在linux服务器上,可通过如下命令安装:
# 下载压缩文件
wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.25/diamond-linux64.tar.gz
# 解压文件
tar xzf diamond-linux64.tar.gz
# 有root全新啊
sudo mv diamond /usr/local/bin
# 无root权限, ~/bin是自己当前目录下
mv diamond ~/bin
上述命令参考自博客:
DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件
。若第一行命令运行缓慢,可以直接去
Github
上下载压缩文件,放到服务器中,接着执行下面的命令。若没有报错,那么DIAMOND就安装成功。
bioconda安装
其实还有更简单的安装方式,就是通过conda来安装,在服务器中执行如下命令:
conda install -c bioconda diamond
前提是你得先安装anaconda。
二、DIAMOND的简单使用
DIAMOND并不具备BLAST的众多功能,其聚焦于序列比对,使用起来也非常简洁。你可以通过help查看有关diamond的相关命令:
diamond help
diamond makedb --in aaa.fa --db nr
这个命令有两个参数:--in 输入蛋白质文件和--db 生成后缀为.dmnd的数据库文件。aaa.fa就是建库需要使用到的蛋白质序列,nr就是数据库名,可以自定义。
diamond blastp --db nr -query bbb.fa -out ab.txt
如果是蛋白质序列比对就是使用blastp,DNA序列比对就是使用blastx。另外这条命令有三个基本参数:nr表示数据库名(根据你建立的数据库而来),bbb.fa(保存查询序列的文件),ab.txt(查询结果输出文件)。
以上就是DIAMOND的安装和简单使用,在以后的使用中若遇到重要的地方再来更新。
大神您好,感谢您的分享。我是一个完完全全的研0生信小白,最近导师让我用orthofinder 进行低拷贝直系同源基因搜寻,我是用的乌班图,orthofinder已经下好了,如果要使用的话是不是还要安装DIAMOND、MMseqs2、MCL、FastME等安装包呢?如果是的话是直接打开乌班图就安装还是在orthofinder下安装这些安装包呢?期待您的回复
|´・ω・)ノ
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φ( ̄∇ ̄o)
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( ง ᵒ̌皿ᵒ̌)ง⁼³₌₃
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Σ(っ °Д °;)っ
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Source: github.com/k4yt3x/flowerhd
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