本作的故事围绕着一只从天而降的幻之宝可梦展开，宝可梦波尔凯尼恩偶然与主角小智被一道神奇的锁链捆在一起，讨厌人类的波尔凯尼恩一心逃离，就这样拉着小智飞奔到超级机关城市阿佐特王国。然而更大的风波还在后面，小智和波尔凯尼恩被无故卷入王国风波，新的宝可梦大战即将打响。

动画电影《精灵宝可梦：波尔凯尼恩与机巧的玛机雅娜》由汤山邦彦执导，松本梨香、大谷育江、市川染五郎、寺崎裕香、山寺宏一、松冈茉优、梶裕贵、中川翔子等配音，目前暂未定档。 ​​​​

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