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Oct, 2023
TCR-表位结合亲和力预测的成本效益主动学习框架
Active Learning Framework for Cost-Effective TCR-Epitope Binding
Affinity Prediction
Pengfei Zhang, Seojin Bang, Heewook Lee
TL;DR
T细胞受体（TCR）是适应性免疫系统的关键组成部分，负责通过识别寄主细胞表面上呈现的表位序列来响应威胁。本研究提出了ActiveTCR，这是一个结合主动学习和TCR-表位结合亲和力预测模型的框架，旨在通过减少注释成本来提高性能，并展示了首次对TCR-表位结合亲和力预测数据优化的系统性研究。
Abstract
t cell receptors
(TCRs) are critical components of adaptive immune systems, responsible for responding to threats by recognizing
epitope sequences
presented on host cell surface. Computational prediction of
发现论文，激发创造
基于Transformer的深度网络用于预测癌症药物反应
本研究提出了一种基于transformer的神经网络TCR来预测抗癌药物的反应，利用注意力机制学习了药物子结构和分子签名之间的相互作用，同时设计了双重损失函数和交叉采样策略以提高预测能力，实验结果表明TCR优于其他方法，在独立的体外实验和体内实验中表现出显著的预测效果，具有癌症药物再利用和精准肿瘤治疗的潜在价值。
Jul, 2022
融合预训练范式的抗体序列-结构协同设计
本文提出了一种基于预训练模型的计算抗体设计方法，通过对抗体序列数据的预先训练，结合一种一次性的序列-结构生成方法和精心设计的模块，成功地生成了具有高性能的抗原特异性抗体。
Oct, 2022
T细胞受体蛋白序列与稀疏编码：一种癌症分类的新方法
本研究使用稀疏编码对TCR蛋白序列进行多类别分类以在癌症研究和其他相关领域中分析TCR蛋白序列，结果实现了99.8％的准确率，并突显了稀疏编码在肿瘤治疗中的潜力。
Apr, 2023
AIRIVA：自适应免疫库的深度生成模型
采用自适应免疫库不变变分自编码器（AIRIVA）模型，成功地将 T 细胞受体（TCR）免疫库在不同群体遗传学和测序深度的条件下的变化分离，实现了病原特异性TCR识别，并应用于 COVID-19 的感染和疫苗，以及单纯疱疹病毒（HSV-1 和 HSV-2）的研究。
Apr, 2023
MATE-Pred: 多模态基于注意力的TCR-Epitope相互作用预测器
MATE-Pred是一种高度可靠的新方法，通过多模式注意力机制预测T细胞受体和表位结合亲和力，展示了多模式模型在从氨基酸残基中高效捕捉上下文、物理化学和结构信息的潜力，以及在各种药物发现方案中的潜在应用。
Dec, 2023
T细胞响应预测的迁移学习
我们研究了特定给定肽段的T细胞反应的预测，这对于个性化癌症疫苗的开发来说可能是一个关键步骤。我们使用了转换器模型进行T细胞反应预测，发现膨胀的预测性能不仅仅是理论上的问题，而是在实践中发生的。因此，我们提出了一个领域感知的评估方案，并研究了不同的迁移学习技术来处理多领域结构和捷径学习。我们证明了一种基于源的细调方法在各种肽源上都有效，并进一步证明我们的最终模型优于现有的最先进方法，用于预测人类肽段的T细胞反应。
Mar, 2024
一种用于预测HLA和TCR分子的统一交叉注意力模型
我们提出了一种名为UnifyImmun的统一交互注意力变换器模型，它同时预测抗原与HLA和TCR分子的结合，从而更全面评估抗原免疫原性，并且我们的方法比现有方法在两个任务上表现更好。
Apr, 2024
T细胞受体表征的对比学习
通过简单的对比编码T细胞受体（TCR）的主要序列，提出了一种名为SCEPTR的TCR语言模型，它能够进行高效的数据转移学习，并且通过独特的预训练策略结合自对比学习和掩码语言建模的方法，取得了最先进的性能，从而解码了TCR特异性规则。
Jun, 2024
用于预测T细胞受体-抗原结合特异性的大型语言模型
我们提出了一种蒙版语言模型（tcrLM），用于预测T细胞受体（TCR）与抗原的结合，通过训练tcrLM来推断被屏蔽的片段，从TCR序列中提取表达特征，并在大规模COVID-19 pTCR结合测试集上超过当前最先进的方法，有效预测免疫疗法反应和临床结果。
Jun, 2024
TCR-GPT：集成自回归模型和强化学习的T细胞受体谱生成
本研究解决了T细胞受体(TCR)序列模式识别和生成的关键问题，提出了一种基于特定结构的概率模型TCR-GPT。通过结合自回归模型与强化学习，研究发现该模型能够准确生成特定肽段可识别的TCR序列，显著推动了靶向免疫疗法和疫苗开发的潜力。
Aug, 2024