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相关文章推荐
教育工作经历：
2013.6 — 现今 福州大学，从事教学及科学研究工作
2011.9 — 2013.4 美国密歇根大学， 计算 生物学 , 访问研究 / 博士后 导师： Yang Zhang 教授
2007.9 — 2012.6 中国农业大学，生物信息学 , 博士 导师：张子丁教授
2003.9 — 2007.6 福建农林大学，生科院国家理科基地班，学士 导师：林文雄教授
教学简介：
主讲：《 大数据和人工智能 》，本科生课程 （ 201 9-202 3 ）
主讲：《 实验设计与统计分析 》，本科生课程 （ 201 8-202 3 ）
主讲：《生物信息学》，本科生课程 （ 2013 - 20 23 ）
主讲： 《 蛋白质 和酶工程》，本科生课程 （ 20 20 ）
参讲：《基因组学》，研究生课程 （ 2015 -2019 年 ）
参讲：《 基因组学与精准医学 》，研究生课程 （ 2019-202 2 年 秋）
参讲： 《现代微生物研究技术》 研究生课程 （ 2018 年秋）
参讲：《应用蛋白质化学》，研究生课程 （ 2014 、 2016 年春 ）
参讲：《 专家系列讲座 》，本科生课程 （ 2016 年秋 ）
主讲：福州软件园创咖公益沙龙第四期论坛《走进 AI 和大数据》（ 2019 年秋 ）
主讲：福建商学院《大数据和人工智能在物业行业中的应用》（ 2019.12.10 ）
科研简介：
主要研究方向为包括
(a)大数据和人工智能算法。 使用大型 Linux/Unix 服务器集群对大数据进行系统性统计分析与建模 。同时 开展 对 Neural Network 、 Support Vector Machine 和 Random Forest 等深度学习 （ deep learning ）和 统计预测算法的优化与改进等 。
(b)生物信息学,涵盖基因组信息学与蛋白质结构分析。(1)基因组信息学主要研究内容包括基因测序数据深度分析、基因与疾病关联分析、遗传变异分析、以及采用统计学方法对大规模基因组数据进行系统分析与解析等;(2)蛋白质结构分析主要为蛋白质设计与计算结构生物学，包括序列比对、二级结构推导、三维结构预测、基于序列与结构的功能注释、分子对接、动力学模拟、以及酶分子定点突变以提高亲和力与热稳定性等。
(c)多种重要生物酶的系统性和相互作用网络研究。包括漆酶、几丁质酶、 琼胶酶等多组学的系统性研究、分子设计、定向进化和相互作用网络建模等。
社会兼职：
担任 The Journal of Supercomputing 、 Bioinformatics 、 Analytical Biochemistry 、 Chemical Communications 、 International Journal of Computational Biology and Drug Design (IJCBDD) 、 Frontiers in Genetics, section Computational Genomics 、 Briefings in Bioinformatics 、 Journal of Biomolecular Structure & Dynamics 、 Genomics 、 IEEE Access 、 Frontiers Cellular and Infection Microbiology 、 J ournal of M olecular M odeling 、 Molecular Omics 、 Scientific Reports 、 BMC Bioinformatics 、 Molecular Biosystems 、 PLOS ONE 、 IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 、 China Journal of Bioinformatics 、 Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry 、 BioMed Research International 、 Current Bioinformatics 、 Journal of Information Security 、 International Journal of Horticulture & Agriculture 、 Journal of Aquatic Research and Marine Sciences 、 Informatics in Medicine Unlocked 、 中国生物化学与分子生物学报、 浙江农业学报 、国研评审互助平台 等审稿人。
2005~2007: 福建正扬信息技术开发有限公司兼职软件开发，参与多个企业 ERP 系统的开发过程。
2021.5.16 ：首届“福建省青年科普创新实验暨作品大赛”生物环境组评委
主持科研项目：
1 、 与海南大学合作的“钠离子通道蛋白序列分析、结构建模以及分子对接”项目
2 、 福州大学生工学院以及学校两个 《线上线下精品课程》建设项目
3 、 国家自然 科学 基金、 31500673 、 G 蛋白偶联受体结构及与药物配体结合的计算研究
4 、福州大学科技发展基金项目、 2014-XY-15 、膜蛋白结构与功能预测新算法的开发
5 、福建省教育厅科技项目、 JA14049 、膜蛋白序列、结构与功能关系的挖掘
6 、福州大学人才基金项目、 XRC-1336 、与疾病相关的生物信息学平台的构建
代表性论文 (* 通讯作者 ) ：
1.Susu Yuan, Renxiang Yan , Biyu Lin, Renkuan Li, Xiuyun Ye Improving thermostability of Bacillus amyloliquefaciens alpha-amylase by multipoint mutations, Biochem Biophys Res Commun(2023),653:69-75.
2. 袁素素 , 叶秀云 * , 鄢仁祥 * , 基于蛋白质受体的药物分子计算机辅助设计常用策略综述 [J]. 生物信息学 ( 2023 ) .
3 . 苏绍玉 , 叶秀云 * , 鄢仁祥 * , 酶分子设计的常用策略和进展 [J]. 生物信息学 ( 2023 ) .
4 . 苏绍玉 , 卢芷琳 , 史智凌 , 叶秀云 *, 鄢仁祥 * , 蛋白质酶功能分析和预测方法的进展和前瞻 [J]. 生物信息学 ,2022,20(4):227-234.
5 . Xiaofeng Wang *# , Renxiang Yan *# , Yongji Wang (2021), Computational identification of human ubiquitination sites using convolutional and recurrent neural networks , Molecular Omics, 2021, DOI: 10.1039/D0MO00183J .
6 . Xiaofeng Wang * , Renxiang Yan * , Yong-Zi Chen, Yongji Wang (2021), Computational identification of ubiquitination sites in Arabidopsis thaliana using convolutional neural networks , Plant Mol Biol ,doi: 10.1007/s11103-020-01112-w .
7 . Xiaofeng Wang , Renxiang Yan* (2020) , DDAPRED: a computational method for predicting drug repositioning using regularized logistic matrix factorization, Journal of Molecular Modeling, 26:60.
8 . Jincheng Li,Jiamin Zheng, Yanhui Liang, Renxiang Yan , Xinqi Xu, JuanLin (2020) , Expression and characterization of a chitinase from Serratia marcescens, Protein Expression and Purification ,105613.
9 . Renxiang Yan* , Xiaofeng Wang, Yarong Tian, Jing Xu, Xiaoli Xu and Juan Lin* (2019), Prediction of zinc-binding sites using multiple sequence profiles and machine learning methods, Molecular Omics , 15 , 205 – 215 .
10 . Guozeng Wang, Meng Luo, Juan Lin, Yun Lin, Renxiang Yan , Wolfgang R. Streit, Xiuyun Ye, A new extremely halophilic, calcium-independent and surfactant-resistant alpha-amylase from Alkalibacterium sp. SL3 , Journal of Microbiology and Biotechnology . DOI : 10.4014/jmb.1901.01038 .
11 . Bingmei Su, Xinqi Xu, Renxiang Yan , Yong Xie, Juan Lin (2019), Mutagenesis on the surface of a beta-agarase from Vibrio sp. ZC-1 increased its thermo-stability, Enzyme and Microbial Technology , https://doi.org/10.1016/j.enzmictec.2019.04.006 . 蛋白质设计：提高酶热稳定性
1 2 . Yajiao Zhang, Bin Lang, Deyang Zeng, Zhihua Li, Jie Yang, Renxiang Yan , Xinqi Xu, Juan Lin (2019) Truncation of k'carrageenase for higher k'carrageenan oligosaccharides yield with improved enzymatic characteristics, International Journal of Biological Macromolecules . 130, 958-968. 蛋白质设计：提高酶催化活性
1 3 . Xiaofeng Wang * , Renxiang Yan * (2018) RFAthM6A: a new tool for predicting m6A sites in Arabidopsis thaliana . Plant Molecular Biology , 96(3):327-337 .
1 4 . Renxiang Yan * , Xiaofeng Wang, Lanqing Huang, Yarong Tian and Weiwen Cai (2017) Transmembrane region prediction by using sequence-derived features and machine learning methods ， RSC Advances , 7(46) , 29200-29211
15. Guozeng Wang, Jingjing Wu, Renxiang Yan , Juan Lin and Xiuyun Ye (2016) A novel multi-domain high molecular, salt-stable alkaline xylanase from Alkalibacterium sp. SL3 . Front. Microbiol doi: 10.3389/fmicb.2016.02120
16. Renxiang Yan * , Xiaofeng Wang , et al (2016) , A neural network learning approach for improving the prediction of residue depth based on sequence-derived features , RSC Advances , 6 (72) , 67729-67738
17. X iaofeng Wang , Renxiang Yan , Jiangning Song (2016) SOHPRED: a new bioinformatics tool for the characterization and prediction of human S-sulfenylation sites , Mol Biosyst , 12(9):2849-58 .
18. X iaofeng Wang , Renxiang Yan , Jiangning Song (2016) DephosSite: a machine learning approach for discovering phosphotase-specific dephosphorylation sites , Scientific Reports , 23510 .
1 9 . 许伟明，王晓锋，林娟，蔡伟文， 鄢仁祥 * (2016) G 蛋白偶联受体计算研究的进展和前瞻 . 中国生物信息学 ， 14(1):31-38 .
20 . Guozeng Wang, Qiaohuang Wang, Xianju Lin, Tzi Bun Ng, Renxiang Yan , Juan Lin, Xiuyun Ye (2016) A novel cold-adapted and highly salt-tolerant esterase from Alkalibacterium sp. SL3 from the sediment of a soda lake. Scientific Reports , 6, 19494.
21 . Renxiang Yan*, Xiaofeng Wang, Weiming Xu, Juan Lin, and Weiwen Cai (2015) A short review of protein fold recognition methods. Chinese Journal of Bioinformatics . 13(4), 231-238.
2 2 .Renxiang Yan*, Xiaofeng Wang, Lanqing Huang, Feidi Yan, Xiaoyu Xue, and Weiwen Cai (2015) Prediction of structural features and application to outer membrane protein identification. Scientific Reports , 5, 11586 . IF : 5.078
2 3 .Renxiang Yan , Jiangning Song, Weiwen Cai and Ziding Zhang (2015) A short review on protein secondary structure prediction methods. Pattern Recognition in Computational Molecular Biology: Techniques and Approaches (Wiley Series in Bioinformatics). Chapter 6. doi : 1.1002/9781119078845.ch6, ISBN: 978-1-118-89368-5 ,99-112 .
2 4 . Xiaofeng Wang*, Yuan Zhou, Renxiang Yan* (2015) AAFreqCoil: a new classifier to distinguish parallel dimeric and trimeric coiled coils. Mol Biosyst , 11(7):1794-801.
2 5 .Jianyi Yang, Renxiang Yan , Ambrish Roy, Dong Xu, Jonathan Poisson and Yang Zhang (2015) The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction. Nature Methods , 12(1), 7–8.
2 6 . Renxiang Yan* , Xiaofeng Wang, Lanqing Huang, Jun Lin, Weiwen Cai and Ziding Zhang (2014) GPCRserver: an accurate and novel G protein-coupled receptor predictor. Mol Biosyst , 10(10):2495-504.
2 7 . Renxiang Yan* , Jun Lin, Zhen Chen, Xiaofeng Wang, Lanqing Huang, Weiwen Cai and Ziding Zhang (2014) Prediction of outer membrane proteins by combining the position- and composition-based features of sequence profiles. Mol Biosyst , 10: 1004-1013. IF:3.18.
2 8 . Renxiang Yan* , Lanqing Huang, Xiaofeng Wang and Weiwen Cai (2014) EasyAlign: an easy and novel fold recognition tool. The 8th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (iCBBE 2014 Proceedings Paper) ISBN:978-1-60595-194-2 , 57-62.
2 9 . Renxiang Yan , Dong Xu, Jianyi Yang, Sara Walker and Yang Zhang ( 2013 ) A comparative assessment and analysis of 20 representative sequence alignment methods for protein structure prediction. Scientific Reports , 3: 2619.
30 . Renxiang Yan , Zhen Chen, Ziding Zhang (2011) Outer membrane proteins can be simply identified using secondary structure element alignment. BMC Bioinformatics , 12:76. IF:2.751.
31 . Renxiang Yan , Jing Liu,Yi-Min Tao (2011) Improving PSI-BLAST's Fold Recognition Performance through Combining Consensus Sequences and Support Vector Machine , Interdisciplinary Research and Applications in Bioinformatics, Computational Biology, and Environmental Sciences, 51-59.
3 2 . Renxiang Yan , Jing-Na Si, Chuan Wang and Ziding Zhang (2009) DescFold: A web server for protein fold recognition. BMC Bioinformatics ,10:416.
3 3 . Jing-Na Si, Renxiang Yan , Chuan Wang, Ziding Zhang, and Xiao-Dong Su (2009) TIM-Finder: A novel method to recognize TIM-barrel proteins. BMC Structural Biology , 9:73.
3 4 . Wang Chuan, Renxiang Yan , XiaoFeng Wang, JingNa Si and Zhang Z. (2011) Comparison of linear gap penalties and profile-based variable gap penalties in profile-profile alignments. Comput Biol Chem , 35: 308-318. IF: 1.59.
3 5 . Zhen Chen, YongZhi Chen, XiaoFeng Wang, Chuan Wang, Renxiang Yan and Ziding Zhang (2011) Prediction of ubiquitination sites by using the composition of k -spaced amino acid pairs. PL O S ONE ,6: e22930. IF:3.53.
3 6 . Yang Zhang, Dong Xu, Jianyi Yang, Ambrish Roy and Renxiang Yan Protein structure predictions by a combination of I-TASSER and QUARK pipelines. CASP 10 abstract , 2012, [ www.predictioncenter.org/casp10/doc/CASP10_Abstracts.pdf ].
3 7 . Xiaofeng Wang, Zhen Chen, Chuan Wang, Renxiang Yan , Ziding Zhang and Jiangning Song (2011) Predicting residue-residue contacts and helix-helix interactions in transmembrane proteins using an integrative feature-based random forest approach. PL O S ONE, 6: e26767.
3 8 . 谢勇 , 洪晓昆 , 鄢仁祥 , 林娟 (2017), 重组琼胶酶 rAgaN3 基因的生物信息学分析 , 中国生物信息学 , 15(1):16-26.
3 9 . 徐晓丽 , 林娟 , 鄢仁祥 * (2018), 基因芯片与高通量测序技术的原理与应用的比较 . 中国生物化学与分子生物学报 , 34(11): 1166-1174.
40 . 徐晓丽 , 吴凌娟 , 鄢仁祥 * (2019) ，单细胞全基因组扩增技术与应用， 生物化学与生物物理进展 , 46 ( 4 ): 342-352 .
41 . 苏绍玉 , 徐婧 , 鄢仁祥 * (2020), 文本分析技术在蛋白质生物信息学中应用的案例综述 , 中国生物信息学 , 18(4),215-222.
4 2 . 鄢仁祥 * ，王晓锋，陈震，蔡伟文，林娟 (2017) ，《蛋白质结构生物信息学》， 福建科学技术出版社 , ISBN:978-7-5335-5096-7 .
获奖情况：
1. 2018-2022 担任《生物化学与分子生物学》杂志审稿专家，其中 2022 年获得此杂志优秀审稿专家称号。
2. 2022.1-2022.12 聘为教育部本科毕业论文（设计）抽检评审专家。
3. 2022 年度考核中被认定为“优秀”等次。
4. 2022 年指导本科生获得“福州大学先进制造学院与海洋学院第一届互联网 + 大学生创新创业比赛”二等奖。
5. 获得福州大学 2021 年度“教学成果奖”二等奖。
6. 2021 年，获得软件著作权两项。“漆酶与铜离子结合位点预测系统”，登记号为 2021SR0744854 以及“隐马尔可夫软件系统”，登记号为 2021SR1440609 。
7. 2020 年，获得软件著作权一项。“数据模型建立的机器学习算法软件”，登记号为 2020SR0757281 。
8. 2019 年，指导的研究生获得福州大学“综合优秀学业特等奖奖学金”。
9. 主编的《蛋白质结构生物信息学》教材获得 2018 年度第 31 届华东地区科技出版社优秀科技图书二等奖。
10. 2018 年获得两项软件著作权 ， 氨基酸深度预测系统 ( 登记号为 2018SR777297 ) 和 蛋白质与锌离子结合位点预测系统 ( 登记号为 2018SR777294) 。
11. 2016 年获得软件著作权一项 ， G 蛋白偶连受体识别及跨膜区预测系统 ( 登记号为 2016SR219894) 。
12. 201 5- 2018 、 2020-202 2 共多个 年度获得《中国生物信息学》杂志 “ 优秀审稿专家 ” 称号。
13. 201 5 年联合指导的本科毕业论文《 重组琼胶酶 rAgaN3 结构预测及糖基结合位点分析 》获得 “ 福州大学校级优秀毕业论文 ” 。
14. 2010 年获得 “ 中国农业大学博士生国际交流项目 ” 基金资助，赴 美国 波斯顿参加计算生物学 ISMB 会议 ， 并做 “ Protein fold recognition ”的海报展示和讲解 。
15. 获得 IBM SPSS Modeler 、 Oracle Professional Java Programmer 和国家计算机水平考试程序员等共 8 种计算机水平认证。
16. 2010 年获得中国农业大学校三好学生称号奖励。
17. 在攻读研究生期间，自费参加中国农业大学网络中心思科网络 CCNA 课程培训，培训结束后长期担任学校网络中心多个计算机培训课程的助理。
18. 2009~2010 作为主要完成人之一，申请了两项生物信息学软件著作权 , 登记号分别为 2009SRBJ8227 ( 蛋白质折叠识别系统 ) 以及 2010SRBJ5799 ( 基于二级结构元素比对的外膜蛋白识别系统 ) 。
19. 2009 年获 “ 中国农业大学博士生科研成就奖 ” 奖学金。
20. 2009 年参加 “ 百名博士安徽老区行 ” 社会实践活动，调研安徽宁国市的农业信息化发展情况，活动中获得优秀个人奖励。
21. 2007 年聘任为 中国农业大学 研究生会网络部干事。
22. 2006 年获得学校三等奖学金奖励。
23. 2006 年获得福建省大学生英语竞赛三等奖。
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