第一，有机食品在生产加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、激素化工合成物质，并且不允许使用基因工程技术；其他食品则允许有限使用这些物质，并且不禁止使用基因工程技术。如 A 级绿色食品和无公害食品允许限量使用农药、化肥等，并对基因工程技术和辐射技术的使用未作规定。

第二，有机食品在土地生产转型方面有严格规定。考虑到某些物质在环境中会残留相当一段时间，土地从生产其他食品到生产有机食品需要 2 一 3 年的转换期，而生产绿色食品和无公害食品则没有转换期的要求。有机食品在数量上进行严格控制，要求定地块、定产量，生产其他食品没有如此严格要求。

第三，有机食品的认证管理是由国际有机农业运动联合会（ IFOAM ）及其认可的机构来完成，与国际接轨。绿色食品归属农业部国家绿色食品发展中心认证并颁发证书，具有中国特色。无公害食品则是农业部宏观管理，省级农业行政部门进行产地、产品认证管理，是企业必须达到的最低食品安全标准、市场准入标准。