医工交叉创新研究院 大数据精准医疗高精尖创新中心

北航教师个人主页： http://shi.buaa.edu.cn/yesheng/

电子邮箱： ye [email protected]

【研究领域】

[1] 癌症等重大疾病的分子病理机制及相应的早期药物研发，尤其关注癌症转移的分子机制。

[2] 病毒入侵宿主细胞的分子机制研究及相应的早期药物研发，尤其关注艾滋病毒、冠状病毒等具备融合核心的病毒。

[3] 从头开始的蛋白质设计及人工蛋白质库的构建，尤其关注能够替代抗体药物的小型螺旋束类蛋白。

[4] 人工智能在生物大分子结构研究与蛋白质设计中的应用，尤其关注螺旋结构预测与蛋白-蛋白相互作用预测。

【教育背景】

2000.9–2007.1  清华大学，生物系/基础医学院，生物学博士学位（导师：饶子和院士）

1996.9–2000.7  清华大学，自动化系，自动化学士学位

【工作经历】

2019.4至今  北京航空航天大学，医工交叉创新研究院，大数据精准医疗高精尖创新中心，特聘研究员

2010.3–2019.4  中国科学院生物物理研究所，生物大分子国家重点实验室，副研究员

2007.7–2010.3  美国霍华德·休斯医学研究所/哥伦比亚大学，生物化学与分子生物物理学系，Wayne Hendrickson院士研究组，博士后科学家

2007.1–2007.7  清华大学，基础医学院，饶子和院士研究组，研究助理及学术秘书

【社会任职】

中国生物物理学会分子生物物理分会理事

中国生物物理学会科普工作委员会秘书长

中国科普作家协会理事

中国科学技术协会“科普中国形象大使”

【代表性科研项目】

[1] 主持了中华人民共和国科学技术部国家重点基础研究发展计划“973”子课题，“UPS等修饰分子机制的结构研究”，2012–2016。

[2] 主持了国家自然科学基金面上项目，“重要癌症转移促进因子 Talin 蛋白的自抑制机制研究”，2013–2016。

[3] 主持了国家自然科学基金面上项目，“双功能连接酶Smurf1催化Neddylation的机制研究”，2015–2018。

[4] 主持有国家自然科学基金面上项目，“组蛋白生物素化修饰的调控机制研究”，2019–2022。

[5] 参加了国家自然科学基金国际合作项目，“FBLD技术平台在抗菌新药研究中的应用”，2016–2019。

[6] 主持有与中国化工集团先正达公司中国研发中心合作的研究项目，“关于杀虫毒素蛋白的作用机制研究”，2017–2021。

[7] 主持有与望石智慧公司合作的研究项目，“基于电子密度函数与人工智能的蛋白-蛋白相互作用界面预测算法研究”，2021–2023。

【代表性论著】

[1]  Huang, Y. 1 , Lin, L. 1 , Liu, X. 1 , Ye, S. 1 , Yao, P. Y., Wang, W., Yang, F., Gao, X., Li, J., Zhang, Y., Zhang, J., Yang, Z., Liu, X., Yang,

Z., Zang, J., Teng, M., Wang, Z., Ruan, K., Ding, X., Li, L., Cleveland, D. W., Zhang, R.*, and Yao, X.* ( 2019 ) BubR1 phosphorylates CENP-E as a switch enabling the transition from lateral association to end-on capture of spindle microtubules. Cell Res. 29(7):562-78.

[2]  Guo, N. 1 , Ye, S. 1 , Zhang, K. 1 , Yu, X. 1 , Cui, H., Yang, X., Lin, P., Lv, M., Miao, J., Zhang, Y., Han, Q., Zhang, R.*, Chen, Z.*,

and Zhu, P.* ( 2019 ) A critical epitope in CD147 facilitates memory CD4(+) T-cell hyper-activation in rheumatoid arthritis. Cell Mol Immunol. 16(6):568-79.

[3]  Chen, B. 1 , Zhu, Y. 1 , Ye, S.* , and Zhang, R.* ( 2018 ) Structure of the DNA-binding domain of human myelin-gene regulatory factor reveals

its potential protein-DNA recognition mode. J Struct Biol. 203(2):170-8.

[4]  Yang, H. 1 , Zhu, Y. 1 , Chen, X., Li, X.*, Ye, S.* , and Zhang, R.* ( 2018 ) Structure of a prokaryotic SEFIR domain reveals two novel SEFIR-SEFIR interaction modes. J Struct Biol. 203(2):81-9.

[5]  Yang, Z. 1 , Han, S. 1 , Keller, M., Kaiser, A., Bender, B.J., Bosse, M., Burkert, K., Kogler, L.M., Wifling, D., Bernhardt, G., Plank, N.,

Littmann, T., Schmidt, P., Yi, C., Li, B., Ye, S. , Zhang, R., Xu, B., Larhammar, D., Stevens, R.C., Huster, D., Meiler, J., Zhao, Q., Beck-Sickinger, A.G.*, Buschauer, A.*, and Wu, B.* ( 2018 ) Structural basis of ligand binding modes at the neuropeptide Y Y1 receptor.

Nature. 556(7702):520-4.

[6]  Dai, S. 1 , Sun, C. 1 , Tan, K., Ye, S.* , and Zhang, R.* ( 2017 ) Structure of thrombospondin type 3 repeats in bacterial outer membrane

protein A reveals its intra-repeat disulfide bond-dependent calcium-binding capability. Cell Calcium. 66:78-89.

[7]  Su, S. 1 , Zhu, Y. 1 , Ye, S. 1 , Qi, Q., Xia, S., Ma, Z., Yu, F., Wang, Q., Zhang, R.*, Jiang, S.*, and Lu, L.* ( 2017 ) Creating an Artificial

Tail Anchor as a Novel Strategy To Enhance the Potency of Peptide-Based HIV Fusion Inhibitors. J Virol. 91(1) .

[8]  Zhu, Y. 1 , Su, S. 1 , Qin, L. 1 , Wang, Q., Shi, L., Ma, Z., Tang, J., Jiang, S.*, Lu, L.*, Ye, S.* , and Zhang, R.* ( 2016 ) Rational improvement of

gp41-targeting HIV-1 fusion inhibitors: an innovatively designed Ile-Asp-Leu tail with alternative conformations. Sci Rep. 6:31983.

[9]  Qin, L. 1 , Zhu, Y. 1 , Ding, Z., Zhang, X., Ye, S.* , and Zhang, R.* ( 2016 ) Structure of iridoid synthase in complex with NADP(+)/8-oxogeranial reveals the structural basis of its substrate specificity. J Struct Biol. 194(2):224-30.

[10]  Wang, Z., Qiao, Z., Ye, S.* , and Zhang, R.* ( 2015 ) Structure of a double-domain phosphagen kinase reveals an asymmetric arrangement of the tandem domains. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 71(Pt 4):779-89.

[11]  Lu, L. 1 , Liu, Q. 1 , Zhu, Y. 1 , Chan, K.H., Qin, L., Li, Y., Wang, Q., Chan, J.F., Du, L., Yu, F., Ma, C., Ye, S. , Yuen, K.Y.*, Zhang, R.*,

and Jiang, S.* ( 2014 ) Structure-based discovery of Middle East respiratory syndrome coronavirus fusion inhibitor. Nat Commun. 5:3067.

[12]  Shi, D.J. 1 , Ye, S. 1 , Cao, X., Zhang, R.*, and Wang, K.* ( 2013 ) Crystal structure of the N-terminal ankyrin repeat domain of TRPV3 reveals unique conformation of finger 3 loop critical for channel function. Protein Cell. 4(12):942-50.

[13]  Liu, Y. 1 , Zhu, Y. 1 , Ye, S.* , and Zhang, R.* ( 2012 ) Crystal structure of kindlin-2 PH domain reveals a conformational transition for its membrane anchoring and regulation of integrin activation. Protein Cell. 3(6):434-40.

[14]  Wu, X. 1 , Ye, S. 1 , Guo, S., Yan, W., Bartlam, M., and Rao, Z.* ( 2010 ) Structural basis for a reciprocating mechanism of negative cooperativity

in dimeric phosphagen kinase activity. FASEB J. 24(1):242-52.

[15]  Guo, S. 1 , Ye, S. 1 , Liu, Y., Wei, L., Xue, J., Wu, H., Song, F., Zhang, J., Wu, X., Huang, D.*, and Rao, Z.* ( 2009 ) Crystal structure of Bacillus

thuringiensis Cry8Ea1: An insecticidal toxin toxic to underground pests, the larvae of Holotrichia parallela. J Struct Biol. 168(2):259-66.

[16] Ye, S. , Wu, X., Wei, L., Tang, D., Sun, P., Bartlam, M., and Rao, Z.* ( 2007 ) An insight into the mechanism of human cysteine dioxygenase.

Key roles of the thioether-bonded tyrosine-cysteine cofactor. J Biol Chem. 282(5):3391-3402.

本研究组欢迎具备生物学、基础医学、人工智能等相关领域背景，并对疾病病理机制和药物研究感兴趣的同学加入，同时欢迎本科生来组开展实习。