传统上目的论与哲学自然论（或
偶然论
）是对立的。例如，自然论者会认为人有眼睛所以人有视力，即所谓“形式决定功能”（function follows form）；相反，目的论者认为人有眼睛因为人需要视觉，即是所谓的“功能决定形式”（form follows function）
[2]
以下
亚里士多德
和
卢克莱修
的言论，正好反映了目的论与自然论的对立。
大自然里，生物的器官顺着功能而演变，功能不是顺着器官而来。——亚里士多德
身体不是因应我们的需要而造，存在是功能的因。——卢克莱修
（Intrinsic finality）：某东西的存在目的，是为了自然而然达成完善自己这个目的。
过份强调外在最终目的，很容易凡事都诉诸鬼神，导致迷信。例如，“如果我今天不来这商店，我就不会发现地上的100元。这是神的旨意，他要我到商店来发现这钱。”或者“我赢钱全靠这对幸运袜。”类似的想法被培根（"De Dignitate et Augmentis Scientiarum," III, iv）、
笛卡儿
（"Principia Philosophiæ", I, 28; III, 2, 3; "Meditationes", III, IV）和
史宾诺沙
（Ethica, I, prop. 36 app.）所批评。
内在最终目的则提供了上帝或其他
超自然力量
存在的论据，也是智能设计论的理论基础
[3]
。支持者认为它解决了自然论的基本缺陷：自然论只探讨即时的原因和事件发生的机制，但忽略了事件发生的最终原因。
可是，
德谟克利特
忽略了最终原因，将所有自然的规律视为理所当然。的确这些规律是必然的，但他们背后有其最终原因……把必然当成原因，无异于水肿病人被放水单纯是因为刀刺入他，而不是为了治愈他。——亚里士多德
亚里士多德将事物的发展因分四种：物质因、形式因、动因和目的因。
