日本行政区划制度，随明治政府于1871年实施的 废藩置县 政策而建立，一般分为都、道、府、县（广域 地方公共团体 ）以及市、町、村、 特别区 （基础地方公共团体）两级。

日本全国47个 一级行政区 ：分为1都（ 东京都 ：Tokyo）、1道（ 北海道 ：Hokkaido）、2府（ 大阪府 ：Osaka、 京都府 ：Kyoto）和43县（県），下设市、町、村。 ^{部分偏远地区、 离岛 地区设立都道府县的行政 派出机关 “支厅”，近年多改制并更名为“县民局”、“ 振兴局 ”等。与市同级的“郡”，1920年代开始虚级化，仍具备地址表记、广域行政圈范围、都道府县议会选举划分等功能。}

在 市制 的演变方面，为因应大都市的产生，1956年创设 政令指定都市 制度（简称“政令市”），将一些原属都道府县的事务移让给政令市。政令市之下设立“区”（行政区，不具 法人格 ），地址表记可省略县名。截至2012年，日本全国总共有20个政令市。另外，尚有设置标准较低、不得设“区”、但仍有较多 自治权 的 中核市 与 特例市 两个等级的市。所以日本的市制度，可分为: 政令指定都市 （简称“政令市”，人口约50-70万以上可提出申请核可）、 中核市 (人口达30万人可提出申请核可)、 特例市 （人口达20万人可提出申请核可）、以及一般的市(人口达5万人的町、村可提出申请核可)等四个等级。

截止2007年4月1日，都道府县下设782个市、827个町、195个村。另外 东京都 下设23个 特别区 （（ 法律地位 为“特别 地方公共团体 ”，与政令市的 行政权限 类似，唯为确保大都市的行政一体性，如上 下水道 、消防等事务，仍由“都”负责），北海道下有14个支厅，为特别地方政府。

面积：根据日本 国土地理院 2006年4月1日发布的面积速报值。包括日本宣示主权但处于 俄罗斯 实际控制 下的 北方四岛 5036.14 平方公里 （其中 齿舞群岛 99.94平方公里， 色丹岛 及属岛253.33平方公里， 国后岛 及属岛1498.83平方公里， 择捉岛 及属岛3184.04平方公里）、日本宣示主权但处于韩国实际控制下的竹岛（ 独岛 ）0.18平方公里，不包括我国宣示主权的钓鱼列岛5.56平方公里面积。 ^{日本行政区划}

明治二年（1869年），在 大久保利通 和 木户孝允 等人努力下，各藩陆续上表朝廷，请求 奉还版籍 。 版籍奉还 使明治政府以和平的方式收回各藩的版籍，全面废除领主制。

明治四年（1871年）七月， 废藩置县 ，全国废除260余藩，划为1使3府302县，同年11月调整为3府72县，到明治二十三年（1890年） 再调整为3府43县，由 中央政府 任命府 县知事 。此后100年除 东京府 在1943年改为 东京都 外，日本本部没有大的变动。

地方政府有以下几点需要说明：

1、东京都

通常所说的“ 东京 ”是 东京都市圈 而非行政区，它在地理范围上并非只包含 东京市 或 东京都 。在行政区划分上， 东京都 包含三个主要的地理分区：通常被称为“ 东京23区 ”的23个特别区（原 东京市 ）、23区西边的“三 多摩 地区”以及一些位于 太平洋 上由 东京都 管辖的岛屿。

2、支厅

北海道 没有实行 县制 ，仍旧保持道政，道下分为14支厅，支厅下再分为市和郡，郡下为町和村。 在对马和壹岐分别设立市后，除 北海道 外，就剩东京都的几个海上支厅，不过这几个支厅和郡平行。

3、 政令指定市 （designated city）

一些人口众多的城市被升格为政令指定市，拥有更多处置地方事务的职权。政令指定市下分为若干区。

4、 市町村合并

日本政府历史上推动了几次地方自治体合并。2004年， 市町村 的总数首次跌到3000以下，2007年12月1日跌破1800。

市的设立标准为5万人，町的设置标准为5000人且工商人口达60%以上。不过日本几次将设市标准降到3万人，鼓励 市町村 合并。除 东京 外，共有12座城市的人口超过100万。

这里是所有人口满50万的都市名单。

	都道府县	市	面积（平方公里）	政令指定市时间
1	东京都	东京 （特别区部）	617	——
2	神奈川县	横滨市	427	1956.9.1
3	大阪府	大阪市	222	1956.9.1
4	爱知县	名古屋市	326	1956.9.1
5	北海道	札幌市	1,121	1972.4.1
6	兵库县	神户市	550	1956.9.1
7	京都府	京都市	828	1956.9.1
8	福冈县	福冈市	341	1972.4.1
9	神奈川县	川崎市	143	1972.4.1
10	埼玉县	埼玉市	217	2003.4.1
11	广岛县	广岛市	905	1980.4.1
12	宫城县	仙台市	784	1989.4.1
13	福冈县	北九州市	486	1963.4.1
14	千叶县	千叶市	272	1992.4.1
15	大阪府	堺市	150	2006.4.1
16	新潟县	新潟市	726	2007.4.1
17	静冈县	滨松市	1,511	2007.4.1
18	静冈县	静冈市	1,389	2005.4.1
19	神奈川县	相模原市	329
20	冈山县	冈山市	790
21	熊本县	熊本市	267
22	鹿儿岛县	鹿儿岛市	547
23	千叶县	船桥市	86
24	东京都	八王子市	186	15年4月已加入 中核市
25	兵库县	姫路市	534
26	爱媛县	松山市	429
27	大阪府	东大阪市	62
28	栃木县	宇都宫市	417