doak, Thomas G; Lynch, Michael.
2015
. Mutation rate, spectrum, topology, and context-dependency in the DNA mismatch repair-deficient
Pseudomonas fluorescens
ATCC948.
Genome Biology and Evolution
7(1): 262-271
Farlow*, Ashley;
Long#, H.
; Arnoux, Stéphanie; Sung, Way; Doak, Thomas G; Nordborg, Magnus; Lynch, Michael.
2015
. The spontaneous mutation rate in the fission yeast
Schizosaccharomyces pombe
.
Genetics
201(2):737-744
Long*, H.
; Paixão, Tiago; Azevedo, Ricardo BR; Zufall, Rebecca A.
2013
. Accumulation of spontaneous mutations in the ciliate
Tetrahymena thermophila
.
Genetics
195(2): 527-540
Long*, H.
; Zufall, R.A.
2010
. Diverse modes of reproduction in the marine free-living ciliate
Glauconema trihymene
.
BMC Microbiology
10(1): 108
奖项
2018 李氏基金会杰出创新奖
2016 美国遗传学会DeLill Nasser遗传学职业发展奖
Awards
2018 Li Foundation Heritage Prize-Excellence in Creativity
2016 DeLill Nasser Award for Professional Development in Genetics, Genetics Society of America
实验室理念
Principles on graduate students training
https://b.xiumi.us/stage/v5/2UmMG/133846096?from=timeline&isappinstalled=0#/
实验室人员
People in the lab
科研助理：
蒋婉月
研究生：
吴琨（2017级硕士研究生，拟直博），水生生物学专业，[email protected]，研究方向：微生物的基因组突变规律与演化
潘娇（2017级硕士研究生，拟直博），水生生物学专业，[email protected]，研究方向：微生物的突变与行为演化
李海潮（2018级硕士研究生），水生生物学专业，[email protected]，研究方向：真核微生物休眠调控与演化
林彤彤（2019级硕士研究生），生物学专业，[email protected]，研究方向：待定
倪家豪（2019级硕士研究生），生物工程专业，[email protected]，研究方向：待定
本科生：
2016级：姜昱建（生态学）、江安（生物科学）、周霞（生物科学）、范效楷（渔业资源）、崔潇（生物科学）、冯一（海洋渔业）、郭慧琳（渔业资源）、张雯露（生物科学）、王钰瑾（生态学）、赵丹歌（生物技术）、吴晓琳（生物技术）
2017级：邓子光（生物科学）、何文斌（生物科学）、兰烨琳（海洋渔业）、张雅凡（生物技术）、张帆（生物技术）
2018级：韩玉敏（水产养殖）、邱文燕（水产养殖）、迟润达（水产养殖）、冯若冰（生物技术）、韩雨杉（水产养殖）、刘明港（水产养殖）
其它：
业余创作教育题材小说《转变 第一部》:
链接：https://pan.baidu.com/s/1PTtD1JZBWlVapdHXC50Rgg
提取码：e0qv
