Galaxy 中国| 生物信息必备技能-出版级别的circos圈图绘制

文章图形复现

图形/数据来源：

Teles Alves I, Hiltemann S, Hartjes T, et al. Gene fusions by chromothripsis of chromosome 5q in the VCaP prostate cancer cell line. Hum Genet. 2013;132(6):709-713. doi:10.1007/s00439-013-1308-1

1.1 外层骨架（Ideogram）

对于基因组数据，通常是染色体，但也可能是物种、基因，或者是另一个分辨率级别，这取决于你想要展示的关系。对于非基因组数据，这可能是人群中的个体、国家，或者是你想用来进行分组的数据的任何其他主要方面。

1.2 数据轨道（Data Tracks）

在骨架之内，我们可以绘制数据轨道。有不同类型的图表可用，例如：

散点图（Scatter plot）

线图（Line plot）

直方图（Histogram）

热图（Heatmap）

方块图（Tile）

文本（Text）

连接（Link）

条带（Ribbons）

轨道可以进行很多定制，一些相关的概念包括：

Radius ：轨道的半径决定了它在中心（0）和表意图（1）之间的位置。

Rules ：可以定义规则，根据数据点的值改变数据点的颜色，例如。

Axes and backgrounds ：可以在数据轨道上绘制轴和背景。

2. 复现步骤

工具位置：UseGalaxy.cn首页 > Graph/Display Data > Circos visualizes data in a circular layout

或者： https://usegalaxy.cn/root?tool_id=toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/circos/circos/0.69.8+galaxy12

2.1 数据准备

可以下载原文中的数据上传到网站：

https://zenodo.org/record/4494146/files/VCaP_Copy-Number.tsv
https://zenodo.org/record/4494146/files/VCaP_B-allele-Frequency.tsv
https://zenodo.org/record/4494146/files/VCaP-highConfidenceJunctions.tsv
https://zenodo.org/record/4494146/files/hg18_karyotype_withbands.txt
或者用网站上整理好的共享数据：
网站首页（UseGalaxy.cn）> 数据共享 > 数据库 > circos，该目录下有4个测试文件：
  hg18_karyotype_withbands.txt，染色体骨架文件
  circos-sv.tsv，结构变异信息
  circos-cnv.tsv，拷贝数变异信息
  circos-baf.tsv，次等位基因频率
2.2 Ideogram
由于圈图要呈现的数据很多，参数设置复杂，因此不可能一次就画好，而是有一个不断迭代的过程，一圈一圈地画。
操作：设置Ideogram
我们首先只设置骨架文件，其他参数保持默认：
运行看看结果：
可以看到，只有一个圈。
我们接着设置：
点击“Run Tool”，等待运行结束，点击结果文件右边的铅笔图标，将文件改名为：Circos Plot ideogram。
  染色体定义的格式如下：chr - ID LABEL START END COLOR
  前两个字段始终是chr，表示该行定义了一个染色体，以及 -。第二个字段定义了父结构，仅用于染色体条带定义。
  ID 是数据文件中使用的标识符，而 LABEL 是将出现在图像上的骨架旁边的文本。
  START和END定义了染色体的大小。核型文件应该存储整个染色体的大小，而不仅仅是您希望绘制的区域。我们可以使用其他参数仅绘制数据的子集（例如，只有一个染色体）。
  COLOR参数是可选的，要使用内置的颜色方案，请再次在此列中使用chr1、chr2等。
2.3 数据轨道一：结构变异
结构变异需要提供两个断点的位置，如下：
chromosome    start    end    chromosome    start    end
  第一个断点的染色体编号，开始位置，结束位置
  第二个断点的染色体编号，开始位置，结束位置