3.1. 转录组测序技术

转录组测序技术（RNA sequencing，RNA-seq），原理是将RNA反转录成碱基互补DNA，对全基因组的互补DNA进行高通量测序，计算不同mRNA的表达量，分析转录本的结构与表达，呈现全转录组信息的检测方法 ^{［ 26 ］} 。该技术主要应用于致病因素由RNA介导的疾病，鉴定因剪接位点突变诱发转录水平蛋白质障碍的罕见疾病；可对细胞异质性进行无偏差识别，有利于监测发育和分化期间细胞的动态变化。DeLaughter等 ^{［ 27 ］} 利用单细胞RNA测序技术（single-cell RNA sequencing）发现 Nkx2.5 基因在心肌细胞成熟及心室构建中的作用，有助于探索心脏发育过程中细胞动态改变对先天性心脏病的研究意义。RNA-seq减少了意义不明变异的干扰，有效提高诊断准确率。目前应用受阻因素有样本不易收集、RNA降解快、对数据分析人员专业能力要求高。若这些问题妥善解决，将有力推动RNA-seq在遗传相关儿童罕见病临床中的开展。

3.2. 蛋白质组学技术

蛋白质组学技术是分离、鉴定及定量细胞、组织或器官内蛋白质，分析获取生物信息的技术 ^{［ 28 ］} 。单基因遗传疾病通常是由特定基因中的位点变异引起蛋白质异常所致，通过发现特异性蛋白分子或印迹揭示疾病的发病机制，可作为早期诊断分型、靶向治疗及预后评估的依据；应用蛋白质组学技术有助于致病机制的定位及分型，从分子水平证实蛋白生成与疾病发生的关联性 ^{［ 29 ］} 。各组织对氧化代谢耐受阈值不同，利用蛋白质组学技术对线粒体呼吸链酶复合物活性测定，可纵向分析疾病对机体损害的时间次序及严重程度，为探索发病机制及靶向治疗提供更多可能 ^{［ 30 ］} 。

3.3. 代谢组学技术

通过定性或定量分析小分子（相对分子质量<1 500 000）代谢产物，进行靶向/非靶向方式帮助诊断和筛查罕见病发生机制 ^{［ 31 ］} 。据美国医学遗传学和基因组学学会规范新生儿筛查疾病谱，70.4%的疾病应用串联质谱技术进行检测 ^{［ 32 ］} 。可特异性地评估遗传代谢病酶活性变化程度，鉴定临床意义不明的基因结果，有助于黏多糖贮积症的分型鉴别 ^{［ 33 ］} 。早期新生儿筛查可通过鉴定α-半乳糖苷酶A活性实现法布里病未发病期的诊断，改善患者生存质量。α-半乳糖苷酶A活性检测，简单快捷，可确诊男性患者；女性患者易因X染色体随机失活检测呈假阴性，半数以上的活性指数正常，因此，女性患者的诊断，需加入基因分析、底物及衍生物定量测定的判读 ^{［ 7 ］} 。

各功能基因组学技术总结见 表3 。