南京市第 一中学溯源于光绪三十三年(1907年)创设的崇文学堂，校址为清代江宁府署箭道、西花园旧址。不久思益学校(1903年创办)并入，其后学校三易校名。
1927年，李清悚先生创办首都中区实验学校，实践陶行知教育思想。1933年，学校改称南京市立第 一中学。1937年抗战爆发，部分师生西迁，与苏浙皖入蜀师生联合成立国立二中。1945年，学校于原址复校，推行“真教育”。
新中国成立后首任校长朱刚倡导“为祖国而教，为祖国而学”。1953年，学校被确定为14所江苏省重点中学之一。1998年，学校深化素质教育，推行“中学导师制”。2000年，学校被评为国家 级示范高中、江苏省模范学校。2004年，被评为首批江苏省四星级高中。
2010年，学校明确了“培养人格健全、具有创新素养的现代公民”的育人目标，积极探索创新人才的培养模式，开启国际化进程，续写新的百年华章。
2012年9月，在南京市教育局、美国大学委员会、麻省州立大学及波士顿Williams High School的支持下，经南京市物价局批准，学校开设美国AP课程班，学制3年。学生在校期间参加江苏省高中学业水平测试，通过雅思、SAT和5门以上AP考试，完成学业后取得南京市第 一中学高中毕业证书。
在学校学生生涯指导教师的指引下，学生制定个性化的3+0或2+1学业规划，3+0即3年在南京一中完成所需AP课程，2+1即前两年在南京一中学习，第3年前往波士顿Williams High School继续完成所需AP课程，两地都有学生生涯指导教师帮助学生根据自己的兴趣、爱好、特长申请以美国为主的世界一 流大学。
南京市第 一中学国际部聘用国际教学经验丰富的教师前来授课，在课堂上关注每位学生的学习动态，解决学生的疑问。学校综合国内高中教学标准和美国高中基础课程，自主创新新型的学习模式和课程体系，下面了解下南京一中国际部的教学优势。
南京一中派出经过学校严格筛选的高中课程优 秀双语理科教师赴美进修培训，获得AP教师资格后回国担任基础课程及AP课程中数理化生等学科的教学，其他AP课程均由有经验的美籍教师执教。英语教学由中外教师联合团队担任，覆盖语法、词汇、运用能力及文化等各个层面的教学内容。其中班主任有海外教学经历的英语老师担任。
