Record of circos usage_config::general: block "<links>" has no ...

Circos安装

从 http://circos.ca/software/download/circos/ 下载Circos安装包，并解压，把安装包内的bin目录加载到环境变量。

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xvzf circos-0.69-6.tgz
ln -s `pwd`/circos-0.69-6/bin/* ~/bin #make sure ~/bin is in $PATH
# 注意pwd两侧的反引号
export PATH=$PATH:`pwd`/circos-0.69/bin

安装依赖的Perl包

配置CPANM (CPANM是一个文件，下载下来，增加可执行属性，放到环境变量中即可使用)


# 若无根用户权限，也可放入自己家目录下在环境变量内的目录中就可以 
wget https://raw.githubusercontent.com/miyagawa/cpanminus/master/cpanm -O /sbin/cpanm
chmod +x /sbin/cpanm

获得依赖的Perl包， circos -module

ok       1.11 Carp
missing            Clone
missing            Config::General
ok        3.3 Cwd
ok      2.124 Data::Dumper
ok       2.55 Digest::MD5
ok       2.77 File::Basename
ok        3.3 File::Spec::Functions
ok       0.22 File::Temp
ok       1.50 FindBin
missing            Font::TTF::Font
missing            GD
missing            GD::Polyline
ok       2.38 Getopt::Long
ok       1.14 IO::File
missing            List::MoreUtils
ok       1.21 List::Util
missing            Math::Bezier
ok       1.60 Math::BigFloat
missing            Math::Round
missing            Math::VecStat
ok    1.01_03 Memoize
ok       1.17 POSIX
missing            Params::Validate
ok       1.36 Pod::Usage
missing            Readonly
missing            Regexp::Common
missing            SVG
missing            Set::IntSpan
missing            Statistics::Basic
ok       2.20 Storable
ok       1.11 Sys::Hostname
ok      2.0.0 Text::Balanced
missing            Text::Format
ok     1.9721 Time::HiRes

获取缺失模块并安装


# 第一句话的目的只是查看需要运行的命令，直接运行第二句就好
circos -module | grep 'missing' | awk '{a=a" "$2;}END{print "cpanm"a}'
circos -module | grep 'missing' | awk '{a=a" "$2;}END{system("cpanm"a);}'

再运行 circos -module 发现 GD 和 GD::Polyline 没安装上，查看错误信息是 No package 'gdlib' found
```
# 根用户
yum install gd-devel
```
然后再用 cpanm 安装 GD 和 GD::Polyline 。

最简单出图

把下面的内容存储到任意目录下的任意文件比如 ehbio.conf 下，然后运行 circos -conf ehbio.conf 就可以获得circos的图 circos.png 和 circos.svg 。

karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
<ideogram>
<spacing>
default = 0.005r
</spacing>
radius    = 0.9r
thickness = 20p
fill      = yes
</ideogram>
################################################################
# The remaining content is standard and required. It is imported 
# from default files in the Circos distribution.
# These should be present in every Circos configuration file and
# overridden as required. To see the content of these files, 
# look in etc/ in the Circos distribution.
<image>
# Included from Circos distribution.
<<include etc/image.conf>>
</image>
# RGB/HSV color definitions, color lists, location of fonts, fill patterns.
# Included from Circos distribution.
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
# Debugging, I/O an dother system parameters
# Included from Circos distribution.
<<include etc/housekeeping.conf>>

上述命令是怎么运行的呢？

# karyotype定义染色体的名字、ID、起始位置信息，是绘制图的根本
karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
# 必须的部分，控制染色体信息显示
<ideogram>
# 定义染色体之间的间距，为图形半径的5% (r代表radius，半径)
<spacing>
default = 0.005r
</spacing>
# 染色体区域的绘制位置，默认所有染色体都处于远离圆心同样距离的位置
# 这里设置的是图形半径的0.9倍的位置
# 也可以设置绝对像素值
radius    = 0.9r
# 染色体区域的宽度，可以是相对图形半径，也可以说绝对像素值
thickness = 20p
# 染色体区域填充颜色
fill      = yes
</ideogram>
################################################################
# The remaining content is standard and required. It is imported 
# from default files in the Circos distribution.
# These should be present in every Circos configuration file and
# overridden as required. To see the content of these files, 
# look in etc/ in the Circos distribution.
# 这些都是引用文件，暂时不去管什么意思，后面用到再逐个解释。
# 但是绘图时这些必须引用。下面会解释下最关键的引用位置。
<image>
# Included from Circos distribution.
<<include etc/image.conf>>
</image>
# RGB/HSV color definitions, color lists, location of fonts, fill patterns.
# Included from Circos distribution.
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
# Debugging, I/O an dother system parameters
# Included from Circos distribution.
<<include etc/housekeeping.conf>>

最开始看CIRCOS的配置文件时，不理解其是如何查找用到的数据和配置目录时，不过上面配置文件中被注释掉的一句话泄露了天机 look in etc/ in the Circos distribution 。配置文件和数据文件默认先在当前目录查找，若没有则去CIRCOS的安装目录下查找。

下面列出了CIRCOS搜索配置文件时查找的目录(搜索数据时也类似)

./etc /MPATHB/ soft /circos- 0.69 - 6 /bin/etc /MPATHB/ soft /circos- 0.69 - 6 /bin/../etc /MPATHB/ soft /circos- 0.69 - 6 /bin/.. /MPATHB/ soft /circos- 0.69 - 6 /bin

不得不敢写CIRCOS的日志输出，很详细，每次都刷屏。当我们运行CIRCOS失败时，看下日志信息，会得到很多提示。

数据和配置文件都在CIRCOS安装目录下，那么先看看它的目录结构吧。

circos安装目录介绍

bin : 目录下是 circos 可执行程序，加入环境变量即可

data : 目录下有一个文件夹 karyotype ，里面收录了几个物种染色体信息文件。

karyotype.chimp.txt karyotype.arabidopsis.tair10.txt
karyotype.human.hg38.txt karyotype.human.hg19.txt
karyotype.mouse.mm10.txt karyotype.yeast.txt karyotype.zeamays.txt

这个是绘制CIRCOS图所必须的一个文件 (文件的内容虽然通常是染色体的信息，但不局限于染色体信息，其它的区域信息、时间序列信息都可以使用)

文件内容如下 ( # 后面是注释，会被忽略)

前两列是固定的， chr - 。 chr 表示定义一条染色体； - 表示指定这个区域的父区域，染色体没有父区域，用 - 代替。

ID 是当前区域的名字，其子区域的父区域列都使用这个名字。如果同时绘制多个物种，可在ID中包含物种的代号。

LABEL 是当前区域显示的名字。

START END 是当前区域的范围，必须是整个的区域。如果想显示部分区域，可在后续配置中修改。

COLOR 是当前区域的颜色，CIRCOS为每个染色体有定义好的颜色，存储于 etc/colors.conf 。除了预先定义了染色体的颜色，还定义了一些颜色变量可以直接使用。

#chr - ID LABEL START END COLOR
chr - hs1 1 0 248956422 chr1
chr - hs2 2 0 242193529 chr2
chr - hs3 3 0 198295559 chr3
chr - hs4 4 0 190214555 chr4
chr - hs5 5 0 181538259 chr5
chr - hs6 6 0 170805979 chr6
chr - hs7 7 0 159345973 chr7
chr - hs8 8 0 145138636 chr8
chr - hs9 9 0 138394717 chr9

etc 目录下是配置文件，前面引用到了3个。

image.conf 内容如下

<<include image.generic.conf>>
<<include background.white.conf>>

image.generic.conf 内容如下，定义了输出的图形的名字、格式、大小等，这些都可以在自定义配置文件，即前面提到的 ehbio.conf 中覆盖。

dir   = . 
#dir  = conf(configdir)
file  = circos.png
png   = yes
svg   = yes
# radius of inscribed circle in image
radius         = 1500p
# by default angle=0 is at 3 o'clock position
angle_offset      = -90
#angle_orientation = counterclockwise
auto_alpha_colors = yes
auto_alpha_steps  = 5

background.white.conf 只定义了背景是白色。

colors_fonts_patterns.conf 引用了颜色、字体、预定义的图形文件信息的配置

<colors>
<<include etc/colors.conf>>
</colors>
<fonts>
<<include etc/fonts.conf>>
</fonts>
<patterns>
<<include etc/patterns.conf>>
</patterns>

colors.conf 及其引用文件内容摘录如下，利用RGB组合设置了颜色变量、系列颜色和染色体的颜色。(染色体的名字全部使用小写)

dpblue   = 0,153,237
vdpblue  = 0,136,220
vvdpblue = 0,120,204
vvlpurple = purples-7-seq-1
vlpurple  = purples-7-seq-2
gpos100 = 0,0,0
gpos    = 0,0,0
gpos75  = 130,130,130
chr1  = 153,102,0
chr2  = 102,102,0
chr3  = 153




    
,153,30

patterns.conf 定义特殊小图形的信息

# pattern fills for PNG files
vline        = tiles/vlines.png
vline-sparse = tiles/vlines-sparse.png
hline        = tiles/hlines.png
hline-sparse = tiles/hlines-sparse.png
checker        = tiles/checkers.png
checker-sparse = tiles/checkers-sparse.png
dot        = tiles/dots.png
dot-sparse = tiles/dots-sparse.png
solid      = tiles/solid.png

housekeeping.conf 必须在最上层自定义配置文件中(也就是 ehbio.conf )中引用。这个文件名字起的很生物，持家配置，必须要，而且不建议修改。具体内容就不列出了，感兴趣的自己去看。

展示染色体染色数据

把前面的配置文件再拓展一些，给染色体加上名字，并且按照染色深浅上色。

karyotype 变量指定了绘制CIRCOS图所必须的一个文件 (文件的内容虽然通常是染色体的信息，但不局限于染色体信息，其它的区域信息、时间序列信息都可以使用)

文件内容如下 ( # 后面是注释，会被忽略)

前两列是固定的， chr - 。 chr 表示定义一条染色体； - 表示指定这个区域的父区域，染色体没有父区域，用 - 代替。

ID 是当前区域的名字，其子区域的父区域列都使用这个名字。如果同时绘制多个物种，可在ID中包含物种的代号。

LABEL 是当前区域显示的名字。

START END 是当前区域的范围，必须是整个的区域。如果想显示部分区域，可在后续配置中修改。

#chr - ID LABEL START END COLOR
chr - hs1 1 0 248956422 chr1
chr - hs2 2 0 242193529 chr2
chr - hs3 3 0 198295559 chr3
chr - hs4 4 0 190214555 chr4
chr - hs5 5 0 181538259 chr5
chr - hs6 6 0 170805979 chr6
chr - hs7 7 0 159345973 chr7
chr - hs8 8 0 145138636 chr8
chr - hs9 9 0 138394717 chr9

如果有 cytogenetic band 信息，则写到文件末尾。 band 是固定的， DOMAIN 指定从属信息，对应于上面染色体的 ID 信息。其它列与上面解释相同。

#band DOAMIN ID LABEL START END COLOR
band hs1 p36.33 p36.33 0 2300000 gneg
band hs1 p36.32 p36.32 2300000 5400000 gpos25
band hs1 p36.31 p36.31 5400000 7200000 gneg
band hs1 p36.23 p36.23 7200000 9200000 gpos25
band hs1 p36.22 p36.22 9200000 12700000 gneg
band hs1 p36.21 p36.21 12700000 16200000 gpos50

# karyotype定义染色体的名字、ID、起始位置信息，是绘制图的根本
karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
# 必须的部分，控制染色体信息显示
# http://circos.ca/documentation/tutorials/reference/ideogram/
<ideogram>
# 定义显示的染色体之间的间距，为图形半径的0.5% (r代表radius，半径)
<spacing>
default = 0.005r
</spacing>
# 染色体区域的绘制位置，默认所有染色体都处于远离圆心同样距离的位置
# 这里设置的是图形半径的0.9倍的位置
# 也可以设置绝对像素值
radius    = 0.9r
# 染色体区域的宽度，可以是相对图形半径，也可以说绝对像素值
thickness = 20p
# 染色体区域填充颜色
fill      = yes
# 染色体边的颜色和宽度
stroke_thickness = 2
stroke_color = black
# 显示染色体标签名字
# 更多label的调整见 
# http://circos.ca/documentation/tutorials/ideograms/labels/lesson
show_label = yes
label_font = default
# ideogram外圈再加总半径的0.05
label_radius = dims(ideogram,radius_outer) + 0.005r
# 如果想把label标记在圈里可以写，外圈半径+内圈半径除以2
# label_rdius = (dims(ideogram,radius_outer)+dims(ideogram,radius_inner))/2
label_size = 24
# label与圈平行
label_parallel   = yes
label_case = upper
# 显示karyotype中定义的细胞遗传学条带
# fill_bands=yes 表示使用预先定义的颜色
show_bands            = yes
fill_bands            = yes
band_transparency     = 4
</ideogram>
################################################################
# The remaining content is standard and required. It is imported 
# from default files in the Circos distribution.
# These should be present in every Circos configuration file and
# overridden as required. To see the content of these files, 
# look in etc/ in the Circos distribution.
# 这些都是引用文件，暂时不去管什么意思，后面用到再逐个解释。
# 但是绘图时这些必须引用。下面会解释下最关键的引用位置。
<image>
# Included from Circos distribution.
<<include etc/image.conf>>
file* = circos_label_band.png
</image>
# RGB/HSV color definitions, color lists, location of fonts, fill patterns.
# Included from Circos distribution.
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
# Debugging, I/O an dother system parameters
# Included from Circos distribution.
<<include etc/housekeeping.conf>>

显示染色体刻度信息， chromosome_units 定义染色体一个单位的大小，缩写为 u 。若 chromosome_units=1000000 , 则 10u=10000000 。

# karyotype定义染色体的名字、ID、起始位置信息，是绘制图的根本
karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
# 必须的部分，控制染色体信息显示
# 更多解释见
# http://circos.ca/documentation/tutorials/reference/ideogram/
<ideogram>
# 定义显示的染色体之间的间距，为图形半径的0.5% (r代表radius，半径)
<spacing>
default = 0.005r
</spacing>
# 染色体区域的绘制位置，默认所有染色体都处于远离圆心同样距离的位置
# 这里设置的是图形半径的0.9倍的位置
# 也可以设置绝对像素值
radius    = 0.9r
# 染色体区域的宽度，可以是相对图形半径，也可以说绝对像素值
thickness = 20p
# 染色体区域填充颜色
fill      = yes
# 染色体边的颜色和宽度
stroke_thickness = 2
stroke_color = black
# 显示染色体标签名字
# 更多label的调整见 
# http://circos.ca/documentation/tutorials/ideograms/labels/lesson
show_label = yes
label_font = default
# ideogram外圈再加总半径的0.05
label_radius = dims(ideogram,radius_outer) + 0.05r
# 如果想把label标记在圈里可以写，外圈半径+内圈半径除以2
# label_rdius = (dims(ideogram,radius_outer)+dims(ideogram,radius_inner))/2
label_size = 24
# label与圈平行
label_parallel   = yes
label_case = upper
# 显示karyotype中定义的细胞遗传学条带
# fill_bands=yes 表示使用预先定义的颜色
show_bands            = yes
fill_bands            = yes
band_transparency     = 4
</ideogram>
chromosomes_units           = 1000000
show_ticks          = yes
show_tick_labels    = yes
<ticks>
# ticks块定义了全局水平的tick的属性
# 更多解释见http://circos.ca/documentation/tutorials/ticks_and_labels/basics/
# ticks出现的位置
radius           = dims(ideogram,radius_outer)
# The label multiplier is the constant used to multiply the tick value to obtain the tick label. For example,  if the multiplier is 1e-6,  then the tick mark at position 10, 000, 000 will have a label of 10. The multiplier is applied to the raw tick value,  regardless of the value of chromosomes_unit. 
# multiplier是用于获得ticks label的，当前ticks对应的染色体位置乘以multiplier就得到ticks label
# 这个值的设置与chromosomes_units是没有任何关系的
# 比如当前位置是10,000,000, 乘以multiplier (1e-6)就是10
multiplier       = 1e-6
# ticks颜色、粗细、大小
color            = black
thickness        = 2p
size             = 15p
# 默认所有染色体都显示, 放置在ticks块中全局有效
chromosomes_display_default=yes
# 不在任何染色体显示, 放置在tick块中单个tick有效
# 单词拼错无效
#chromosomes_display_default=no
# 每个tick定义一种间隔，20u, 5u, 还可增加3u，4u等, 大的刻度会覆盖小的刻度
# 20u的间隔，定义大的ticks，并显示ticks_label
# spacing定义多大间距一个tick
spacing        = 20u
show_label     = yes
label_size     = 20p
# label的偏移量
label_offset   = 10p
# %d, %.nf
format         = %d
</tick>
# 5u的间隔，定义小的ticks
spacing        = 5u
color          = grey
size           = 10p
# 定义在哪些染色体显示ticks，哪些区域不显示
chromosomes=-hs1;-hs2:0-100;-hs3:100-)
</tick>
# 30u的间隔，定义中等的ticks
chromosomes_display_default=no
spacing        = 30u
color          = red
size           = 15p
chromosomes=hs1
</tick>
</ticks>
################################################################
# The remaining content is standard and required. It is imported 
# from default files in the Circos distribution.
# These should be present in every Circos configuration file and
# overridden as required. To see the content of these files, 
# look in etc/ in the Circos distribution.
# 这些都是引用文件，暂时不去管什么意思，后面用到再逐个解释。
# 但是绘图时这些必须引用。下面会解释下最关键的引用位置。
<image>
# Included from Circos distribution.
<<include etc/image.conf>>
file* = circos_label_band_tick.png
</image>
# RGB/HSV color definitions, color lists, location of fonts, fill patterns.
# Included from Circos distribution.
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
# Debugging, I/O an dother system parameters
# Included from Circos distribution.
<<include etc/housekeeping.conf>>

在CIRCOS中 chromosome 表示 karyotype 文件中定义的染色体的序列结构信息。 ideogram 是 chromosome 信息的展示方式。一个染色体可以不展示，也有可能分成多段展示，可以选择图的位置，设置每个染色体的位置、相对大小。

# karyotype定义染色体的名字、ID、起始位置信息，是绘制图的根本
karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
# 必须的部分，控制染色体信息显示
# 更多解释见
# http://circos.ca/documentation/tutorials/reference/ideogram/
<ideogram>
# 定义显示的染色体之间的间距，为图形半径的0.5% (r代表radius，半径)
<spacing>
default = 0.005r
</spacing>
# 染色体区域的绘制位置，默认所有染色体都处于远离圆心同样距离的位置
# 这里设置的是图形半径的0.9倍的位置
# 也可以设置绝对像素值
radius    = 0.9r
# 改变染色体在circos环中内半径大小
# 染色体区域的宽度，可以是相对图形半径，也可以说绝对像素值
thickness = 20p
# 染色体区域填充颜色
fill      = yes
# 染色体边的颜色和宽度
stroke_thickness = 2
stroke_color = black
# 显示染色体标签名字
# 更多label的调整见 
# http://circos.ca/documentation/tutorials/ideograms/labels/lesson
show_label = yes
label_font = default
# ideogram外圈再加总半径的0.05
label_radius = dims(ideogram,radius_outer) + 0.05r
# 如果想把label标记在圈里可以写，外圈半径+内圈半径除以2
# label_rdius = (dims(ideogram,radius_outer)+dims(ideogram,radius_inner))/2
label_size = 24
# label与圈平行
label_parallel   = yes
label_case = upper
# 显示karyotype中定义的细胞遗传学条带
# fill_bands=yes 表示使用预先定义的颜色
show_bands            = yes
fill_bands            = yes
band_transparency     = 4
</ideogram>
# 染色体大小调整
chromosomes_scale   = hs1=0.1r;hs14=0.06r;hs6=0.06r
# 个别染色体位置调整
chromosomes_radius  = hs14:0.8r;hs6:0.8r;hs1:0.7r
chromosomes_units           = 1000000
show_ticks          = yes
show_tick_labels    = yes
<ticks>
# ticks块定义了全局水平的tick的属性
# 更多解释见http://circos.ca/documentation/tutorials/ticks_and_labels/basics/
# ticks出现的位置
radius           = dims(ideogram,radius_outer)
# The label multiplier is the constant used to multiply the tick value to obtain the tick label. For example,  if the multiplier is 1e-6,  then the tick mark at position 10, 000, 000 will have a label of 10. The multiplier is applied to the raw tick value,  regardless of the value of chromosomes_unit. 
# multiplier是用于获得ticks label的，当前ticks对应的染色体位置乘以multiplier就得到ticks label
# 这个值的设置与chromosomes_units是没有任何关系的
# 比如当前位置是10,000,000, 乘以multiplier (1e-6)就是10
multiplier       = 1e-6
# ticks颜色、粗细、大小
color            = black
thickness        = 2p
size             = 15p
# 默认所有染色体都显示, 放置在ticks块中有效
chromosomes_display_default=yes
# 不在任何染色体显示, 放置在ticks块中有效
#chromosomes_display_default=no
# 每个tick定义一种间隔，20u, 5u, 还可增加3u，4u等, 大的刻度会覆盖小的刻度
# 20u的间隔，定义大的ticks，并显示ticks_label
# spacing定义多大间距一个tick
spacing        = 20u
show_label     = yes
label_size     = 20p
# label的偏移量
label_offset   = 10p
# %d, %.nf
format         = %d
chromosomes=-hs1;-hs14;-hs6
</tick>
# 5u的间隔，定义小的ticks
spacing        = 5u
color          = grey
size           = 10p
# 定义在哪些染色体显示ticks，哪些区域不显示
chromosomes=-hs1;-hs14;-hs6;-hs2:0-100;-hs3:100-)
</tick>
# 30u的间隔，定义中等的ticks
chromosomes_display_default=no
spacing        = 30u
color          = red
size           = 15p
chromosomes=hs1
</tick>
</ticks>
################################################################
# The remaining content is standard and required. It is imported 
# from default files in the Circos distribution.
# These should be present in every Circos configuration file and
# overridden as required. To see the content of these files, 
# look in etc/ in the Circos distribution.
# 这些都是引用文件，暂时不去管什么意思，后面用到再逐个解释。
# 但是绘图时这些必须引用。下面会解释下最关键的引用位置。
<image>
# Included from Circos distribution.
<<include etc/image.conf>>
file* = circos_label_band_tick_chromove.png
#画图起始的位置，相对于三点钟方向
angle_offset* = 74
# 图形大小
radius = 800p
</image>
# RGB/HSV color definitions, color lists, location of fonts, fill patterns.
# Included from Circos distribution.
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
# Debugging, I/O an dother system parameters
# Included from Circos distribution.
<<include etc/housekeeping.conf>>

CIRCOS错误信息

Dimension [$DIMS->{‘ideogram’}{‘default’}{ ' radius_outer' }] is not defined in expression [dims(ideogram, default, radius_outer) + 0.05r]
- radius_outer 前面多了个空格
CONFIGURATION FILE ERROR; Circos could not find the configuration file [simple.confy]]
- 配置文件不存在，或名字、路径写错了
Config::General: Block “” has no EndBlock statement (level: 2, chunk 4191)!
- 区块标签不成对
设置的效果没有显示也没报销
- 确认单词拼写是否有问题
- 确认是否写入了正确的语句块内
Circos::Error::fatal_error(‘configuration’, ‘multivalue’, ‘angle_offset’, ‘image’)
- 没有强制覆盖默认值

可展示的数据：基因密度、基因功能注释、CG含量、突变频谱、CNV分布、组蛋白修饰、甲基化密度、转座子与顺式调控元件分布等等；组学可涉及：基因组、外显子组、甲基化组、ATAC-Seq和ChiP-Seq等组学等等；复杂度可包括：多个样本、多个组织，多个时期的组学数据；图的类型可涵盖：（复杂）热图、散点图、密度图、折线图、（堆积）

1 Circos 简介 Circos 是一个非常酷炫的基因组数据可视化软件，能够将基因组数据映射到环形的基因组坐标上，用相互嵌套的环道来展示基因组数据，还可以通过连接线来呈现基因组区块之间的关系。 Circos 的开发者是一位加拿大的生物信息学家Martin Krzywinski，值得一提的是，他还是一位专业的摄影师。于是，科学和艺术的交融，催生了 Circos 这款强大的可视化软件，果真不懂艺术的码农不是好的生物学家。自从 Circos 诞生以后，圈图就成了生物信息可视化的明星图形，不时见诸顶尖杂志的文章。尽管有意见

一、在线画图（行列分别最大为75）相信大家都听说过 circos 图，但是亲自画过的人可能就很少，这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实， circos 图也是可以在线绘制的，这样就简单多了！一起来了解一下吧！在 circos 官网（http : // circos .ca/）的最右方有个“ CIRCOS ONLINE”选项，这里可以实现在线绘制部分 circos 图。打开后界面如下：以微生...

安装perl的GD模块正常情况下，cpanm --mirror https : //mirrors.163.com/cpan --prompt -l /usr/share/perl5 GD就可以了但是我的报错Package gdlib was no t found in the pkg- config search path. Perhaps you should add the directory containing `gdlib.pc’ to the PKG_ CONFIG _PATH environme

Circos安装

最简单出图

circos安装目录介绍

展示染色体染色数据

CIRCOS错误信息

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