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Open Babel
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简介
格式转换和编辑工具。
功能
支持大量的常见化学文件格式。
支持的输入类型有:alc (
Alchemy 文件),prep ( Amber PREP文件),bs (Ball & Stick文件),caccrt ( Cacao 直角坐标文件),ccc (CCC文件),c3d1 ( Chem3D 直角坐标1文件),c3d2 ( Chem3D 直角坐标2文件),cml (Chemical Markup Language文件),crk2d (CRK2D文件),crk3d (CRK3D文件),box (Dock 3.5 Box文件),dmol ( DMol3 直角坐标文件),feat (Feature文件),gam ( GAMESS 输出文件),gamout ( GAMESS 输出文件),gpr ( Ghemical 工程文件),mm1gp ( Ghemical MM文件),qm1gp ( Ghemical QM文件),hin ( HyperChem HIN文件),jout ( Jaguar 输出文件),mmd (MacroModel文件),mmod (MacroModel文件),out (MacroModel文件),dat (MacroModel文件),car (MSI Biosym/ Insight II CAR文件),sdf (MDL Isis SDF文件),sd (MDL Isis SDF文件),mdl (MDL Molfile文件),mol (MDL Molfile 文件),mopcrt ( MOPAC 直角坐标文件),mopout ( MOPAC 输出文件),mmads (MMADS文件),mpqc ( MPQC 文件),bgf (MSI BGF文件),nwo ( NWChem 输出文件),pdb (PDB文件),ent (PDB文件),pqs ( PQS 文件),qcout ( Q-Chem 输出文件),res (ShelX文件),ins (ShelX文件),smi (SMILES文件),mol2 (Sybyl Mol2文件),unixyz (UniChem XYZ文件),vmol (ViewMol文件),xyz (XYZ文件)。
支持的输出类型有:alc (
Alchemy 文件),bs (Ball & Stick文件),caccrt ( Cacao直角坐标文件),cacint (Cacao 内坐标文件),cache ( CAChe MolStruct文件),c3d1 ( Chem3D 直角坐标1文件),c3d2 ( Chem3D 直角坐标2文件),ct ( ChemDraw 连接关系表文件),cht (Chemtool文件),cml (Chemical Markup Language文件),crk2d (CRK2D文件),crk3d (CRK3D文件),cssr (CSD CSSR文件),box (Dock 3.5 Box文件),dmol ( DMol3 文件),feat (Feature文件),fh (Fenske-Hall Z-Matrix文件),gamin ( GAMESS 输入文件),inp ( GAMESS 输入文件),gcart ( Gaussian 直角坐标文件),gau ( Gaussian 输入文件),gpr ( Ghemical 工程文件),gr96a ( GROMOS 96 (A)文件),gr96n ( GROMOS 96 (nm)文件),hin ( HyperChem HIN文件),jin ( Jaguar 输入文件),bin (OpenEye二进制文件),mmd (MacroModel文件),mmod (MacroModel文件),out (MacroModel文件),dat (MacroModel文件),sdf (MDL Isis SDF文件),sd (MDL Isis SDF文件),mdl (MDL Molfile文件),mol (MDL Molfile文件),mopcrt ( MOPAC 直角坐标文件),mmads (MMADS文件),bgf (MSI BGF文件),csr (MSI Quanta CSR文件),nw ( NWChem 输入文件),pdb (PDB文件),ent (PDB文件),pov (POV-Ray输出文件),pqs ( PQS 文件),report (Report文件),qcin ( Q-Chem 输入文件),smi (SMILES文件),fix (SMILES Fix文件),mol2 (Sybyl Mol2文件),txyz ( Tinker XYZ文件),txt (Titles文件),unixyz (UniChem XYZ文件),vmol (ViewMol文件),xed (XED文件),xyz (XYZ文件),zin ( ZINDO 输入文件)。文件类型基于扩展名。
支持化学MIME。
SMARTS匹配器。
柔性原子打印。
柔性键打印。
部分电荷计算。
添加或删除氢。
支持同位素,进行平均计算。
自动猜测环,键,杂化,芳香性。
多构象分子存储。
命令行转换一个文件中的多个分子。
命令行界面。
二进制矢量类。
矢量与矩阵的转换。
分子测试组。
平台 Windows,Linux,MacOS,SGI,Solaris,...
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1. Babel
 
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