科大控股是按《公司法》规范设立的一人有限责任公司，公司财产独立、财务独立、自主经营、自负盈亏，学校依法行使股东权利。科大控股设董事会和监事会，董事、监事均由学校任命（其中一名监事由职工民主推选），按照《公司法》和公司章程的规定行使相应权利，向学校负责。

学校党委下设中科大资产公司直属党支部，公司经营层由学校按组织程序选拔。公司作为学校直属单位，参加学校机关部处室、直属单位考核。

科大控股主要以学校科技成果评估作价对外投资，现有参控股企业20余家，持股企业产业结构以高新技术为主，拥有科大讯飞、时代出版、科大智能、科大国创、辰安科技、国盾量子、国仪量子、本源量子等一批知名企业。