中国科学院上海有机化学研究所于1985年7月被批准建立博士后流动站，现有金属有机化学国家重点实验室、生命过程小分子调控全国重点实验室、先进氟氮材料重点实验室（中国科学院）。此外，还有中国科学院生物与化学交叉研究中心、沪港化学合成联合实验室、宁波新材料创制中心等多个联合研究中心。设站至今，已有近700名有志于有机化学工作的青年科研人员进入中国科学院上海有机化学研究所化学流动站，先后获得中国博士后基金委、中国科学院、上海市的各项科研资助和奖励200余项。 上海有机所博士后工作由人力资源处负责，包括办理博士后进出站手续、户口申请、博士后科学基金及各项资助申报、博士后经费管理、博士后联谊会联络等，并负责联系上级主管部门和兄弟单位。