科学研究是一种特殊的社会历史现象，不同的历史阶段具有不同的性质和特点，对应的科研管理与服务方式也是不同的。科学是解释自然界现实本质联系的知识，又将其应用而转化为社会发展的实践力量。现代科学不仅仅是单一的知识体系，同时也是一种社会活动，是生产知识的社会活动，科研成果的推广转化可以有效促进经济和社会发展。

现代科学产生于四百年前，在发展的过程中，不断有新的假说、新的学科产生，并不断更新、淘汰原有的理论。但其基本假设一直未变，就是认为物质世界是客观的、无意识的，自然规律不受人的主观意志影响。科学既是历史发展过程的产物，又是推动人类社会发展的动力。科学是人类认识自然的一盏明灯，但其所照亮的领域是有限的，而未被科学照亮的世界又是动态的、变化着的。

四百年来，伴随着人类社会发展，科学研究的层次不断复杂，产生了科研管理和组织方式并逐步演变。最早期的科研主要是有钱人的个人探索爱好，研究机械运动，主要是靠理论、靠数学来推算，辅之于实验验证；科研的第二个层次是化学过程，主要靠实验，由理论来指导，由于科研成果的应用能带来经济效益，政府组织，特别是企业开始有目的的支持科研；第三个层次是今天大量科研人员参与的复杂科学，以政府组织和企业投入为主，比如工程、气象、核能、超级计算等，靠理论指导，因为大量的研究对象找不出对应的解析解，只能利用计算机进行大量的模拟计算，幸亏人类发明了计算机，才使得科学研究能在这个层次为经济和社会发展服务，计算机发明前，这个层次的科研效率很低；第四个层次是人类开始认识自身的探索，一些机构开始研究生命科学，生命科学目前还属于试验科学，主要是靠实验和统计分析，是反复试验和经验的积累，可靠的理论并不多，目前仅仅取得了一些简单的认识，与复杂的生命认知相距甚远，而且，把有情感有意识的生命当作无情感无意识的物质去研究，这本身就可能走入了歧途；第五个层次是人的行为科学，包括经济学类、管理学类等，大量的靠数据挖掘、计算和分析，目前仅仅还处在经验积累和猜想阶段，所谓的理论只不过是对具体案例或组织形式方式的解释而已，还没有发现行之有效的理论，问题的关键在于人的行为意识受影响的因素多，目前还没有发现其客观规律，好在信息时代的大数据应用和人工智能的发展，可能为人类行为科学研究带来曙光。

要改变现行的科研管理方式，科研管理不能停留在管理科学研究的第一个层次上，科研活动早就超出了机械运动层次。科研管理也不能模仿经济管理和工业管理方式，科研活动与工业生产截然不同。科研活动是探索性活动，没有准确的产出时间和产出结果，不但不能准确计量投入和产出效果，而且这种探索性活动往往是失败大于成功，一旦探索成功，其社会和经济效益难以估量，所以，不能用绩效管理评价科研活动。

科研管理要给科研人员足够的自由度，要宽容科研失败。不是每项科学研究都必然成功，试图按照计划方式获得科研结果，搞不好就导致学术不端。要改变这种现象，就要积极探索适应当今时代的科研管理和组织方式。科学发展史表明，重大科学突破几乎都是科学家自由探索的结果，而不是政府规划出来的。科学突破往往离不开科学家的直觉与灵感，是否对当时的生产实际有用或无用没有直接关系。