姓 名：朱瑞新

学 位：博士

导师情况：博士生导师

研究领域：生物信息学

研究方向：

1. 人工智能与药物设计 （非酒精性脂肪肝、炎症性 肠病等药物筛选和设计);

2. 人工智能与微生物组 （ 无创诊断、宿主 - 微生物互作和合成生物学 ） ；

3. 数据密集型 （数据驱动） 研究 算法与平台开发 。

课题组网站： cadd.tongji.edu.cn

E-mail ： rxzhu@tongji.edu.cn

个人简介 :

朱瑞新博士现任同济大学生命科学与技术学院生物信息系教授、博士生导师。 兼任同济大学附属第十人民医院特聘研究员。 2001 年毕业于兰州大学化学化工学院，获化学学士学位。 2007 年毕业于中国科学院上海有机化学研究所，获计算机化学博士学位。 2007-2008 年在上海生物信息技术研究中心从事科研工作。 2008 年至今在同济大学生命科学与技术学院从事教学 和科研工作。 朱瑞新博士领导的课题组研究方向聚焦人工智能与药物设计、人工智能与微生物组及数据密集型 研究 算法与平台开发。 以第一或通讯作者身份 ( 含并列 ) 在包括 Nature Microbiology 、 Nature Ecology & Evolution 、 Nature Protocols 、 Nature Communications 和 Cell Reports Medicine 等知名期刊发表 SCI 论文 75 篇（截止到 2024 年 6 月）。主编出版了国内 “ 计算机辅助药物设计 ” 第一本本科生专业教材： 《 计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解 》 （朱瑞新编著，大连理工大学出版社， 2011 年， ISBN 978-7-5611-6104-3 ）。任期刊 Frontiers in Pharmacology (IF=5.81) 和 Frontiers in Microbiology (IF=5.64) 副主编。同时，为以下期刊担任审稿： Nature Medicine 、 Nature Microbiology 、 Signal Transduction and Targeted Therapy 、 Briefings in Bioinformatics 、 Genomics, Proteomics & Bioinformatics 、 Journal of Chemical Information and Modeling 和 Bioinformatics 等 。 现主持国家自然科学基金面向项目 1 项（疾病微生物， 2022- ）、国家重点研发计划子任务 1 项（ IT & BT ， 2022- ）、国家自然科学基金重大研究计划集成项目子课题 1 项（微生物大数据平台建设， 2023- ）。已培养出 2 名独立 PI （浙江大学 / 吴顶峰、复旦大学 / 焦娜）。

主持的科研项目

1. 2023-2024 ， 国家自然科学基金重大研究计划集成项目 ( 编号 : 92251307) 第二课题

2. 2022-2024 ，国家重点研发计划 ( 编号 : 2021YFF0703700/2021YFF0703702) 子任务

3. 2022-2025 ，国家自然科学基金 ( 编号 : 82170542)

4 . 2018-2021 ，国家自然科学基金 ( 编号 : 81774152)

5 . 2016-2019 ，上海市自然科学基金 - 探索类项目 ( 编号 :16ZR1449800)

6 . 2015-2016 ，中央高校基本科研业务费专项资金 - 跨学科交叉项目 ( 编号 :10247201546)

7 . 2013-2015 ，国家自然科学基金 ( 编号 :31200986)

8 . 2013-2014 ，中央高校基本科研业务费专项资金 - 英才计划 ( 编号 :2000219083)

9 . 2010-2012 ，教育部高等学校博士学科点专项科研基金 ( 编号 :2010-0072120050)

10 . 2008-2009 ，同济大学青年优秀人才培养行动计划 ( 编号 :2008KJ073)

11 . 2007-2010 ，上海市自然科学基金项目 ( 编号 :07ZR14085)

代表性论文

^{1. Wanning Chen $ , Yichen Li $ , Wenxia Wang $ , Sheng Gao, Jun Hu, Bingjie Xiang, Dingfeng Wu, Na Jiao, Tao Xu, Min Zhi*, Lixin Zhu*, Ruixin Zhu* ( 2024). Enhanced microbiota profiling in patients with quiescent Crohn's disease through comparison with paired healthy first-degree relatives. Cell Reports Medici ne, https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2024.101624 .}

^{2. Na Jiao * , Lixin Zhu * , Ruixin Zhu *} . (2024). The search for authentic microbiome–disease relationships. Nature Medicine , https://doi.org/10.1038/s41591-024-02920-z.

^{3. Wenxing Gao # , Weili Lin # , Qiang Li # , Wanning Chen, Wenjing Yin, Xinyue Zhu, Sheng Gao, Lei Liu, Wenjie Li, Dingfeng Wu, Guoqing Zhang * , Ruixin Zhu * , Na Jiao * . (2024). Identification and validation of microbial biomarkers from cross-cohort datasets using xMarkerFinder , Nature Protocols , https://doi.org/10.1038/s41596-024-00999-9.}

^{4. Xiang Gao # , Ruicong Sun # , Na Jiao # , Xiao Liang, Gengfeng Li, Han Gao, Xiaohan Wu, Muqing Yang, Chunqiu Chen, Liang Chen, Wei Wu, Zhong Li, Yingzi Cong, Ruixin Zhu* , Tiannan Guo*, Zhanju Liu*. (2023). Integrative multi-omics deciphers the spatial characteristics of host-gut microbiota interactions in Crohn’s disease. Cell Reports Medicine , 4(6), 101050. DOI: https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2023.101050 .}

^{5. Dingfeng Wu # , Lei Liu # , Na Jiao # , Yida Zhang, Li Yang, Chuan Tian, Ping Lan, Lixin Zhu*, Rohit Loomba*, and Ruixin Zhu *. (2022). Targeting Keystone Species Helps Restore the Dysbiosis of Butyrate ‐ Producing Bacteria in Nonalcoholic Fatty Liver Disease. iMeta , e61. https://doi.org/10.1002/imt2.61 .}

^{6. Ning-Ning Liu # , Na Jiao # , Jing-Cong Tan # , Ziliang Wang # , Dingfeng Wu, An-Jun Wang, Jie Chen, Liwen Tao, Chenfen Zhou, Wenjie Fang, Io Hong Cheong, Weihua Pan, Wanqing Liao, Zisis Kozlakidis , Christopher Heeschen , Geromy G. Moore, Lixin Zhu *, Xingdong Chen *, Guoqing Zhang *, Ruixin Zhu * , Hui Wang *. (2022). Multi-kingdom microbiota analyses identify bacterial-fungal interactions and biomarkers of colorectal cancer across cohorts. Nature Microbiology , 7: 238–250. DOI: https://doi.org/10.1038/s41564-021-01030-7. ESI 高被引论文}

^{7. Yuanqi Wu #, Na Jiao #, Ruixin Zhu *, Yida Zhang, Dingfeng Wu, An-Jun Wang, Sa Fang, Liwen Tao, Yichen Li, Sijing Cheng, Xiaosheng He,Ping Lan, Chuan Tian *, Ning-Ning Liu *, Lixin Zhu *. ( 2021 ). Identification of microbial markers across populations in early detection of colorectal cancer. Nature Communications . DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23265-y. ESI高被引论文}

^{8. Lu Fan†,*, Dingfeng Wu†, Vadim Goremykin†, Jing Xiao, Yanbing Xu, Sriram Garg, Chuanlun Zhang, William F. Martin*, Ruixin Zhu * . (2 020 ). Phylogenetic analyses with systematic taxon sampling show that mitochondria branch within Alphaproteobacteria. Nature Ecology & Evolution , DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-020-1239-x.}

^{9. Na Jiao†, Susan S Baker*, Adrian Chapa-Rodriguez, Wensheng Liu, Colleen A Nugent, Maria Tsompana, Lucy Mastrandrea, Michael J Buck, Robert D Baker, Robert J Genco, Ruixin Zhu * , Lixin Zhu*. ( 2018 ). Suppressed hepatic bile acid signalling despite elevated production of primary and secondary bile acids in NAFLD. Gut . 67(10):1881-1891. ESI高被引论文}

主编教材

《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》

朱瑞新 编著，大连理工大学出版社， 2011 年， ISBN 978-7-5611-6104-3 。

（国内 “ 计算机辅助药物设计 ” 第一本本科生专业教材，

获同济大学首届本科生优秀教材奖）

教学情况

1. 2020-, 宏基因组学 ( 生命科学、医学、药学、地球科学和环境科学等专业 )

2. 2015-2017 ，计算基因组学 ( 生物信息专业 )

3.2014-2015 ，生物信息学 II( 拔尖班 )

4. 2011-2014 ，生物信息学实验 ( 生物技术专业 )

5. 2010- ，课程设计 ( 生物信息专业 )

6. 2009- ，计算机辅助药物设计 ( 生物信息专业 )

获得荣誉

1. 2022 年，入选《同济大学 2021 年国际合作论文 100 篇汇编》。

2. 2021 年，同济大学优秀硕士学位论文指导教师。

3 . 2019 年，同济大学优秀博士学位论文指导教师。

4 . 2019 年 ，同济大学 “ 优秀毕业设计指导教师 ”( 生物信息专业唯一名额，再次蝉联 ) 。

5 . 2018 年 ，同济大学 “ 优秀毕业设计指导教师 ”( 生物信息专业唯一名额，再次蝉联 ) 。

6 . 2017 年，同济大学生命科学与技术学院 “ 年度考核优秀科研工作者 ” 。

7 . 2017 年 ，同济大学 “ 优秀毕业设计指导教师 ” ( 生物信息专业唯一名额，再次蝉联 ) 。

8 . 2016 年，同济大学 “ 优秀本科生教材二等奖 ” 。

9 . 2016 年 ，同济大学 “ 优秀毕业设计指导教师 ” ( 生物信息专业唯一名额，蝉联 ) 。

10 .2015 年，同济大学生命科学与技术学院 “ 先进工作者 ” 。

11 .2015 年，同济大学生命科学与技术学院 “ 年度考核优秀教师 ” 。

1 2 .2015 年，同济大学年度考核被评为 “ 校优 ”( 排名第一 ) 。

1 3 . 2015 年 ，同济大学 “ 优秀毕业设计指导教师 ” ( 生物信息专业唯一名额 ) 。

1 4 .2012 年，同济大学 “ 教学奖二等奖 ” 。

1 5 .2012 年，同济大学 “ 优秀青年教师优青计划 ” ( 英才计划 ) 。

1 6 .2012 年，同济大学生命科学与技术学院首届 “ 教学贡献奖二等奖 ” 。

1 7 .2010 年，首届同济大学 “ 优秀青年教师培育计划 ” ( 英才计划 ) 。