行车间隔方面，开通初期上线列车4备1，全线行车间隔为 22分30秒 ，为方便乘客出行，届时南京地铁官方微博会公布各站点时刻表，同时各车站内也会张贴告示，请留意查看，以便减少乘车等待时间。 　　后续，南京地铁将根据实际客流情况，逐步调整并优化运力，不断满足乘客的出行需求。 运营时间为6:00-22:00 根据线路客流特点，S9号线运营服务时间为6:00-22:00，开通初期将采用全大交路的运行模式，单趟运营时间约36分钟。