第一种：
1）Windows开始菜单——设置——任务栏和开始菜单

2）在“常规”标签中，使“自动隐藏”生效。

3）打开Autocad，然后在Windows窗口下沿的系统工具条将自动隐藏。

4）找到Autocad命令窗口的露出的边框，拖回到正确位置。

第二种：

1）运行注册表编辑工具（运行regedit)。

2）找到主键，类似于：

HKEY_CURRENT_USER\Autodesk\AutoCAD\R15.0\Acad-1:409\FixedProfile\Command Line Windows

3）找到其中的数据描述，如图：其中DockWindow.Position就是命令行窗口位置与大小的参数。这些参数分别是：

左上角X/Y位置，右下角X/Y位置。单位是象素，原点在屏幕的左上角。

4）修改其中的数据到正确值，再次启动Autocad，命令行窗口就出来了。

还有种可能：
在2006版中，点击工具-----命令行就能让命令行消失，再点一次才能恢复。